第四十二条（分離振替国債の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十七第一項から第三項までの規定は、外国法人が施行日以後に同条第一項に規定する振替記載等を受ける同項に規定する分離振替国債の保有又は譲渡により生ずる所得又は同条第二項に規定する損失額（以下この条において「損失額」という。）及び施行日前に旧租税特別措置法第六十七条の十七第一項に規定する振替記載等を受けた同項に規定する分離振替国債（同項第一号の規定による同号の非課税適用申告書の提出があるものに限る。以下この条において「旧分離振替国債」という。）の保有又は譲渡により施行日以後に生ずる所得又は損失額について適用し、旧分離振替国債の保有又は譲渡により施行日前に生じた所得又は旧租税特別措置法第六十七条の十七第二項に規定する損失の額その他の政令で定める金額（次項において「損失の額等」という。）については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十七条の十七第四項の規定は、同項に規定する外国投資信託の受託者である外国法人（以下この項において「受託者である外国法人」という。）が、施行日以後に同条第一項に規定する振替記載等を受ける同条第四項に規定する外国投資信託（以下この項において「外国投資信託」という。）の信託財産に属する同条第一項に規定する分離振替国債の保有又は譲渡により生ずる所得又は損失額及び外国投資信託の信託財産に属する旧分離振替国債の保有又は譲渡により施行日以後に生ずる所得又は損失額について適用し、受託者である外国法人の外国投資信託の信託財産に属する旧分離振替国債の保有又は譲渡により施行日前に生じた所得又は損失の額等については、なお従前の例による。
第四十三条（中小企業者等に対する同族会社の特別税率の不適用に関する経過措置）
第四十四条（特定信託の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の七第一項、第二項第一号及び第三号、第三項並びに第五項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の三の七第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の三の七第二項第二号の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度において生ずる同号に規定する欠損の金額について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の三の七第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度において生じた同条第二項第二号に規定する欠損の金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の三の九第一項の規定は、同項に規定する特定信託に係る同項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合における当該特定信託に係る同項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の三の七第一項の規定により当該特定信託の平成十二年四月一日以後に終了した各計算期間（法人税法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この項において同じ。）の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の三の七第一項の規定により当該特定信託の各計算期間の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の三の九第一項に規定する特定信託に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき施行日前に同項各号に掲げる事実が生じた場合における当該特定信託に係る同項に規定する課税済留保金額については、なお従前の例による。
第四十五条（連結法人が事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十二（第一項第六号から第八号までに係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十九号に定める日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第六十八条の十二第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十二第一項第六号に掲げる連結法人の同号に規定する承認経営革新計画（以下この項において「承認経営革新計画」という。）が中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）附則第二条の規定により承認経営革新計画とみなされたものである場合には、当該連結法人の新租税特別措置法第六十八条の十二の規定の適用については、同条第二項中「又は第五号」とあるのは、「、第五号又は第六号」とする。
第四十六条（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十四の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十九号に定める日以後に取得若しくは製作若しくは建設又は賃借をする新租税特別措置法第六十八条の十四第一項に規定する経営革新設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得若しくは製作若しくは建設又は賃借をした旧租税特別措置法第六十八条の十四第一項に規定する経営革新設備等については、なお従前の例による。