第四十九条（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の七十（新租税特別措置法第六十四条第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十三号に定める日以後に行う同項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う同号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第十七号に係る部分に限る。）に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項（旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第十八号に係る部分に限る。）に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十三号に定める日以後に行う同項第二十号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十一号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の七十六（新租税特別措置法第六十五条の五第一項第三号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十四号に定める日以後に行う同項第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う同号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日から農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律（平成十七年法律第五十三号）の施行の日の前日までの間にする新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡及び同号の下欄に掲げる資産の取得に係る同条から第六十八条の八十まで（同号に係る部分に限る。）の規定の適用については、同号中「同条第二項第二号」とあるのは「同条第二項第一号」と、「土地等、農業経営基盤強化促進法第二十七条の三第一項に規定する勧告に係る協議により取得をする農用地区域等内にある土地等（当該連結親法人又はその連結子法人で、同条第二項に規定する特定農業法人に該当するものが取得をするものに限る。）」とあるのは「土地等」とする。
第五十条（連結法人が共同で現物出資をした場合の課税の特例に関する経過措置）
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧租税特別措置法第六十八条の八十六第一項に規定する特定共同出資により施行日前に取得した同項の株式又は出資については、なお従前の例による。
第五十一条（連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の九十第一項、第三項及び第六項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の九十第二項第二号の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度において生ずる同号に規定する欠損の金額について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度において生じた同条第二項第二号に規定する欠損の金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の九十二第一項の規定は、同項に規定する連結法人に係る同項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合における当該連結法人の同項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該連結法人の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用し、旧租税特別措置法第六十八条の九十二第一項に規定する連結法人に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき施行日前に同項各号に掲げる事実が生じた場合における当該連結法人の同項に規定する個別課税済留保金額については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の九十二第二項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等、外国関係会社又は外国関係信託につき施行日以後に同項各号に掲げる事実が生ずる場合において、同条第二項の規定により連結法人の同条第一項に規定する個別課税済留保金額とみなされる新租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該連結法人の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該連結法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の九十二第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する適格合併等が行われる場合において、同項の規定により連結法人の同条第一項に規定する個別課税済留保金額とみなされる同条第三項に規定する被合併法人等の同項各号に定める金額に係る同条第一項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該被合併法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該被合併法人等の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）又は新租税特別措置法第六十六条の八第一項に規定する課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該被合併法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十六条の六第一項の規定により当該被合併法人等の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の九十二第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する適格分割等が行われる場合において、同項の規定によりないものとされる当該適格分割等に係る同項に規定する分割法人等の同条第一項に規定する個別課税済留保金額（旧租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該分割法人等の平成十二年四月一日以後に終了した各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入した金額及び益金の額に算入する金額に係るもの並びに新租税特別措置法第六十八条の九十第一項の規定により当該分割法人等の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する金額に係るものに限る。）について適用する。
第五十二条（連結親法人である鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十八条の九十四第一項に規定する連結親法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第二号に定める固定資産については、なお従前の例による。
第五十三条（連結法人の組合事業に係る損失がある場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の百五の二の規定は、施行日以後に締結される組合契約（新租税特別措置法第六十七条の十二第三項第一号に規定する組合契約（平成十九年四月一日前に締結される航空法第百条第一項の許可に係る事業の用に供する航空機の賃貸に係るものを除く。）をいう。以下この項において同じ。）及び施行日以後に組合契約に係る新租税特別措置法第六十七条の十二第一項に規定する組合員（以下この項において「組合員」という。）たる地位の承継（施行日前に締結された組合契約に係る組合員たる地位の適格合併による承継その他の政令で定める承継を除く。）を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の当該承継に係る組合契約について適用する。
新租税特別措置法第六十八条の百五の三の規定は、附則第一条第七号に定める日以後に締結される新租税特別措置法第六十八条の百五の三第一項に規定する有限責任事業組合契約について適用する。