第六条（個人の技術等海外取引に係る所得の特別控除に関する経過措置）
平成十年分の所得税に係る新租税特別措置法第二十一条の規定の適用については、同条第一項中「当該収入金額の百分の六（次項第二号」とあるのは「平成十年一月一日から同年三月三十一日までの期間内の当該収入金額の百分の七（次項第二号に掲げる取引によるものについては、百分の十二）に相当する金額と同年四月一日から同年十二月三十一日までの期間内の当該収入金額の百分の六（同号」と、「金額の合計額」とあるのは「金額との合計額」とする。
第七条（個人の超短期所有土地の譲渡等に係る事業所得等の課税の特例に関する経過措置）
個人が平成十年一月一日前にした旧租税特別措置法第二十八条の五第一項に規定する超短期所有土地の譲渡等については、なお従前の例による。
第八条（特定の取締役等が受ける株式譲渡請求権等の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等に関する経過措置）
施行日前に新租税特別措置法第二十九条の二第一項本文に規定する契約（同項各号に掲げる要件（以下この条において「要件」という。）の全部又は一部が定められていないものに限る。以下この条において「当初契約」という。）を締結した同項の株式会社及び同項の取締役等が、施行日から平成十年九月三十日までの間に、当該当初契約の内容を変更するための契約（以下この条において「変更契約」という。）を締結し、当該変更契約において当該当初契約に定められていなかった要件を定めた場合において、当該取締役等が当該当初契約の締結の日から当該変更契約の締結の日の前日までの間に当該当初契約に従って同項に規定する株式譲渡請求権又は新株引受権の行使をしていないときにおける新租税特別措置法第二十九条の二の規定の適用については、当該要件は、当該当初契約において定められたものとみなす。
第九条（特定の取締役等が受ける新株の発行に係る株式の取得に係る経済的利益の非課税等に関する経過措置）
施行日前にされた旧租税特別措置法第二十九条の二第一項に規定する決議に基づき締結された同項の契約により与えられる同項に規定する特定新株発行請求権に係る株式については、なお従前の例による。
第十条（個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第三十四条の二第二項第九号及び第十一号の規定は、個人が中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の施行の日以後に行う同条第一項に規定する土地等の譲渡について適用する。
新租税特別措置法第三十六条の六の規定は、個人が平成十年一月一日以後に行う同条第一項に規定する譲渡資産の譲渡について適用し、個人が同日前に行った旧租税特別措置法第三十六条の六第一項に規定する譲渡資産の譲渡については、なお従前の例による。この場合において、同日前に同項に規定する譲渡資産の同項に規定する譲渡をした個人が、同日以後に当該譲渡資産と一体として当該個人の居住の用に供されていた家屋又は土地若しくは土地の上に存する権利の譲渡をしたときにおける同条の規定の適用については、同条第四項中「収用交換等による」とあるのは、「平成十年一月一日以後の」とする。
新租税特別措置法第三十七条及び第三十七条の四の規定は、個人が平成十年一月一日以後に新租税特別措置法第三十七条第一項の表の上欄に掲げる資産の譲渡をし、かつ、当該個人が同日以後に同表の下欄に掲げる資産の取得をする場合における当該譲渡について適用し、個人が同日前に旧租税特別措置法第三十七条第一項の表の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合及び個人が同日以後に同欄に掲げる資産の譲渡をし、かつ、当該個人が同日前に同表の下欄に掲げる資産の取得をした場合におけるこれらの譲渡については、なお従前の例による。
第十一条（居住者の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十条の四の規定は、その施行日以後に終了する事業年度の終了の日において同条第一項に規定する特定外国子会社等に該当する外国法人の同項に規定する適用対象留保金額について適用し、その施行日前に終了した事業年度の終了の日において旧租税特別措置法第四十条の四第一項に規定する特定外国子会社等に該当した外国法人の同項に規定する適用対象留保金額については、なお従前の例による。
第十二条（住宅の取得等をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十一条及び第四十一条の二の規定は、居住者が平成十年一月一日以後に新租税特別措置法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋（当該増改築等に係る部分に限る。以下この条において同じ。）を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合について適用し、居住者が同日前に旧租税特別措置法第四十一条第一項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
第十二条の二（住宅の取得等をした場合の所得税額の特別控除に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
附則第四条又は前条の規定の適用がある場合における経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号。以下「所得税等負担軽減措置法」という。）第六条の規定の適用については、所得税等負担軽減措置法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第四条及び第十二条の規定並びに」とする。
前条の規定の適用がある場合における所得税等負担軽減措置法第十二条の規定の適用については、同条第二項中「規定を」とあるのは「規定（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第十二条の規定の適用がある場合には、当該規定を含む。）を」と、「同条第二号」とあるのは「所得税法第百九十条第二号」とする。
第十三条（租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則）
第十四条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の五の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第四十二条の五第一項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等については、なお従前の例による。
第十五条（電子機器利用設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十二条の六の規定は、法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する電子機器利用設備について適用し、法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第四十二条の六第一項に規定する電子機器利用設備については、なお従前の例による。
第十六条（法人の減価償却に関する経過措置）
新租税特別措置法第四十三条第一項（同項の表の第一号及び第三号から第五号までに係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。）をする同項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第四十三条第一項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。
法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十三条の二第一項に規定する特定の施設については、なお従前の例による。
法人が食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法の施行の日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第四十四条の四第三項に規定する経営改善用設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十四条の七第一項（同項の表の第八号から第十一号までに係る部分に限る。）の規定は、法人が中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律の施行の日以後に取得等をする同項に規定する商業施設等について適用する。
新租税特別措置法第四十五条第一項（同項の表の第十号に係る部分に限る。）の規定は、法人が沖縄振興開発特別措置法の一部を改正する法律（平成十年法律第二十一号）の施行の日以後に取得等をする同項に規定する工業用機械等について適用する。
新租税特別措置法第四十五条の二第三項第三号の規定は、法人が医療法の一部を改正する法律（平成九年法律第百二十五号）の施行の日以後に取得又は建設をする同号に掲げる建物及びその附属設備について適用する。
新租税特別措置法第四十七条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同項に規定する優良賃貸住宅について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第四十七条第一項に規定する優良賃貸住宅については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十七条第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同項に規定する特定再開発建築物等について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第四十七条第二項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十七条第三項第六号の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同号に掲げる構築物について適用する。
新租税特別措置法第四十八条第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする同項に規定する倉庫用建物等について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧租税特別措置法第四十八条第一項に規定する倉庫用建物等については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第四十九条第二項の規定は、法人が施行日以後に取得する同項に規定する通気坑道又は排水坑道について適用し、法人が施行日前に取得した旧租税特別措置法第四十九条第二項に規定する通気坑道又は排水坑道については、なお従前の例による。