この政令は、平成十年四月一日から施行する。

別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成十年分以後の所得税について適用し、平成九年分以前の所得税については、なお従前の例による。

①新令第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、平成十年一月一日以後に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日前に受ける当該通勤手当の差額として追給されるものを除く。）について適用し、同日前に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日以後に受けるべき当該通勤手当で同日前に受けるものの差額として追給されるものを含む。）については、なお従前の例による。

②平成十年一月一日以後に受けるべき前項の通勤手当でこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に受けたものに係る所得税法第四編第二章第一節（給与所得に係る源泉徴収義務及び徴収税額）の規定の適用については、新令第二十条の二及び同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。

新令第七十三条（特定退職金共済団体の要件）の規定は、施行日以後に同条第一項の承認（新令第七十四条第五項（特定退職金共済団体の承認）の変更の承認を含む。）を受ける場合について適用する。

新令第八十一条第二号（譲渡所得の基因とされないたな卸資産に準ずる資産）の規定は、個人が平成十一年一月一日以後に譲渡をする同号に掲げる減価償却資産について適用し、個人が同日前に譲渡をした改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第八十一条第二号（譲渡所得の基因とされないたな卸資産に準ずる資産）に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。

①新令第八十四条（株式等を取得する権利の価額）の規定は、施行日以後にその行使をする同条に規定する権利について適用し、施行日前にその行使をした旧令第八十四条第一項（新株等を取得する権利の価額）に規定する権利については、なお従前の例による。

②新令第百九条第一項（有価証券の取得価額）の規定は、施行日以後に取得する同項に規定する有価証券について適用し、施行日前に取得した旧令第百九条第一項（有価証券の取得価額）に規定する有価証券については、なお従前の例による。

新令第百二十条（減価償却資産の償却の方法）（第一項第七号に係る部分に限る。）の規定は、個人が平成十年十月一日以後に締結する同号に規定するリース取引に係る契約の目的とされている減価償却資産について適用する。

①新令第百三十八条（少額の減価償却資産の取得価額の必要経費算入）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

②新令第百三十九条（一括償却資産の必要経費算入）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。

新令第百四十五条第一項（貸金に係る貸倒引当金勘定への繰入限度額）の居住者の平成十年分及び平成十一年分の所得税に係る同条第二項の規定の適用については、同項中「平成十年一月一日」とあるのは「昭和五十五年一月一日」と、「平成十年及び平成十一年」とあるのは「昭和五十五年及び昭和五十六年」と、「貸金の額の合計額」とあるのは「売掛金、貸付金その他これらに準ずる金銭債権の額の合計額」とする。

個人が法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号。以下「改正法」という。）附則第十七条第二項（割賦販売等に関する経過措置）の規定の適用がある場合における新令第百五十条第一項（返品調整引当金勘定への繰入限度額）の規定の適用については、同項第一号中「第六十五条第二項（延払条件付販売等）に規定する延払条件付販売等」とあるのは「第六十五条第二項（延払条件付販売等）に規定する延払条件付販売等及び法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号。以下この号において「平成十年改正法」という。）附則第十七条第二項（割賦販売等に関する経過措置）に規定する経過措置対象割賦販売等」と、「同条第一項本文の規定の適用を受けたもの」とあるのは「法第六十五条第一項本文の規定又は平成十年改正法附則第十七条第二項の規定の適用を受けたもの」と、「同条第二項に規定する延払条件付販売等」とあるのは「法第六十五条第二項に規定する延払条件付販売等及び平成十年改正法附則第十七条第二項に規定する経過措置対象割賦販売等」とする。

①新令第百五十四条から第百五十六条まで（退職給与引当金勘定への繰入限度額等）の規定は、平成十一年分以後の所得税について適用し、平成十年分以前の所得税については、なお従前の例による。この場合において、個人の平成十一年分から平成十五年分までの各年分の事業所得の金額を計算する場合における新令第百五十四条第一項第二号及び第百五十五条第一項第二号の規定の適用については、新令第百五十四条第一項第二号中「百分の二十」とあるのは、平成十一年分については「百分の三十七」と、平成十二年分については「百分の三十三」と、平成十三年分については「百分の三十」と、平成十四年分については「百分の二十七」と、平成十五年分については「百分の二十三」とする。

