旧法第八条第八項第八号（社会保険料の意義）に規定する制度に基づき、地方公共団体の職員が負担する費用（法第九条第一項第七号（在勤手当の非課税）に掲げる在勤手当から控除されるものを除く。）のうち昭和四十年一月一日から昭和四十六年六月三十日までの間に支払われ又は給与から控除されるものは、新令第二百八条（社会保険料の範囲）の規定にかかわらず、法第七十四条第二項（社会保険料控除）に規定する社会保険料に含まれるものとする。

新令第二百二十四条第一項から第三項まで（繰越控除限度額等）又は第二百二十五条（繰越外国所得税額等）の規定を適用する場合において、昭和三十九年以前の各年に係る旧令第十二条の三十一第四号から第六号まで（外国税額の控除に関する用語の意義）に規定する国税の控除余裕額、地方税の控除余裕額又は控除限度超過額は、それぞれ当該各年に係る新令第二百二十四条第四項から第六項までに規定する国税の控除余裕額、地方税の控除余裕額又は控除限度超過額とみなす。この場合において、これらの金額のうち旧令第十二条の三十三第四項（国税の外国税控除限度額に加算する金額の計算等）又は第十三条第三項若しくは第四項（繰り越して控除される外国所得税の額の計算）の規定によりないものとみなされた金額は、それぞれ新令第二百二十四条第三項又は第二百二十五条第三項若しくは第四項の規定によりないものとみなされたものとする。

昭和三十九年分の所得税につき旧法第十一条の三（世帯員が資産所得を有する場合の所得の計算等）の規定の適用があつた場合における同条第一項に規定する主たる所得者及び世帯員の昭和四十年分の法第百四条第一項（予定納税額の納付）に規定する予定納税基準額（以下この条において「予定納税基準額」という。）は、旧法第十一条の三、旧令第十八条の二（資産所得の合算課税の場合の税額の計算）その他旧法及び旧令の規定による所得税の額の計算の方法に従い、法附則第十四条第一項から第三項まで（昭和四十年分の予定納税基準額の計算の特例）の規定を読み替え、これらの規定により計算した金額をもととして計算する。

新令第二百七十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付）の規定を適用する場合において、既に同項後段に規定する前前年分の所得税につき旧法第三十六条（純損失の繰戻しによる還付）の規定の適用があつたときは、同項後段に規定する前前年分の課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額に相当する金額からその適用に係る純損失の金額を控除した金額をもつて当該課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額とみなし、かつ、同項後段に規定する前前年分の所得税の額に相当する金額からその適用により還付された金額を控除した金額をもつて当該所得税の額とみなす。

①法附則第三条（旧法の規定に基づく処分又は手続の効力）の規定により法第百四十三条（青色申告）（法第百六十六条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の承認を受けたものとみなされた個人の昭和四十年分以前の所得税については、当該承認は、旧法第二十六条の三第一項（青色申告）の承認に係る所得についてのみ与えられたものとみなして、法の規定を適用する。

②施行日前に旧法第二十六条の三第四項の申請書を提出した個人でその申請につき税務署長の承認を受けたものの昭和四十年分の所得税については、当該承認は、その申請に係る所得についてのみ与えられたものとみなして、法の規定を適用する。

昭和四十年分の所得税については、法附則第二十四条から第二十八条まで（源泉徴収に関する経過規定）の規定によりなお従前の例によることとされる所得税は、それぞれ法第四編第一章から第五章まで（源泉徴収）の規定による徴収に係る所得税とみなす。

①労働した日又は時間によつて算定され、かつ、労働した日ごとに支払われる給与で新令第三百九条（日払の給与等の意義）の規定に該当しないもののうち、施行日から昭和四十年五月三十一日までの間に支払われるものは、同条の規定にかかわらず、法第百八十五条第一項第三号（賞与以外の給与等に係る徴収税額）に掲げる給与等に含まれるものとする。

②法第二百十二条第四項（非居住者又は法人の所得に係る源泉徴収義務）において準用する法第百八十一条第二項（配当等の支払があつたものとみなす場合）及び第百八十三条第二項（賞与の支払があつたものとみなす場合）の規定は、施行日前に支払の確定したこれらの規定に規定する配当等及び賞与で同日においてまだ支払がされていないものについても適用する。この場合において、これらの規定中「支払の確定した日」とあるのは、「昭和四十年四月一日」とする。

法附則第三十六条（農業協同組合中央会の特例）に規定する政令で定める法令は、法、租税特別措置法その他の所得税に関する法令とする。