第二十条（酒税の特例に関する経過措置）
平成九年十月一日から平成十年四月三十日までの間に酒類の製造場から移出される新租税特別措置法第八十七条に規定するしょうちゅう甲類に係る同条の規定の適用については、同条中「同法第三章及び次条」とあるのは、「同法第三章、酒税法の一部を改正する法律（平成九年法律第二十一号）附則第四条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされ同項の規定により読み替えられた同法による改正前の酒税法第二十二条及び次条第一項」とする。
平成九年十月一日から平成十年九月三十日までの間に酒類の製造場から移出される新租税特別措置法第八十七条に規定するしょうちゅう乙類に係る同条の規定の適用については、同条中「同法第三章及び次条」とあるのは、「同法第三章、酒税法の一部を改正する法律（平成九年法律第二十一号）附則第四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされ同項の規定により読み替えられた同法による改正前の酒税法第二十二条並びに次条第一項及び第二項」とする。
平成十年十月一日から平成十二年九月三十日までの間に酒類の製造場から移出される新租税特別措置法第八十七条に規定するしょうちゅう乙類に係る同条の規定の適用については、同条中「同法第三章及び次条」とあるのは、「同法第三章、酒税法の一部を改正する法律（平成九年法律第二十一号）附則第四条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされ同項の規定により読み替えられた同法による改正前の酒税法第二十二条及び次条第三項」とする。
第二十一条（航空機燃料税の特例に関する経過措置）
平成九年七月一日（以下この条において「指定日」という。）前に課した、又は課すべきであった航空機燃料税については、なお従前の例による。
指定日以後最初に航行する時において新租税特別措置法第九十条の八第一項に規定する沖縄路線航空機である航空機に航空機燃料税法（昭和四十七年法律第七号）第十一条に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、同項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に対する同法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二十二条（印紙税の特例に関する経過措置）
第二十三条（有価証券取引税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第九十四条第一項の規定は、施行日以後に行う同項に規定する株式の譲渡に係る有価証券取引税について適用する。
第二十四条（住宅の取得等をした場合の所得税額の特別控除の適用期間に係る特例に関する経過措置）
第二条の規定による改正前の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（以下「旧震災特例法」という。）第十六条第一項に規定する居住者が、同項に規定する居住の用に供することができなくなった日の属する年の翌年以後の各年（同項に規定する家屋を居住の用に供した日の属する年の翌年以後五年間の各年に限る。）において同項に規定する住宅借入金等の金額を有する場合については、なお従前の例による。
旧震災特例法第十六条第二項に規定する居住者が、同項に規定する住宅の取得等をし、平成八年十二月三十一日以前に同項の定めるところにより居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
第二十五条（住宅の取得等をした場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例に関する経過措置）
第二条の規定による改正後の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（以下「新震災特例法」という。）第十六条第一項又は第二項の規定の適用があり、かつ、附則第十条第一項の規定により旧租税特別措置法第四十一条第一項の規定の適用がある場合における附則第十条第二項の規定の適用については、同項中「新租税特別措置法第四十一条第一項」とあるのは「第二条の規定による改正後の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十六条第一項又は第二項」と、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第四十一条第一項の規定の適用に係る同項に規定する借入金又は債務（」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）第二条の規定による改正後の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十六条第一項（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）の規定の適用に係る同条第一項に規定する再建住宅借入金等（同条第二項の規定の適用がある場合には、同項に規定する他の住宅借入金等を含む。」とする。
新震災特例法第十六条第一項又は第二項の規定の適用があり、かつ、前条第一項又は第二項の規定により旧震災特例法第十六条第一項又は第二項の規定の適用がある場合における附則第十条第二項の規定の適用については、同項中「新租税特別措置法第四十一条第一項」とあるのは「第二条の規定による改正後の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十六条第一項又は第二項」と、「場合における」とあるのは「場合における第二条の規定による改正前の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（以下この項において「旧震災特例法」という。）第十六条第一項又は第二項の規定により読み替えて適用される」と、「については、」とあるのは「については、旧震災特例法第十六条第一項又は第二項の規定により読み替えて適用される」と、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第四十一条第一項の規定の適用に係る同項に規定する借入金又は債務（」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）第二条の規定による改正後の阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十六条第一項（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）の規定の適用に係る同条第一項に規定する再建住宅借入金等（同条第二項の規定の適用がある場合には、同項に規定する他の住宅借入金等を含む。」とする。
第二十五条の二（住宅の取得等をした場合の所得税額の特別控除の適用期間に係る特例に関する経過措置等と定率による税額控除の特例との調整）
前二条の規定の適用がある場合における所得税等負担軽減措置法第六条の規定の適用については、所得税等負担軽減措置法第二条第三号中「規定並びに」とあるのは、「規定、租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）附則第二十四条及び第二十五条の規定並びに」とする。
前二条の規定の適用がある場合における所得税等負担軽減措置法第十二条の規定の適用については、同条第二項中「規定を」とあるのは「規定（租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）附則第二十四条又は第二十五条の規定の適用がある場合には、これらの規定を含む。）を」と、「同条第二号」とあるのは「所得税法第百九十条第二号」とする。
第二十九条（租税特別措置法の一部を改正する法律の一部改正に伴う経過措置）
前条の規定による改正前の租税特別措置法の一部を改正する法律附則第十九条第六項に規定する農業相続人が施行日前に同項に規定する特定市街化区域農地等に該当するものについて同項各号に掲げる要件に該当する転用をする見込みであることにつき同項に規定する税務署長の承認を受けた場合及び施行日から平成九年十二月三十一日までの間に同項に規定する特定市街化区域農地等に該当するものについて同項各号に掲げる要件に該当する転用をする見込みであることにつき同項に規定する税務署長の承認を受ける場合における相続税については、同条第六項から第十二項まで及び第十四項の規定は、なおその効力を有する。