②所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十号。以下「昭和五十五年改正令」という。）附則第三条第二項又は第三項（退職給与引当金に関する経過措置）（これらの規定を同条第五項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けた個人で、平成十一年（以下この条において「改正年」という。）において改正時累積限度超過額（改正年の十二月三十一日におけるその前年から繰り越された所得税法第五十四条第二項（退職給与引当金）に規定する退職給与引当金勘定の金額（改正年における相続（包括遺贈を含む。）によって新令第百五十七条第二項（死亡の場合の退職給与引当金勘定の金額の処理）の規定によりその者が有するものとみなされた当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を加算した金額）が改正年の十二月三十一日（その者が年の中途において死亡したときは、その死亡の時。以下この項において同じ。）において新令第百五十四条第一項第一号イの規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額を超える場合における当該超える部分の金額に相当する金額をいう。第二号において同じ。）を有するものについては、その改正年から、その年十二月三十一日におけるその年の前年から繰り越された同法第五十四条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（その年において相続（包括遺贈を含む。）によって新令第百五十七条第二項の規定によりその者が有するものとみなされた当該退職給与引当金勘定の金額がある場合には、当該退職給与引当金勘定の金額を含む。第一号において「繰越退職給与引当金勘定の金額」という。）がその年十二月三十一日におけるこの項の規定を適用しないで、かつ、前項の規定を適用して計算した場合における新令第百五十五条第一項第二号に規定する累積限度額（第二号において「経過累積限度額」という。）以下となる最初の年の前年までの各年における同項第二号に規定する累積限度額は、前項の規定により読み替えられて適用される同号の規定にかかわらず、第一号又は第二号に掲げる金額のうちいずれか少ない金額とする。

③次に掲げる個人の改正年以後の各年における新令第百五十六条第一項第三号（退職金共済契約等を締結している場合の繰入限度額の特例等）の規定の適用については、同号中「この号の規定を適用しないで計算した場合における前条第一項第二号に定める金額（以下この号において「調整前累積限度超過額」という。）」とあるのは「調整前累積限度超過額（所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百四号。以下この号において「平成十年改正令」という。）附則第十一条第三項第一号に掲げる個人の前号に規定する場合に該当することとなつた日の属する年（以下この号において「移行年」という。）にあつては所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十号）附則第三条第四項の規定により読み替えられた同令の規定による改正後の所得税法施行令第百五十六条第一項第三号に規定する調整前累積限度超過額をいい、平成十年改正令附則第十一条第三項第二号に掲げる個人の移行年にあつては平成十年改正令による改正前の所得税法施行令（以下この号において「旧令」という。）第百五十六条第一項第三号の規定を適用しないで計算した場合における旧令第百五十五条第一項第二号に定める金額をいい、平成十年改正令附則第十一条第三項第三号に掲げる個人の移行年にあつては当該移行年の十二月三十一日における前条第一項第二号に規定する退職給与引当金勘定の金額が当該移行年の期末退職給与の要支給額に前年の累積限度割合（当該移行年の前年について平成十年改正令附則第十一条第一項及び第二項の規定並びに第百五十四条第一項第二号の規定を適用して計算した前条第一項第二号に規定する累積限度額のその前年の期末退職給与の要支給額に対する割合をいう。）を乗じて得た金額を超える場合におけるその超える部分の金額に相当する金額をいう。以下この号において同じ。）」と、「同日におけるこの号の規定を適用しないで計算した前条第一項第二号」とあるのは「同日においてこの号の規定を適用しないで、かつ、平成十年改正令附則第十一条第一項及び第二項の規定並びに第百五十四条第一項第二号の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号」と、「同項第二号」とあるのは「平成十年改正令附則第十一条第一項及び第二項の規定並びに第百五十四条第一項第二号の規定を適用して計算した場合における前条第一項第二号」とする。

④新令第百五十六条第一項第三号（同号ロに係る部分に限る。）の規定は、個人の平成十一年一月一日以後に同項第二号に規定する場合に該当することとなったときにおける同項第三号に規定する累積限度額の同号ロによる計算について適用し、個人の平成十年十二月三十一日前に旧令第百五十六条第一項第二号に規定する場合に該当することとなったときにおける同項第三号に規定する期末退職給与の要支給額の百分の四十に相当する金額及び新令第百五十六条第一項第三号に規定する累積限度額の計算については、なお従前の例による。