この省令は、平成十八年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、平成十八年分以後の所得税について適用し、平成十七年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新規則第六条第一項第十号（非課税貯蓄申込書の特例が認められる預貯金等の範囲等）の規定は、附則第一条第三号（施行期日）に定める日（以下「会社法施行日」という。）以後に購入をする所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する有価証券について適用し、会社法施行日前に購入をした改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する有価証券については、なお従前の例による。

会社法施行日前にされた改正前の所得税法施行規則（以下「旧規則」という。）第三十五条の二第一号（更生計画認可の決定等に準ずる事由）に規定する整理計画の決定（会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件に係る同号に規定する整理計画の決定を含む。）については、なお従前の例による。

改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）の規定の適用がある場合における新規則の規定の適用については、新規則第四十七条の二第二項（生命保険料控除に関する証明事項等）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「平成十八年改正法」という。）附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）」と、「地震保険料に係る同条第二項に規定する損害保険契約等」とあるのは「地震保険料等に係る同号に規定する損害保険契約等又は同項に規定する長期損害保険契約等」と、「当該損害保険契約等」とあるのは「当該損害保険契約等又は長期損害保険契約等」と、「同条第一項に規定する地震保険料」とあるのは「同号に規定する地震保険料等」と、新規則第四十七条の五第一項（還付等を受けるための申告書の記載事項の特例）中「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。）まで」と、「同項」とあるのは「法第百二十二条第一項」と、同条第二項中「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項の規定により適用される場合を含む。）まで」と、新規則第七十五条第一項第九号（給与所得者の保険料控除申告書の記載事項）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料（以下この号において「地震保険料」という。）」とあるのは「平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「次に掲げる事項」とあるのは「同号に規定する地震保険料及び旧長期損害保険料別の次に掲げる事項」と、同号ハ中「地震保険料」とあるのは「当該地震保険料」と、「又は共済金の額」とあるのは「若しくは共済金の額又は当該旧長期損害保険料に係る保険金の額、年金額若しくは共済金の額」と、同号ホ中「地震保険料」とあるのは「当該地震保険料の金額又は当該旧長期損害保険料」と、新規則第七十六条第六項（保険料控除申告書に関する書類の提出又は提示により証明する事項）中「地震保険料に係る法第七十七条第二項（地震保険料控除）に規定する損害保険契約等」とあるのは「地震保険料等に係る平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する損害保険契約等又は同項に規定する長期損害保険契約等」と、「当該損害保険契約等」とあるのは「当該損害保険契約等又は長期損害保険契約等」と、「同条第一項に規定する地震保険料」とあるのは「同号に規定する地震保険料等」と、新規則第九十三条第一項第九号（給与等の源泉徴収票）中「地震保険料」とあるのは「地震保険料等」と、「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。）まで」とする。

改正法附則第十四条第一項（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）の規定又は所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百二十四号）附則第十六条第一項（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）の規定の適用がある場合における新法第百四十二条第一項（純損失の繰戻しによる還付の手続等）に規定する還付請求書には、同項に規定する事項（新規則第五十四条第一項第二号（純損失の繰戻しによる還付請求書の記載事項）に掲げる事項を除く。）のほか、平成十八年分の同号に規定する総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額に係る所得税の額（改正法第十四条（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律の廃止）の規定による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号。以下「旧所得税等負担軽減措置法」という。）第四条（居住者の最高税率の特例）の規定により読み替えられた旧法第二編第三章第一節（税率）の規定及び旧所得税等負担軽減措置法第五条（非居住者の最高税率の特例）の規定により読み替えられた旧法第百六十五条（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定を適用して計算した所得税の額をいう。）及び当該所得税の額から当該所得税の額の百分の十に相当する金額（当該金額が十二万五千円を超える場合には、十二万五千円）を控除した金額を記載しなければならない。