第八十七条（登録免許税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第七十四条の二第一項又は第二項の規定は、平成二十五年六月一日以後に新築又は取得をする同条第一項に規定する認定低炭素住宅の所有権の保存又は移転の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に新築又は取得をした旧租税特別措置法第七十四条の二第一項に規定する認定低炭素住宅の所有権の保存又は移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十三条第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する国土交通大臣の認定を受ける場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条第一項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第八十三条第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する国土交通大臣の認定を受ける場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条第二項に規定する国土交通大臣の認定を受けた場合における同項に規定する建築物の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
施行日前に電子情報処理組織を使用して旧租税特別措置法第八十四条の五第一項各号に掲げる登記の申請を行った場合における当該登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
第八十八条（酒税の特例に関する経過措置）
別段の定めがあるものを除き、施行日前に課した、又は課すべきであった酒税については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第八十七条の六第一項に規定するビールの製造免許を受けた者が、当該製造免許を受けた日から五年を経過する日の属する月の末日までの間に酒類の製造場から移出する同項に規定するビールに係る酒税については、なお従前の例による。
第八十九条（印紙税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第九十一条第二項から第四項までの規定は、平成二十六年四月一日以後に作成される同条第一項に規定する不動産譲渡契約書及び同項に規定する建設工事請負契約書について適用し、同日前に作成される当該不動産譲渡契約書及び当該建設工事請負契約書に係る印紙税については、なお従前の例による。
第九十条（利子税等の割合の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第九十三条から第九十五条までの規定は、租税特別措置法第九十六条に規定する利子税等のうち平成二十六年一月一日以後の期間に対応するものについて適用し、当該利子税等のうち同日前の期間に対応するものについては、なお従前の例による。
平成二十六年一月一日前に開始した新租税特別措置法第九十三条第四項第一号に規定する分納期間のうちに同日以後の期間（以下この項において「特例対象期間」という。）がある場合における当該特例対象期間に対応する利子税に係る同条第三項、第四項及び第六項の規定の適用については、同条第四項第二号中「開始の日の属する年」とあるのは「旧延納特例基準割合（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）第八条の規定による改正前の租税特別措置法第九十三条第二項に規定する延納特例基準割合をいう。）又は平成二十六年」と、「）をいう」とあるのは「）のうちいずれか低い割合をいう」とする。
税務署長は、平成二十六年一月一日前に所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第五十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法第三条の規定による改正前の相続税法第三十八条第一項又は第四十三条第五項の規定による延納の許可をした相続税額（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第十五号。以下この項において「平成十四年改正法」という。）附則第三十二条第九項の規定の適用を受けているものに限る。）に係る利子税のうち同日以後の期間に対応するものについては、平成十四年改正法附則第三十二条第九項の規定にかかわらず、新租税特別措置法第九十三条第三項の規定に準じて計算するものとする。
第九十一条（特別還付金の支給に関する経過措置）
新租税特別措置法第九十七条の二第十項及び第二十二項の規定は、同条第十項に規定する加算金及び同条第二十一項の延滞金のうち平成二十六年一月一日以後の期間に対応するものについて適用し、当該加算金及び当該延滞金のうち同日前の期間に対応するものについては、なお従前の例による。
第百六条（罰則の適用に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第百七条（政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
第百八条（検討）
大学に対する寄附金その他の寄附金に係る税制上の措置の在り方について、これまで講じられた措置の効果等を踏まえつつ、対象範囲を含め、検討すること。
給与所得者の特定支出の控除の特例の在り方について、給与所得者の負担軽減及び実額控除の機会拡大の観点から、これまで講じられた措置の効果等を踏まえつつ、適用判定の基準（所得税法第五十七条の二第一項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額をいう。）及び控除対象の範囲を含め、検討すること。
交際費等の課税の特例の在り方について、当該特例が租税特別措置法で定められていることも踏まえ、消費の拡大を通じた経済の活性化を図る観点から、その適用範囲を含め、検討すること。
贈与税について、高齢者が保有する資産の若年世代への早期移転を促し、消費の拡大を通じた経済の活性化を図る観点、格差の固定化の防止等の観点から、結婚、出産又は教育に要する費用等の非課税財産の範囲の明確化も含め、検討すること。