第四十二条（漁業協同組合等の留保所得の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十一条の規定は、同条第一項に規定する法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第六十一条第一項に規定する法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第四十三条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
法人の有する旧租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等が、附則第一条第五号に定める日前に同項第三号に規定する裁定により買い取られた場合については、なお従前の例による。
附則第一条第五号に定める日以後に農地法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第五十七号）附則第七条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる同法第一条の規定による改正前の農地法（以下この項において「旧農地法」という。）第七十五条の二第一項に規定する草地利用権に係る新租税特別措置法第六十五条の三第一項に規定する土地等が旧農地法第七十五条の八第一項の裁定により買い取られる場合には、当該買い取られる場合を新租税特別措置法第六十五条の三第一項第三号に掲げる場合に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。
附則第一条第六号に定める日以後に法人の有する新租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等が中小小売商業振興法第四条第一項から第三項まで又は第六項の規定による認定を受けた高度化事業計画に基づく同条第七項第一号に規定する高度化事業（同日前に当該認定を受けた高度化事業計画に基づくものであって、都市計画その他の土地利用に関する国又は地方公共団体の計画に適合して行われるものであることその他の政令で定める要件に該当することにつき財務省令で定めるところにより証明がされたものに限る。）の用に供するために、地方公共団体の出資に係る法人その他の政令で定める法人に買い取られる場合には、当該買い取られる場合を新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十三号に掲げる場合に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十三号イの規定は、法人が附則第一条第六号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十五号の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の七から第六十五条の九まで（新租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十四号に係る部分に限る。）の規定は、法人の附則第一条第五号に定める日以後に取得をする同表の第十四号の下欄に掲げる資産について適用し、法人が同日前に取得をした旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十四号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の二の規定は、法人が平成二十一年一月一日以後に取得をする同条第一項に規定する先行取得土地等について適用する。
新租税特別措置法第六十六条の二第一項に規定する法人が、当該法人の施行日前に終了する事業年度（当該事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書の提出期限が平成二十一年四月三十日前に到来する事業年度に限る。）において同項に規定する先行取得土地等の取得をした場合における当該先行取得土地等に係る新租税特別措置法第六十六条の二の規定の適用については、同項中「当該取得の日を含む事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書の提出期限までに」とあるのは、「平成二十一年四月三十日までに」とする。
第四十四条（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の六第一項から第四項までの規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の七第一項及び第三項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額に係る同項に規定する外国法人税の額について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の七第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象留保金額に係る同項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の八の規定は、内国法人が同条第二項に規定する特定外国子会社等から受ける同条第一項に規定する剰余金の配当等の額（当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。）がある場合について適用し、旧租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する内国法人に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき同項各号に掲げる事実（当該特定外国子会社等又は外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。）が生じた場合については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象留保金額（内国法人の新租税特別措置法第六十六条の八第三項第一号に規定する事業年度（以下この項において「配当等事業年度」という。）の所得の金額の計算上益金の額に算入される金額に限る。以下この項において同じ。）又は旧租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する課税済留保金額（同条第二項又は第三項の規定により同条第一項に規定する課税済留保金額とみなされたものを含む。以下この項において同じ。）のうち内国法人の新租税特別措置法第六十六条の八第三項第二号に規定する前十年以内の各事業年度（以下この項において「前十年以内の各事業年度」という。）に対応する部分の金額（同号の規定により控除される同号に規定する剰余金の配当等の額に相当する金額を除く。）は、当該内国法人の課税対象留保金額又は課税済留保金額に係る事業年度又は連結事業年度の期間に対応する配当等事業年度又は前十年以内の各事業年度の同条第三項各号に掲げる金額とみなして、同条第一項から第三項までの規定を適用する。
内国法人の施行日以後に開始する事業年度において当該内国法人に係る旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等から受ける新租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する剰余金の配当等の額（当該特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。）については、新法人税法第二十三条の二の規定は、適用しない。この場合において、当該内国法人の施行日から三年を経過する日以前に開始する各事業年度又は各連結事業年度において当該特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税（旧法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。）の額及び当該特定外国子会社等に係る旧法人税法第六十九条第十一項又は第八十一条の十五第十一項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、旧法人税法第二十八条並びに第六十九条第八項、第十一項、第十三項及び第十五項から第十八項まで又は第八十一条の五並びに第八十一条の十五第八項、第九項、第十一項から第十三項まで及び第十五項から第十七項までの規定は、なおその効力を有する。
内国法人の施行日前に開始した事業年度において当該内国法人に係る新租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する特定外国子会社等（新法人税法第二十三条の二第一項に規定する外国子会社に該当するものに限る。以下この項において同じ。）から受けた旧租税特別措置法第六十六条の六第一項に規定する剰余金の配当等の額（当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。）については、附則第六条の規定にかかわらず、新法人税法第二十三条の二の規定を適用する。この場合において、旧法人税法第六十九条第八項又は第八十一条の十五第八項に規定する外国子会社及び旧法人税法第六十九条第十一項又は第八十一条の十五第十一項に規定する外国孫会社の所得に対して課される旧法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、附則第十二条第二項又は第十六条第二項の規定は、適用しない。
前項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法の規定の適用については、旧法人税法第六十七条第三項第二号中「除く。）」とあるのは、「除く。）及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第四十四条第六項前段（内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）の規定により適用される第二十三条の二（外国子会社から受ける配当等の益金不算入）（租税特別措置法第六十六条の八第二項前段（特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等）の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入されなかつた金額」とする。