新法第百九十九条から第二百二条まで（退職所得に係る源泉徴収）の規定は、施行日以後に支払うべき新法第百九十九条に規定する退職手当等について適用し、同日前に支払うべき当該退職手当等については、なお従前の例による。

①新法第四編第四章第一節（報酬、料金、契約金又は賞金に係る源泉徴収）及び第二節（生命保険契約等に基づく年金に係る源泉徴収）の規定は、昭和四十年六月一日以後に支払うべき新法第二百四条第一項（源泉徴収義務）に規定する報酬、料金、契約金若しくは賞金又は第二百七条（源泉徴収義務）に規定する年金について適用し、同日前に支払うべき当該報酬、料金、契約金若しくは賞金又は年金については、なお従前の例による。

②新法第四編第四章第三節（匿名組合契約等の利益の分配に係る源泉徴収）の規定は、施行日以後に支払うべき新法第二百十条（源泉徴収義務）に規定する利益の分配について適用し、同日前に支払うべき当該利益の分配については、なお従前の例による。

①新法第四編第五章（非居住者又は法人の所得に係る源泉徴収）の規定は、施行日以後に支払うべき新法第二百十二条第一項（源泉徴収義務）に規定する国内源泉所得（次項に規定するものを除く。）又は同条第三項に規定する利子等、配当等、利益の分配若しくは報酬若しくは料金について適用し、同日前に支払うべき当該国内源泉所得又は当該利子等、配当等、利益の分配若しくは報酬若しくは料金については、なお従前の例による。

②新法第四編第五章（新法第百六十一条第三号（不動産の貸付け等の対価）に掲げる国内源泉所得のうち船舶又は航空機の貸付けによる対価に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に当該船舶又は航空機の貸付けに係る契約の締結（同日前に締結された当該貸付けに係る契約につき同日以後に契約期間の更新があつた場合における当該更新を含む。）があつた場合について適用する。

新法第二百二十一条（源泉徴収に係る所得税の徴収）の規定の適用については、附則第二十四条から前条までの規定によりなお従前の例によることとされる所得税は、新法第二百二十一条に規定する所得税とみなす。

①新法第二百二十五条から第二百二十八条まで（支払調書等）の規定は、別段の定めがあるものを除き、昭和四十年一月一日以後にこれらの規定に該当する事実が生じた場合について適用し、同日前に当該事実が生じた場合については、なお従前の例による。

②新法第二百二十五条第一項第二号若しくは第七号又は第二項（無記名の株式の利益若しくは利息の配当又は無記名の証券投資信託の受益証券に係る収益の分配に関する部分に限る。）の規定は、昭和四十一年一月一日以後に支払う当該利益若しくは利息の配当又は収益の分配について適用し、同日前に支払う当該利益若しくは利息の配当又は収益の分配については、なお従前の例による。

③新法第二百二十五条第一項第八号（同号に規定する航空機の貸付け又は譲渡に係る対価に関する部分に限る。）の規定は、施行日以後に支払うべき当該対価について適用する。

新法第二百三十条（給与等の支払をする事務所の開設等の届出）の規定は、施行日以後に同条に規定する事務所、事業所その他これらに準ずるものを設け、又はこれらを移転し若しくは廃止した場合について適用し、同日前に旧法第六十条（給与支払者の申告）の規定による申告をすべきこととなつた場合については、なお従前の例による。

①施行日前に昭和四十年分の所得税につき旧法第二十九条第二項又は第三項後段（出国の場合の申告）の規定による申告書を提出した者及び同日前に同年分の所得税につき決定を受けた者は、当該申告書に記載された事項又は当該決定に係る事項（これらの事項につき同日前に更正があつた場合には、その更正後の事項）につき新法の規定の適用により異動を生ずることとなつたときは、その異動を生ずることとなつた事項について、同年六月三十日までに、税務署長に対し、国税通則法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をすることができる。

②前項の更正の請求に基づく更正があつた場合において、新法第百五十九条第二項（更正又は決定による源泉徴収税額等の還付）（新法第百六十八条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定による還付金について還付加算金を計算するときは、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、施行日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

附則第一条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律の施行に伴う関係法令の整理については、別に法律で定める。

施行日前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる所得税に係る同日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

農業協同組合法等の一部を改正する等の法律（平成二十七年法律第六十三号）附則第十二条（存続都道府県中央会の農業協同組合連合会への組織変更）に規定する存続都道府県中央会から同条の規定による組織変更をした農業協同組合連合会であつて、同法附則第十八条（組織変更後の農業協同組合連合会に係る事業等に関する特例）の規定により引き続きその名称中に農業協同組合中央会という文字を用いるものは、別表第一に掲げる法人とみなして、この法律の規定その他の政令で定める法令の規定を適用する。