第五十二条（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十第三項（第三号及び第四号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に行われる同号に規定する株式分配について適用する。
第五十三条（合併等により外国親法人株式等の交付を受ける場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十七条の十四の三第三項、第五項及び第八項の規定は、施行日以後に行われる同条第三項に規定する特定株式分配について適用する。
施行日から平成二十九年九月三十日までの間における新租税特別措置法第三十七条の十四の三第六項第五号の規定の適用については、同号中「同条第十二号の五の二」とあるのは、「同条第十二号の六」とする。
第五十四条（居住者の外国関係会社に係る所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の四（第十一項を除く。）の規定は、同条第二項第一号に規定する外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始する事業年度に係る同条第一項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融子会社等部分適用対象金額及び当該金融子会社等部分適用対象金額に係る同項に規定する金融子会社等部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等の同日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額並びに同条第四項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の四第十一項の規定は、同項各号に掲げる外国関係会社の平成三十年四月一日以後に開始する事業年度の同項に規定する財務省令で定める書類について適用し、旧租税特別措置法第四十条の四第六項に規定する特定外国子会社等の同日前に開始した事業年度の同項に規定する財務省令で定める書類については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の七（第十一項を除く。）の規定は、同条第一項に規定する外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額並びに同条第八項に規定する金融関係法人部分適用対象金額及び当該金融関係法人部分適用対象金額に係る同項に規定する金融関係法人部分課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第四十条の七第一項に規定する特定外国法人の同日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額並びに同条第四項に規定する部分適用対象金額及び当該部分適用対象金額に係る同項に規定する部分課税対象金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の七第十一項の規定は、同項各号に掲げる外国関係法人の平成三十年四月一日以後に開始する事業年度の同項に規定する財務省令で定める書類について適用し、旧租税特別措置法第四十条の七第六項に規定する特定外国法人の同日前に開始した事業年度の同項に規定する財務省令で定める書類については、なお従前の例による。
第五十五条（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
災害により平成二十八年十二月三十一日以前に旧租税特別措置法第四十一条第一項、第十八項又は第二十一項の家屋を居住の用に供することができなくなった個人の当該家屋を居住の用に供することができなくなった日の属する年分の所得税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条第二十四項の規定は、災害により平成二十八年一月一日以後に同項に規定する従前家屋を居住の用に供することができなくなった個人の平成二十九年分以後の所得税について適用する。
第五十六条（特定の増改築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例に関する経過措置）
災害により平成二十八年十二月三十一日以前に旧租税特別措置法第四十一条の三の二第一項、第五項又は第八項に規定する住宅の増改築等をした家屋（当該住宅の増改築等に係る部分に限る。）を居住の用に供することができなくなった個人の当該家屋を居住の用に供することができなくなった日の属する年分の所得税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十一条の三の二（同条第二項第四号に規定する特定耐久性向上改修工事等に係る部分に限る。）の規定は、個人が同条第一項又は第五項に規定する住宅の増改築等をした家屋（当該住宅の増改築等に係る部分に限る。）を施行日以後に同条第一項又は第五項の定めるところによりその者の居住の用に供する場合について適用し、個人が旧租税特別措置法第四十一条の三の二第一項又は第五項に規定する住宅の増改築等をした家屋（当該住宅の増改築等に係る部分に限る。）を施行日前に同条第一項又は第五項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
第五十七条（居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の五の規定は、個人の同条第七項第一号の特定譲渡の日の属する年の翌年十二月三十一日が施行日以後である同号に規定する買換資産について適用し、個人の旧租税特別措置法第四十一条の五第七項第一号の特定譲渡の日の属する年の翌年十二月三十一日が施行日前である同号に規定する買換資産については、なお従前の例による。
