第二十六条（居住者の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の四第一項、第二項第一号及び第三号、第三項並びに第六項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額について適用し、旧租税特別措置法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の四第二項第二号の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度において生ずる同号に規定する欠損の金額について適用し、旧租税特別措置法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度において生じた同条第二項第二号に規定する欠損の金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十条の五第一項から第三項までの規定は、同条第一項に規定する外国関係信託につき施行日以後に生ずる同項第四号に掲げる事実について適用する。
第二十七条（償還差益等に係る分離課税等の特例に係る特定振替国債等の譲渡対価の支払調書等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十二第二十三項の規定は、平成十七年九月一日以後に提出する同項に規定する光ディスク等について適用する。
第二十八条（先物取引に係る雑所得等の課税の特例等に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条の十四（第五項に係る部分を除く。）及び第四十一条の十五の規定は、個人が平成十七年七月一日以後に行う新租税特別措置法第四十一条の十四第一項に規定する先物取引に係る同項に規定する差金等決済について適用する。
新租税特別措置法第四十一条の十四第五項の規定は、平成十七年九月一日以後に提出する同項に規定する光ディスク等について適用する。
第二十九条（個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
附則第十六条、第十七条、第二十一条から第二十三条まで、第二十五条又は前条第一項の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律第六条の規定の適用については、同法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、所得税法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第二十一号）附則第十六条、第十七条、第二十一条から第二十三条まで、第二十五条及び第二十八条第一項の規定並びに」とする。
第三十条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
新租税特別措置法第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第三十一条（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の七（第一項第六号から第八号までに係る部分に限る。）の規定は、法人が附則第一条第十九号に定める日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十二条の七第一項第六号に掲げる法人の同号に規定する承認経営革新計画（以下この項において「承認経営革新計画」という。）が中小企業経営革新支援法の一部を改正する法律（平成十七年法律第三十号）附則第二条の規定により承認経営革新計画とみなされたものである場合には、当該法人の新租税特別措置法第四十二条の七の規定の適用については、同条第二項中「又は第五号」とあるのは、「、第五号又は第六号」とする。
第三十二条（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の十の規定は、法人が附則第一条第十九号に定める日以後に取得若しくは製作若しくは建設又は賃借をする新租税特別措置法第四十二条の十第一項に規定する経営革新設備等について適用し、法人が同日前に取得若しくは製作若しくは建設又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の十第一項に規定する経営革新設備等については、なお従前の例による。