①所得税に係る更正又は決定については、国税通則法第二十四条から第二十六条まで（更正・決定）に規定する事項のほか、第百二十条第一項第六号又は第七号（確定所得申告）に掲げる事項についても行うことができる。この場合において、当該事項につき更正又は決定をするときは、同法第二十八条第二項及び第三項（更正又は決定の手続）中「税額等」とあるのは、「税額等並びに所得税法第百二十条第一項第六号又は第七号（確定所得申告）に掲げる事項」とする。

②所得税につき更正又は決定をする場合における国税通則法第二十八条第一項に規定する更正通知書又は決定通知書には、同条第二項又は第三項に規定する事項を記載するほか、その更正又は決定に係る第百二十条第一項第一号に掲げる金額又は第百二十三条第二項第一号（確定損失申告）に掲げる純損失の金額についての第二条第一項第二十一号（定義）に規定する所得別の内訳を付記しなければならない。

①税務署長は、居住者の提出した青色申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額若しくは山林所得金額又は純損失の金額の更正をする場合には、その居住者の帳簿書類を調査し、その調査によりこれらの金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる。ただし、次に掲げる場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。

②税務署長は、居住者の提出した青色申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額若しくは山林所得金額又は純損失の金額の更正（前項第一号に規定する事由のみに基因するものを除く。）をする場合には、その更正に係る国税通則法第二十八条第二項（更正又は決定の手続）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。

税務署長は、居住者に係る所得税につき更正又は決定をする場合には、その者の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその者の各年分の各種所得の金額又は損失の金額（その者の提出した青色申告書に係る年分の不動産所得の金額、事業所得の金額及び山林所得の金額並びにこれらの金額の計算上生じた損失の金額を除く。）を推計して、これをすることができる。

①税務署長は、次に掲げる法人の行為又は計算で、これを容認した場合にはその株主等である居住者又はこれと政令で定める特殊の関係のある居住者（その法人の株主等である非居住者と当該特殊の関係のある居住者を含む。第四項において同じ。）の所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その居住者の所得税に係る更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その居住者の各年分の第百二十条第一項第一号若しくは第三号から第五号まで（確定所得申告）、第百二十二条第一項第一号から第三号まで（還付等を受けるための申告）又は第百二十三条第二項第一号、第三号、第五号若しくは第七号（確定損失申告）に掲げる金額を計算することができる。

②前項の場合において、法人が同項各号に掲げる法人に該当するかどうかの判定は、同項に規定する行為又は計算の事実のあつた時の現況によるものとする。

③第一項の規定は、同項各号に掲げる法人の行為又は計算につき、法人税法第百三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認）若しくは相続税法第六十四条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）又は地価税法（平成三年法律第六十九号）第三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）の規定の適用があつた場合における第一項の居住者の所得税に係る更正又は決定について準用する。

④税務署長は、合併（法人課税信託に係る信託の併合を含む。）、分割（法人課税信託に係る信託の分割を含む。）、現物出資若しくは法人税法第二条第十二号の五の二に規定する現物分配又は同条第十二号の十六に規定する株式交換等若しくは株式移転（以下この項において「合併等」という。）をした法人又は合併等により資産及び負債の移転を受けた法人（当該合併等により交付された株式又は出資を発行した法人を含む。以下この項において同じ。）の行為又は計算で、これを容認した場合には当該合併等をした法人若しくは当該合併等により資産及び負債の移転を受けた法人の株主等である居住者又はこれと第一項に規定する特殊の関係のある居住者の所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その居住者の所得税に関する更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その居住者の各年分の第百二十条第一項第一号若しくは第三号から第五号まで、第百二十二条第一項第一号から第三号まで又は第百二十三条第二項第一号、第三号、第五号若しくは第七号に掲げる金額を計算することができる。