前編第五章及び第六章（居住者に係る申告、納付及び還付）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての申告、納付及び還付について準用する。この場合において、第百十二条第二項（予定納税額の減額の承認の申請手続）中「取引」とあるのは「取引（恒久的施設を有する非居住者にあつては、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に該当するものを含む。）」と、「同項」とあるのは「前項」と、第百二十条第一項（確定所得申告）中「外国税額控除」とあるのは「第百六十五条の六第一項から第三項まで（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除」と、同項第三号中「第三章（税額の計算）」とあるのは「第三章（第九十三条（分配時調整外国税相当額控除）及び第九十五条（外国税額控除）を除く。）（税額の計算）並びに第百六十五条の五の三（非居住者に係る分配時調整外国税相当額の控除）及び第百六十五条の六」と、同条第六項中「山林所得を生ずべき業務」とあるのは「山林所得を生ずべき業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。以下この項において「特定業務」という。）」と、「雑所得を生ずべき業務」とあるのは「雑所得を生ずべき特定業務」と、「業務に」とあるのは「特定業務に」と、「ならない」とあるのは「ならないものとし、国内及び国外の双方にわたつて業務を行う非居住者が同項の規定による申告書を提出する場合には、収入及び支出に関する明細書で財務省令で定めるものを当該申告書に添付しなければならないものとする」と、第百二十二条第一項第一号（還付等を受けるための申告）中「外国税額控除」とあるのは「第百六十五条の六第一項から第三項まで（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除」と、同条第二項中「第九十五条第二項又は第三項（外国税額控除）」とあるのは「第百六十五条の六第二項又は第三項」と、第百二十三条第二項第六号（確定損失申告）中「第九十五条（外国税額控除）」とあるのは「第百六十五条の六（非居住者に係る外国税額の控除）」と、第百四十三条（青色申告）中「業務」とあるのは「業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。）」と、第百四十四条（青色申告の承認の申請）中「業務を開始した場合」とあるのは「業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。）を開始した場合」と、第百四十五条第二号（青色申告の承認申請の却下）中「取引」とあるのは「取引（恒久的施設を有する非居住者にあつては、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に該当するものを含む。第百四十八条第一項及び第百五十条第一項第三号（青色申告の承認の取消し）において同じ。）」と、第百四十七条（青色申告の承認があつたものとみなす場合）中「業務」とあるのは「業務（第百六十四条第一項各号（非居住者に対する課税の方法）に定める国内源泉所得に係るものに限る。）」と読み替えるものとする。

①恒久的施設を有する非居住者は、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得（以下この条において「恒久的施設帰属所得」という。）を有する場合において、当該非居住者が他の者との間で行つた取引のうち、当該非居住者のその年の恒久的施設帰属所得につき第百六十五条第一項（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定により準じて計算する各種所得の金額の計算上、当該取引から生ずる所得が当該非居住者の恒久的施設に帰せられるものについては、財務省令で定めるところにより、当該恒久的施設に帰せられる取引に係る明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類を作成しなければならない。

②恒久的施設を有する非居住者は、恒久的施設帰属所得を有する場合において、当該非居住者の第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等と恒久的施設との間の資産の移転、役務の提供その他の事実が同号に規定する内部取引に該当するときは、財務省令で定めるところにより、当該事実に係る明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類を作成しなければならない。

前編第七章（居住者に係る更正の請求の特例）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての国税通則法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求について準用する。

前編第八章（居住者に係る更正及び決定）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての更正又は決定について準用する。

税務署長は、第百六十四条第一項第一号イ（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得を有する非居住者の行為又は計算で、これを容認した場合には、当該国内源泉所得に係る各種所得の金額の計算上控除する金額の増加、当該国内源泉所得に係る所得に対する所得税の額から控除する金額の増加、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に規定する内部取引に係る利益の額の減少又は損失の額の増加その他の事由によりその非居住者の所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その非居住者の所得税に関する更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その非居住者の各年分の第百六十六条（申告、納付及び還付）において準用する第百二十条第一項第一号若しくは第三号から第五号まで（確定所得申告）、第百二十二条第一項第一号から第三号まで（還付等を受けるための申告）又は第百二十三条第二項第一号、第三号、第五号若しくは第七号（確定損失申告）に掲げる金額を計算することができる。

第百六十四条第二項各号（非居住者に対する課税の方法）に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得については、他の所得と区分して所得税を課するものとし、その所得税の課税標準は、その支払を受けるべき当該国内源泉所得の金額（次の各号に掲げる国内源泉所得については、当該各号に定める金額）とする。