第九十八条（法人の技術等海外取引に係る所得の特別控除に関する経過措置）
法人の施行日の前日を含む事業年度以前の各事業年度に旧租税特別措置法第五十八条第一項に規定する収入金額がある場合については、なお従前の例による。
第九十九条（法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十四条第一項第三号並びに第六十五条第一項第二号及び第四号の規定は、法人が附則第一条第四号に定める日以後に行うこれらの規定に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号並びに第六十五条第一項第二号及び第四号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
附則第一条第四号に定める日以後に独立行政法人緑資源機構法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イ又は同項第二号の事業が施行された場合における新租税特別措置法第六十四条第一項及び第六十五条第一項の規定の適用については、新租税特別措置法第六十四条第一項第三号中「第十一条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十一条第一項第七号イの事業若しくは同法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第十六条第二項」とあるのは「第十六条第二項及び同法附則第八条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、新租税特別措置法第六十五条第一項第二号中「第十一条第一項第八号の事業」とあるのは「第十一条第一項第八号の事業若しくは同法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、同項第三号中「第十一条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十一条第一項第七号イの事業、同法附則第八条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」とする。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十九号の規定は、法人が附則第一条第十三号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十三号の規定は、法人が施行日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第二十号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
第百条（鉱工業技術研究組合等の所得計算の特例に関する経過措置）
旧租税特別措置法第六十六条の十第一項第三号、第四号又は第六号に掲げる法人が施行日前に取得又は製作をしたこれらの号に定める固定資産については、なお従前の例による。
第百一条（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十一第一項第四号の規定は、法人が附則第一条第十二号に定める日以後に支出する同項第四号に掲げる負担金について適用し、法人が同日前に支出した旧租税特別措置法第六十六条の十一第一項第四号に掲げる負担金については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十六条の十一第一項第五号の規定は、法人が施行日以後に支出する同号に掲げる負担金について適用する。
第百二条（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項の規定は、同項に規定する認定特定非営利活動法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。
第百三条（欠損金の繰越期間の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十六条の十二第一項の規定は、法人の附則第一条第十号に定める日以後に終了する事業年度において生じた同項に規定する設備廃棄等による欠損金額について適用し、法人の同日前に終了した事業年度において生じた旧租税特別措置法第六十六条の十二第一項に規定する設備廃棄等による欠損金額については、なお従前の例による。
旧租税特別措置法第六十六条の十三第三項第二号に定める期間内に同条第二項第二号に規定する認定を受けた同号に掲げる法人の同項に規定する特例欠損金額については、なお従前の例による。
第百四条（特定の医療法人の法人税率の特例に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の二第一項の規定は、医療法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、医療法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
医療法人が、施行日前に旧租税特別措置法第六十七条の二第一項の規定により受けた財務大臣の承認は、新租税特別措置法第六十七条の二第一項の規定により受けた国税庁長官の承認とみなす。
第百五条（振替国債の利子等の非課税に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十七条の十六第三項の規定は、外国法人が施行日以後に発行される同項に規定する特定短期公社債につき支払を受ける同項に規定する償還差益について適用し、外国法人が施行日前に発行された旧租税特別措置法第六十七条の十六第三項に規定する特定短期公社債につき支払を受ける同項に規定する償還差益については、なお従前の例による。
第百六条（特定目的信託に係る課税の特例等に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の三の三第一項第二号イ及び第六十八条の三の四第一項第二号イの規定は、特定信託（法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下この条において同じ。）の受託者である法人の施行日以後に開始する計算期間（法人税法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この条において同じ。）分の法人税について適用し、特定信託の受託者である法人の施行日前に開始した計算期間分の法人税については、なお従前の例による。
第百七条（連結法人の試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の九の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。）が平成十五年一月一日以後に開始し、かつ、施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が平成十五年一月一日前に開始した連結事業年度及び施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
第百八条（連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十第五項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第百九条（中小連結法人が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十一の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する特定機械装置等及び同条第三項に規定する減価償却資産について適用する。
第百十条（特定中小連結法人が事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十二（第七項を除く。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得若しくは製作又は賃借をする同条第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第六十八条の十一第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
新租税特別措置法第六十八条の十二第七項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第百十一条（特別中小連結法人が事業化設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第六十八条の十二第一項に規定する事業化設備等については、なお従前の例による。
第百十二条（連結法人が沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十三第四項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第百十三条（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十四第七項の規定は、法人税法第四条の五第一項の規定により同法第四条の二の承認が施行日後に取り消される場合について適用し、同項の規定により同条の承認が施行日以前に取り消された場合については、なお従前の例による。
第百十四条（連結法人が情報通信機器等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
新租税特別措置法第六十八条の十五の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で平成十五年一月一日以後に同条第一項に規定する情報通信機器等の取得若しくは製作又は賃借をしたものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用する。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧租税特別措置法第六十八条の十五第一項に規定する特定機械装置等及び同条第三項に規定する減価償却資産については、なお従前の例による。