第四十四条（対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例に関する経過措置）
施行日以後に海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三十五条第三項の認定を受ける法人の施行日から令和六年三月三十一日までの間に開始する事業年度における新租税特別措置法第五十九条の二の規定の適用については、同条第二項中「開始の日」とあるのは、「開始の日以後二月を経過した日」とする。
第四十五条（法人が農用地等を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条の三第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同項に規定する特定農業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧租税特別措置法第六十一条の三第一項に規定する特定農業用機械等については、なお従前の例による。
第四十六条（法人の特定の資産の買換えの場合等の課税の特例に関する経過措置）
法人が施行日前に旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第一号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）をした同号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をする同欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定については、なお従前の例による。
第十条の規定（附則第一条第四号ニに掲げる改正規定を除く。）による改正後の租税特別措置法（以下この項において「令和五年新措置法」という。）第六十五条の七から第六十五条の九まで（令和五年新措置法第六十五条の七第一項の表の第一号、第三号及び第四号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に同表の第一号、第三号又は第四号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る令和五年新措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、法人が施行日前に旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二号、第四号又は第五号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をするこれらの号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十五条の八第一項又は第二項の特別勘定又は期中特別勘定並びに法人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
第十条の規定（附則第一条第四号ニに掲げる改正規定に限る。以下この項において同じ。）による改正後の租税特別措置法（以下この項において「令和六年新措置法」という。）第六十五条の七から第六十五条の九まで（令和六年新措置法第六十五条の七第一項及び第九項の届出に係る部分に限る。）の規定は、法人が令和六年四月一日以後に令和六年新措置法第六十五条の七第一項の表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に当該各号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産について適用し、法人が同日前に第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における同日前に取得をした当該各号の下欄に掲げる資産又は同日以後に取得をする当該各号の下欄に掲げる資産及び法人が同日以後に同表の各号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における同日前に取得をした当該各号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
第四十七条（株式等を対価とする株式の譲渡に係る所得の計算の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の二第一項の規定は、令和五年十月一日以後に行われる株式交付について適用し、同日前に行われた株式交付については、なお従前の例による。
第四十八条（内国法人の外国関係会社に係る所得等の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第五項、第十一項及び第十二項の規定は、租税特別措置法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の令和六年四月一日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合について適用し、同条第一項各号に掲げる内国法人の同日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の九の二第五項及び第十一項から第十三項までの規定は、租税特別措置法第六十六条の九の二第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の令和六年四月一日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融関係法人部分課税対象金額を計算する場合について適用し、同条第一項に規定する特殊関係株主等である内国法人の同日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融関係法人部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
第四十九条（認定事業適応法人の欠損金の損金算入の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十六条の十一の四第一項に規定する一年を経過する日以前に新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号）第一条の規定による改正前の産業競争力強化法（平成二十五年法律第九十八号）第二十一条の十五第一項の認定を受けた法人（当該法人が通算法人である場合には、他の通算法人を含む。）の施行日前に開始した事業年度において生じた租税特別措置法第二条第二項第二十一号に規定する欠損金額（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）附則第二十条第一項の規定により租税特別措置法第二条第二項第二十一号に規定する欠損金額とみなされたものを含む。）については、なお従前の例による。
第五十条（特別新事業開拓事業者に対し特定事業活動として出資をした場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十三の規定は、法人が施行日以後に取得する株式について適用し、法人が施行日前に取得した株式については、なお従前の例による。
第五十一条（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
相続税法第二十一条の九第三項（租税特別措置法第七十条の二の六第一項、第七十条の二の七第一項（同法第七十条の二の八において準用する場合を含む。）又は第七十条の三第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受ける新租税特別措置法第六十九条の五第一項に規定する特定計画山林を贈与により取得する場合において、同項の規定は、令和六年一月一日以後に贈与により取得する当該特定計画山林に係る相続税について適用する。
新租税特別措置法第七十条の二の二の規定は、施行日以後に同条第一項に規定する信託受益権、金銭又は同項に規定する金銭等（以下この項において「信託受益権等」という。）を取得する個人（以下この項において「新法適用者」という。）に係る当該信託受益権等に係る相続税又は贈与税について適用し、施行日前に信託受益権等を取得した個人（新法適用者を除く。）に係る当該信託受益権等に係る相続税又は贈与税については、なお従前の例による。この場合において、施行日前に信託受益権等を取得した新法適用者に係る同条第十二項第一号に規定する管理残額及び当該新法適用者に係る同条第十七項第二号の規定により租税特別措置法第七十条の二の五第三項に規定する一般贈与財産（次項において「一般贈与財産」という。）とみなされる新租税特別措置法第七十条の二の二第十七項に規定する残額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。
新租税特別措置法第七十条の三の二の規定は、令和六年一月一日以後に贈与により取得する財産に係る贈与税について適用する。
新租税特別措置法第七十条の三の三の規定は、令和六年一月一日以後に同条第一項の土地又は建物が同項に規定する災害により被害を受ける場合について適用する。この場合において、同日前に贈与により取得した当該土地又は建物に係る相続税については、附則第十九条第一項の規定にかかわらず、新相続税法第二十一条の十五第一項又は第二十一条の十六第三項の規定を適用する。
新租税特別措置法第七十条の六の八第二項第三号ロの規定は、令和六年一月一日以後に贈与により取得をする特定事業用資産（租税特別措置法第七十条の六の八第二項第一号に規定する特定事業用資産をいう。以下この項において同じ。）に係る贈与税について適用し、同日前に贈与により取得をした特定事業用資産に係る贈与税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十条の七第二項第五号ロ及び第七十条の七の五第二項第八号ロの規定は、令和六年一月一日以後に贈与により取得をする非上場株式等（租税特別措置法第七十条の七第二項第二号に規定する非上場株式等をいう。以下この項において同じ。）に係る贈与税について適用し、同日前に贈与により取得をした非上場株式等に係る贈与税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第七十条の七の九第十四項（新租税特別措置法第七十条の七の十二第十四項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定は、施行日以後に新租税特別措置法第七十条の七の九第十四項に規定する認定医療法人の認定移行計画の変更について、同条第二項第一号に規定する平成十八年医療法等改正法附則第十条の四第一項の規定による認定を行う場合について適用する。