施行日の前日を含む事業年度終了の日（以下この条において「基準日」という。）において廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条第一項又は第十五条第一項の許可（以下この条において「設置許可」という。）を受けている法人（基準日後に他の者から旧租税特別措置法第五十六条第一項に規定する特定廃棄物最終処分場（当該他の者が法人である場合には当該特定廃棄物最終処分場に係る設置許可を受けた日が当該他の者の基準日以前であるものに、当該他の者が個人である場合には当該特定廃棄物最終処分場に係る設置許可を受けた日が令和四年十二月三十一日以前であるものに、それぞれ限る。）の移転を受ける法人を含む。）の施行日以後に開始する各事業年度の所得の金額の計算については、旧租税特別措置法第五十六条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「令和四年三月三十一日」とあるのは「令和十一年三月三十一日」と、「（第七項」とあるのは「（第六項」と、「百分の六十」とあるのは「百分の六十（当該事業年度が、令和六年四月一日から令和七年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の五十とし、同年四月一日から令和八年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の四十とし、同年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の三十とし、同年四月一日から令和十年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の二十とし、同年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の十とする。）」と、同条第三項中「、適格分割又は適格現物出資」とあるのは「（合併法人が所得税法等の一部を改正する法律（令和四年法律第四号）附則第四十四条に規定する法人であるものに限る。第八項において同じ。）、適格分割（分割承継法人が同条に規定する法人であるものに限る。以下この条において同じ。）又は適格現物出資（被現物出資法人が同法附則第四十四条に規定する法人であるものに限る。以下この条において同じ。）」と、同条第五項中「前条第六項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和四年法律第四号）第十一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の二第六項」と、同条第六項中「百分の六十」とあるのは「百分の六十（当該事業年度が、令和六年四月一日から令和七年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の五十とし、同年四月一日から令和八年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の四十とし、同年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の三十とし、同年四月一日から令和十年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の二十とし、同年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する事業年度であるときは百分の十とする。）」と、同条第十三項中「第六項」とあるのは「第五項」と、「第七項」とあるのは「第六項」とする。

①新租税特別措置法第六十条の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

②内国法人で次に掲げる法人に該当するもの（当該内国法人が通算法人（租税特別措置法第二条第二項第十号の六に規定する通算法人をいう。以下この項及び次項において同じ。）である場合には、他の通算法人のいずれかが次に掲げる法人に該当する場合における当該内国法人を含む。）の施行日以後に終了する事業年度における新租税特別措置法第六十条の規定の適用については、同条第一項中「（当該各号の上欄に規定する提出の日」とあるのは「のうち計画提出等（経過措置内国法人（所得税法等の一部を改正する法律（令和四年法律第四号）附則第四十五条第二項各号に掲げる法人に該当する内国法人をいう。以下この項において同じ。）以外の内国法人にあつては同表の各号の上欄に規定する提出をいい、同表の第一号の上欄に掲げる法人に該当する経過措置内国法人にあつては沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法（以下この項において「平成二十六年旧沖振法」という。）第二十九条第一項の規定による指定をいい、同表の第二号の上欄に掲げる法人に該当する経過措置内国法人にあつては沖縄振興特別措置法等の一部を改正する法律（令和四年法律第七号。以下この項において「沖振法等改正法」という。）第一条の規定による改正前の沖縄振興特別措置法（以下この項において「旧沖振法」という。）第四十一条第五項の規定による提出（平成二十六年旧沖振法第四十二条第一項の規定により国際物流拠点産業集積地域として指定された区域内に本店又は主たる事務所を有する経過措置内国法人にあつては、その指定）をいう。）の日」と、「有するものに限る。」とあるのは「有するもの（」と、同項の表の第一号の上欄中「限る。）」とあるのは「限る。以下この号において「認定法人」という。）又は沖振法等改正法附則第四条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同項に規定する認定を受けている法人（認定法人を除く。以下この号において「旧認定法人」という。）」と、同号の中欄中「同法第二十九条第一項」とあるのは「沖縄振興特別措置法第二十九条第一項」と、「の区域」とあるのは「（旧認定法人にあつては、令和四年三月三十一日において旧沖振法第二十九条第一項に規定する提出情報通信産業振興計画に定められている旧沖振法第二十八条第二項第三号に規定する情報通信産業特別地区）の区域」と、同号の下欄中「同法」とあるのは「沖縄振興特別措置法」と、「認定特定情報通信事業」とあるのは「認定特定情報通信事業（旧認定法人にあつては、旧沖振法第三十条第一項に規定する特定情報通信事業）」と、同表の第二号の上欄中「限る。）」とあるのは「限る。以下この号において「認定法人」という。）又は沖振法等改正法附則第六条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同項に規定する認定を受けている法人（認定法人を除く。以下この号において「旧認定法人」という。）」と、同号の中欄中「同法第四十二条第一項」とあるのは「沖縄振興特別措置法第四十二条第一項」と、「の区域」とあるのは「（旧認定法人にあつては、令和四年三月三十一日において旧沖振法第四十二条第一項に規定する提出国際物流拠点産業集積計画に定められている同号に規定する国際物流拠点産業集積地域）の区域」と、同号の下欄中「同法」とあるのは「沖縄振興特別措置法」と、「認定特定国際物流拠点事業」とあるのは「認定特定国際物流拠点事業（旧認定法人にあつては、旧沖振法第四十四条第一項に規定する特定国際物流拠点事業）」とする。

③内国法人で旧認定法人（沖振法等改正法附則第七条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同項に規定する認定を受けている法人をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの（当該内国法人が通算法人である場合には、他の通算法人のいずれかが旧認定法人に該当する場合における当該内国法人を含む。）の施行日以後に終了する事業年度における新租税特別措置法第六十条の規定の適用については、同条第二項中「限る。）」とあるのは「限る。）又は所得税法等の一部を改正する法律（令和四年法律第四号）附則第四十五条第三項に規定する旧認定法人」と、「、同法」とあるのは「、沖縄振興特別措置法」とする。

新租税特別措置法第六十一条の二第一項に規定する認定農地所有適格法人に該当する法人で基盤強化法等改正法附則第十一条第二項に規定する協議の結果において、市町村が適切と認める区域における農業において中心的な役割を果たすことが見込まれる農業者とされたものは、基盤強化法等改正法附則第五条第一項に規定する二年を経過する日までの間は、新租税特別措置法第六十一条の二第一項に規定する財務省令で定めるものとみなして、同条の規定を適用する。