①新租税特別措置法第六十一条第一項の規定は、施行日以後に同項の指定を受ける租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（新租税特別措置法第六十一条第一項の指定に係る国家戦略特別区域法（平成二十五年法律第百七号）第二十七条の三の認定区域計画に定められている同条に規定する特定事業の実施に関する計画として財務省令で定める計画を施行日前に同法第七条第一項第一号に規定する国家戦略特別区域担当大臣に提出したもの（以下この条において「経過内国法人」という。）を除く。）の各事業年度分の法人税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項の指定を受けた租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（経過内国法人を含む。）の各事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

②新租税特別措置法第六十一条第五項の規定は、施行日以後に同条第一項の指定を受ける租税特別措置法第二条第二項第一号の二に規定する内国法人（経過内国法人を除く。）の新租税特別措置法第六十一条第五項に規定する適用事業年度において同条第一項の規定により損金の額に算入した金額について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十一条第一項の指定を受けた同号に規定する内国法人（経過内国法人を含む。）の同条第五項に規定する適用事業年度において同条第一項の規定により損金の額に算入した金額については、なお従前の例による。