①旧法第六十六条第一項第一号の森林組合で施行日前に森林組合合併助成法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求めたものが、当該認定を受けて合併をする場合における法人税については、なお従前の例による。

②旧法第六十六条第一項第二号に規定する中小漁業者が施行日前に漁業再建整備特別措置法（昭和五十一年法律第四十三号）第五条第一項の認定を受けた中小漁業構造改善計画に従つて合併をする場合における法人税については、なお従前の例による。

③旧法第六十六条第一項第三号に規定する法人で施行日前に同号に規定する認定を受けたものが合併をする場合における法人税については、なお従前の例による。

④青色申告書を提出する森林組合で政令で定めるものが施行日から昭和五十八年三月三十一日までの間に森林組合合併助成法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該認定を受けて合併をする場合における法人税については、旧法第六十六条及び第六十六条の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧法第六十六条第一項第一号中「森林組合で」とあるのは「森林組合のうち昭和五十五年改正法附則第二十条第四項に規定する政令で定めるもので」と、「森林組合合併助成法第四条第二項の」とあるのは「森林組合合併助成法第二条の規定により同法第四条第二項の認定を求め、当該」とする。

⑤旧法第六十六条第一項第二号に規定する中小漁業者で政令で定めるものが施行日から昭和五十七年三月三十一日までの間に漁業再建整備特別措置法第五条第一項の認定を受けた中小漁業構造改善計画に従つて合併をする場合における法人税については、同号中「昭和五十五年三月三十一日」とあるのは「昭和五十七年三月三十一日」と、「中小漁業者」とあるのは「中小漁業者（昭和五十五年改正法附則第二十条第五項に規定する政令で定めるものに限る。）」と、「同法第十条第一項」とあるのは「漁業再建整備特別措置法第十条第一項」として、旧法第六十六条の規定の例による。

⑥旧法第六十六条第一項第三号に規定する法人で政令で定めるものが施行日から昭和五十七年三月三十一日までの間に同号に規定する認定を受けて合併をする場合における法人税については、同号中「卸売の業務を行う法人で、」とあるのは「卸売の業務を行う法人で、昭和五十五年改正法附則第二十条第六項に規定する政令で定めるもののうち」と、「昭和五十五年三月三十一日」とあるのは「昭和五十七年三月三十一日」と、「同法」とあるのは「卸売市場法」として、同条の規定の例による。

⑦第四項の規定の適用がある場合における新法第六十一条及び第六十三条の規定の適用については、新法第六十一条第一項中「二千五百万円を超える事業年度」とあるのは「二千五百万円を超える事業年度（当該法人が昭和五十五年改正法附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる昭和五十五年改正法による改正前の租税特別措置法第六十六条第一項第一号に規定する認定を受けて同項に規定する合併をした合併法人に該当する場合の当該合併の日を含む事業年度開始の日以後五年以内に終了する各事業年度に該当する事業年度を除く。）」と、新法第六十三条第一項第四号中「合併により」とあるのは「合併（昭和五十五年改正法附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる昭和五十五年改正法による改正前の租税特別措置法第六十六条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）により」とする。

⑧第五項又は第六項の規定の適用がある場合における新法第六十三条の規定の適用については、同条第一項第四号中「合併により」とあるのは、「合併（昭和五十五年改正法附則第二十条第五項又は第六項の規定の適用を受けるものを除く。）により」とする。