①施行日前に国から旧租税特別措置法第七十六条第一項に規定する譲与を受けた土地の所有権の保存の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

②施行日前に旧租税特別措置法第七十七条の四に規定する農業を営む者が同条第二号に掲げる交換分合により取得した同号に定める土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

③新租税特別措置法第七十八条の三第二項の規定は、施行日以後に同項に規定する中小企業者が同項に規定する事業協同組合等から取得する同項に規定する土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第七十八条の三第二項に規定する中小企業者が同項に規定する事業協同組合等から取得した同項に規定する土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

④施行日から平成十四年三月三十一日までの間にされる旧租税特別措置法第八十条第一項に規定する認定（漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号）第十条第一項の規定による認定に限る。）に係る旧租税特別措置法第八十条第一項各号に掲げる事項については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「平成十二年三月三十一日」とあるのは「平成十四年三月三十一日」と、同項第二号中「合併による」とあるのは「合併又は分割による」と、「又は合併」とあるのは「又は合併若しくは分割」と、「超える資本の金額」とあるのは「超える資本の金額又は分割をした会社の当該分割の直前における資本の金額から当該分割の直後における資本の金額を控除した金額を超える資本の金額」と、同項第四号中「合併」とあるのは「合併又は分割」とする。

⑤新租税特別措置法第八十条第二項の規定は、施行日以後にされる同項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税について適用し、施行日前にされた旧租税特別措置法第八十条第二項に規定する認定に係る同項各号に掲げる事項についての登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

⑥新租税特別措置法第八十三条第一項の規定は、施行日以後に同項に規定する資金の貸付けを受けて行う同項に規定する特定の民間都市開発事業等の用に供する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第八十三条第一項に規定する資金の貸付けを受けて行う同項に規定する特定の民間都市開発事業等の用に供する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。

⑦施行日前に取得された旧租税特別措置法第八十四条の三第二項に規定する鉄道施設に係る土地又は建物についての同項に規定する所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。