新令第七十九条（第一項第三号に係る部分に限る。）（資産の譲渡とみなされる行為）の規定は、個人がこの政令の施行の日以後に行う同項に規定する借地権の設定について適用する。

①新令第百四十五条第二項（一括評価貸金に係る貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定は、平成二十七年分以後の所得税について適用し、平成二十六年分以前の所得税については、なお従前の例による。

②新令第百四十五条第一項の居住者がこの政令の施行の日前に死亡した場合における当該居住者の平成二十七年分の所得税に係る同条第二項の規定の適用については、同項中「平成二十七年一月一日」とあるのは「平成十年一月一日」と、「平成二十七年及び平成二十八年」とあるのは「平成十年及び平成十一年」とする。

③新令第百四十五条第一項の居住者が平成二十八年一月一日から同年十二月三十一日までの間に死亡した場合における当該居住者の平成二十八年分の所得税に係る同条第二項の規定の適用については、同項中「平成二十七年及び平成二十八年の各年の十二月三十一日」とあり、及び「当該各年の十二月三十一日」とあるのは、「平成二十七年十二月三十一日及びその死亡の時」とする。

①平成二十七年七月一日から同年十二月三十一日までの間における新令第百七十条第一項（国外転出をする場合の譲渡所得等の特例）の規定の適用については、同項中「若しくは第四項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）又は第三十七条の十一第三項若しくは第四項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」とあるのは「又は第四項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」と、「同法第三十七条の十第一項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等又は同法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等」とあるのは「同条第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等」と、「同法第三十七条の十第三項若しくは第四項各号又は第三十七条の十一第四項各号」とあるのは「同条第三項又は第四項各号」と、「同法第三十七条の十第二項」とあるのは「同条第二項」とする。

②平成二十七年七月一日前において居住者が出入国管理及び難民認定法（昭和二十六年政令第三百十九号）別表第二（在留資格）の上欄の在留資格をもって在留していた期間がある場合における所得税法施行令第百七十条第三項第一号及び第百七十条の二第一項（贈与等により非居住者に資産が移転した場合の譲渡所得等の特例）の規定の適用については、同号中「期間を除く」とあるのは、「期間及び平成二十七年六月三十日までに同法別表第二（在留資格）の上欄の在留資格をもつて在留していた期間を除く」とする。

新令第百八十二条の二第二項（資産に係る控除対象外消費税額等の必要経費算入）の規定は、平成二十七年分以後の所得税について適用し、平成二十六年分以前の所得税については、なお従前の例による。

平成二十六年改正法附則第七条第二項（外国税額控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧所得税法第九十五条（外国税額控除）の規定に基づく旧令第二百二十二条（控除限度額の計算）及び第二百二十二条の二（外国税額控除の対象とならない外国所得税の額）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、平成二十八年一月一日から同年十二月三十一日までの間における同条第三項第二号の規定の適用については、同号中「配当等」とあるのは、「配当等又は同法第九条の九第一項（未成年者口座内の少額上場株式等に係る配当所得の非課税）に規定する未成年者口座内上場株式等の配当等」とする。

新令第二百五十八条（年の中途で非居住者が居住者となった場合の税額の計算）の規定は、平成二十九年分以後の所得税について適用し、平成二十八年分以前の所得税については、なお従前の例による。

平成二十六年改正法附則第十条第二項（国内源泉所得等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧所得税法第百六十一条（国内源泉所得）の規定の適用については、旧令第二百七十九条から第二百八十八条まで（国内において行なう事業から生ずる所得等）の規定は、なおその効力を有する。

平成二十六年改正法附則第十一条第二項（非居住者に対する課税の方法等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧所得税法第百六十四条第一項（非居住者に対する課税の方法）及び第百六十五条（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定の適用については、旧令第二百八十九条から第二百九十二条まで（非居住者の有する支店その他事業を行なう一定の場所等）の規定は、なおその効力を有する。

平成二十六年改正法附則第十九条第三項（源泉徴収義務等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる平成二十六年旧所得税法第二百十四条第一項から第三項まで（源泉徴収を要しない非居住者の国内源泉所得）の規定の適用については、旧令第三百三十条から第三百三十三条まで（非居住者が源泉徴収の免除を受けるための要件等）の規定は、なおその効力を有する。

平成二十八年四月一日から同年十二月三十一日までの間に支払が確定し、又は支払われる平成二十六年改正法第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法第百六十一条第一項第四号又は第八号（国内源泉所得）に掲げる国内源泉所得がある場合の平成二十六年改正法第一条の規定による改正後の所得税法第二百二十五条第一項（支払調書及び支払通知書）の規定の適用については、同項中「及び第百六十一条第一項第四号」とあるのは「及び第百六十一条第一項第四号（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正前の所得税法（第八号において「旧所得税法」という。）第百六十一条第一号の二に掲げるものに該当するものに限る。）」と、同項第八号中「第百六十一条第一項第四号若しくは第六号」とあるのは「第百六十一条第一項第四号（旧所得税法第百六十一条第一号の二に掲げるものに該当するものに限る。）、第六号、第七号、第八号（旧所得税法第百六十一条第四号に掲げるものに該当するものに限る。）若しくは第九号」とする。