第五十八条（特定一般用医薬品等購入費を支払った場合の医療費控除の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十七の二第三項の規定により読み替えられた新所得税法第百二十条第四項及び第五項（これらの規定を新所得税法第百二十二条第三項、第百二十三条第三項、第百二十五条第四項及び第百二十七条第四項において準用する場合を含む。）の規定は、平成三十年一月一日以後に確定申告書を提出する場合について適用し、同日前に確定申告書を提出した場合については、なお従前の例による。
平成三十年一月一日以後に平成二十九年から令和元年までの各年分の所得税に係る確定申告書を提出する場合には、令和三年改正法第七条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この項において「令和三年改正前租税特別措置法」という。）第四十一条の十七第三項の規定により読み替えられた令和三年改正前所得税法第百二十条第四項（令和三年改正前所得税法第百二十二条第三項、第百二十三条第三項、第百二十五条第四項及び第百二十七条第四項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）及び前項の規定にかかわらず、当該申告書に記載した令和三年改正前所得税法第七十三条第一項の規定による医療費控除を受ける金額の計算の基礎となる令和三年改正前租税特別措置法第四十一条の十七第一項に規定する特定一般用医薬品等購入費（以下この項において「特定一般用医薬品等購入費」という。）を領収した者のその領収を証する書類（その領収をした金額のうち、特定一般用医薬品等購入費に該当するものの金額が明らかにされているものに限る。以下この項において同じ。）の当該申告書への添付又は当該申告書を提出する際の提示（以下この項において「添付等」という。）をもって、同条第三項の規定により読み替えられた令和三年改正前所得税法第百二十条第四項に規定する明細書の当該申告書への添付に代えることができる。この場合において、当該添付等をしたその領収を証する書類に係る特定一般用医薬品等購入費については、令和三年改正前租税特別措置法第四十一条の十七第三項の規定により読み替えられた令和三年改正前所得税法第百二十条第五項（令和三年改正前所得税法第百二十二条第三項、第百二十三条第三項、第百二十五条第四項及び第百二十七条第四項において準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
第五十九条（既存住宅に係る特定の改修工事をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十九の三第十五項の規定は、個人が同条第三項に規定する対象一般断熱改修工事等をして施行日以後に同項又は同条第七項若しくは第八項の定めるところにより居住の用に供する場合について適用する。
第六十条（外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の二第一項の規定は、同条第六項第一号に規定する外国金融機関等が、施行日以後に開始する同条第一項に規定する振替債等に係る特定債券現先取引等につき支払を受ける同項に規定する支払を受ける利子について適用し、旧租税特別措置法第四十二条の二第四項第一号に規定する外国金融機関等が、施行日前に開始した同条第一項に規定する債券現先取引又は証券貸借取引につき支払を受ける同項に規定する特定利子については、なお従前の例による。
施行日前に提出された旧租税特別措置法第四十二条の二第五項に規定する非課税適用申告書（当該非課税適用申告書又は当該非課税適用申告書につき提出された同条第八項に規定する申告書（以下この項において「異動申告書」という。）の提出後に同条第八項に規定する変更をした場合において、その変更をした日以後施行日前までに異動申告書の提出がされていないときにおける当該非課税適用申告書を除く。）は、施行日において提出された新租税特別措置法第四十二条の二第七項に規定する非課税適用申告書とみなす。
第六十一条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
別段の定めがあるものを除き、新租税特別措置法第三章の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第六十二条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の四第八項第六号の二の規定は、法人の平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度分の法人税について適用する。
新租税特別措置法第四十二条の四第十項、第四十二条の五第九項及び第十項、第四十二条の六第八項及び第九項、第四十二条の九第五項及び第六項、第四十二条の十第六項、第四十二条の十一第六項、第四十二条の十一の三第五項、第四十二条の十二第八項、第四十二条の十二の二第二項、第四十二条の十二の三第八項及び第九項、第四十二条の十二の五第四項並びに第四十二条の十三第五項の規定は、法人が施行日以後に提出する修正申告書若しくは更正請求書に係る法人税又は施行日以後にされる更正（施行日前に提出された更正請求書に係るものを除く。）に係る事業年度分の法人税について適用し、法人が施行日前に提出した修正申告書若しくは更正請求書に係る法人税又は施行日前にされた更正に係る事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第六十三条（エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の五（第九項及び第十項を除く。）の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項第一号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の五第一項第一号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。