第三十五条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十四条（第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第二十三号に定める日以後に行う同項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第十七号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第十八号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十号の規定は、法人が附則第一条第二十三号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の五第一項第三号の規定は、法人が附則第一条第二十四号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十六号の上欄に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に行う同欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十六号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
法人が施行日から農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第五十三号）の施行の日の前日までの間に行う新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十六号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る同条から第六十五条の九まで（同号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「同条第二項第二号」とあるのは、「同条第二項第一号」とする。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十六号の下欄に掲げる資産のうち農業経営基盤強化促進法（昭和五十五年法律第六十五号）第二十七条の三第一項に規定する勧告に係る協議により取得をする資産に係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第二十四号に定める日以後に取得をする当該資産について適用する。
第三十六条（共同で現物出資をした場合の課税の特例に関する経過措置）
法人が旧租税特別措置法第六十六条第一項に規定する特定共同出資により施行日前に取得した同項の株式又は出資については、なお従前の例による。
第三十七条（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第一項、第二項第一号及び第三号、第三項並びに第六項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の六第二項第二号の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度において生ずる同号に規定する欠損の金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度において生じた同条第二項第二号に規定する欠損の金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の八第一項の規定は、同項に規定する内国法人に係る同項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合における当該内国法人の同項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該内国法人の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する内国法人に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき施行日前に同項各号に掲げる事実が生じた場合における当該内国法人の同項に規定する課税済留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の八第二項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合において、同条第二項の規定により内国法人の同条第一項に規定する課税済留保金額とみなされる新租税特別措置法第六十八条の九十二第一項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該内国法人の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該内国法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
新租税特別措置法第六十六条の八第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する適格合併等が行われる場合において、同項の規定により内国法人の同条第一項に規定する課税済留保金額とみなされる同条第三項に規定する被合併法人等の同項各号に定める金額に係る同条第一項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該被合併法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該被合併法人等の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）又は新租税特別措置法第六十八条の九十二第一項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該被合併法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該被合併法人等の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
新租税特別措置法第六十六条の八第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する適格分割等が行われる場合において、同項の規定によりないものとされる当該適格分割等に係る同項に規定する分割法人等の同条第一項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該分割法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該分割法人等の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
第三十八条（鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号に掲げる法人が施行日前に取得又は製作をした同号に定める固定資産については、なお従前の例による。
第三十九条（欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十六条の十二第一項第二号に規定する中小企業者又は特定中小企業者の附則第一条第十九号に定める日前に終了した事業年度において生じた欠損金額については、なお従前の例による。
第四十条（組合事業に係る損失がある場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十二の規定は、施行日以後に締結される組合契約（同条第三項第一号に規定する組合契約（平成十九年四月一日前に締結される航空法（昭和二十七年法律第二百三十一号）第百条第一項の許可に係る事業の用に供する航空機の賃貸に係るものを除く。）をいう。以下この項において同じ。）及び施行日以後に組合契約に係る新租税特別措置法第六十七条の十二第一項に規定する組合員（以下この項において「組合員」という。）たる地位の承継（施行日前に締結された組合契約に係る組合員たる地位の適格合併による承継その他の政令で定める承継を除く。）を受ける法人の当該承継に係る組合契約について適用する。
新租税特別措置法第六十七条の十三の規定は、附則第一条第七号に定める日以後に締結される新租税特別措置法第六十七条の十三第一項に規定する有限責任事業組合契約について適用する。
第四十一条（特定短期国債の償還差益の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十六第四項の規定は、同項に規定する外国投資信託の受託者である外国法人が施行日以後に新租税特別措置法第四十一条の十二第九項に規定する特定振替記載等を受ける新租税特別措置法第六十七条の十六第四項に規定する外国投資信託の信託財産に属する同項に規定する特定短期国債の同項に規定する償還差益について適用し、旧租税特別措置法第五条の二第二項に規定する外国投資信託の受託者である外国法人が施行日前に旧租税特別措置法第四十一条の十二第九項に規定する特定振替記載等を受けた旧租税特別措置法第五条の二第二項に規定する外国投資信託の信託財産に属する旧租税特別措置法第四十一条の十二第九項に規定する特定短期公社債のうち同項第一号から第八号までに掲げるものの同条第七項に規定する償還差益については、なお従前の例による。