第三条（非課税とされる通勤手当に関する経過措置）

①新令第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、平成十年一月一日以後に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日前に受ける当該通勤手当の差額として追給されるものを除く。）について適用し、同日前に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日以後に受けるべき当該通勤手当で同日前に受けるものの差額として追給されるものを含む。）については、なお従前の例による。

②平成十年一月一日以後に受けるべき前項の通勤手当でこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に受けたものに係る所得税法第四編第二章第一節（給与所得に係る源泉徴収義務及び徴収税額）の規定の適用については、新令第二十条の二及び同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。