①新法人税法第八十一条の九第一項の規定は、連結親法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結親法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。

②新法人税法第八十一条の九第二項（第一号に係る部分に限る。）及び第三項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、連結承認日（新法人税法第四条の二の承認の効力が生じた日をいう。以下この条において同じ。）の属する連結親法人事業年度開始の日が施行日以後である連結親法人又は新法人税法第八十一条の九第二項第一号に規定する特定連結子法人の同号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用する。

③前項の場合において、施行日から平成二十二年九月三十日までの間に同項に規定する特定連結子法人を分割法人又は被合併法人とする分割型分割又は合併が行われるときの十月旧法人税法第五十七条第九項又は第五十八条第四項の規定の適用については、十月旧法人税法第五十七条第九項第一号ロ及び第二号ロ中「第八十一条の九第二項第二号に規定する連結子法人」とあるのは、「第八十一条の九第二項第一号に規定する特定連結子法人」とする。

④連結承認日の属する連結親法人事業年度開始の日が施行日前であった連結親法人又は連結子法人の旧法人税法第八十一条の九第二項第一号又は第二号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、同項（第一号又は第二号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

⑤前項の場合において、施行日から平成二十二年九月三十日までの間に同項に規定する連結子法人を分割法人とする分割型分割が行われるとき又は施行日から同項の連結親法人事業年度終了の日までの間に同項に規定する連結子法人を被合併法人とする合併が行われるときの十月旧法人税法第五十七条第九項又は第五十八条第四項の規定の適用については、十月旧法人税法第五十七条第九項第一号ロ及び第二号ロ中「第八十一条の九第二項第二号に規定する連結子法人」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第二号（連結欠損金の繰越し）に規定する連結子法人」とする。

⑥新法人税法第八十一条の九第二項（第二号に係る部分に限る。）及び第三項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、同条第二項に規定する連結親法人若しくは連結子法人の施行日以後に開始する連結親法人事業年度の期間（平成二十二年十月一日以後の期間に限る。）内に同項第二号に規定する適格合併が行われる場合又は当該連結親法人若しくは連結子法人の施行日以後に開始する連結親法人事業年度の期間内に同号に規定する他の内国法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産が確定する場合の同号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑦連結親法人が施行日前に開始した連結親法人事業年度の期間（施行日以後に開始する連結親法人事業年度の平成二十二年九月三十日以前の期間を含む。）内に適格合併を行った場合又は連結親法人が同年九月三十日以前に旧法人税法第五十七条第二項に規定する合併類似適格分割型分割を行った場合の旧法人税法第八十一条の九第二項第三号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、同項（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。

⑧施行日から平成二十二年九月三十日までの間における新法人税法第八十一条の九第二項の規定の適用については、同項第一号中「第五十八条第四項」とあるのは「第五十八条第六項」と、同号イ中「第五項」とあるのは「第六項」と、「同条第四項又は第八項」とあるのは「同条第五項又は第九項」と、「同条第三項」とあるのは「同条第四項」とする。

⑨連結法人が平成二十二年九月三十日以前に合併又は分割型分割を行った場合の旧法人税法第八十一条の九第三項に規定する欠損金額については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、当該分割型分割の日の前日の属する連結親法人事業年度が施行日前に開始したものであるときは、同項中「前項第二号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第二号（連結欠損金の繰越し）」とし、当該前日の属する連結親法人事業年度が施行日以後に開始するものであるときは、同項中「前項第二号に規定する連結子法人」とあるのは「前項第一号に規定する特定連結子法人」とする。

⑩十月新法人税法第八十一条の九第五項（同項第三号の連結子法人に係る部分に限る。）の規定は、当該連結子法人を同号に規定する合併法人等とする同号に規定する適格組織再編成等が行われる日が平成二十二年十月一日以後の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合の同号に定める連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑪新法人税法第八十一条の九の二第二項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、同項に規定する連結親法人又は連結子法人の施行日以後に開始する連結親法人事業年度の期間（平成二十二年十月一日以後の期間に限る。）内に同号に規定する適格合併が行われる場合の同号に掲げる未処理欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑫連結親法人が施行日前に開始した連結親法人事業年度の期間（施行日以後に開始する連結親法人事業年度の平成二十二年九月三十日以前の期間を含む。）内に適格合併を行った場合又は連結親法人が同年九月三十日以前に旧法人税法第五十七条第二項に規定する合併類似適格分割型分割を行った場合の旧法人税法第八十一条の九の二第二項第一号に掲げる未処理欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、同項（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同号中「前条第二項第三号」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第七項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第三号（連結欠損金の繰越し）」とする。

⑬十月新法人税法第八十一条の十第二項（同項第二号の連結子法人に係る部分に限る。）の規定は、当該連結子法人を合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人とする同号に規定する適格組織再編成等が行われる日が平成二十二年十月一日以後の日（施行日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合の同号に掲げる連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑭新法人税法第八十一条の九の二第三項の規定は、同項の欠損等連結法人の施行日以後に開始する連結親法人事業年度の期間内に同項に規定する内国法人（平成二十二年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産が確定する場合の同項に規定する未処理欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑮新法人税法第八十一条の九の二第四項の規定は、連結承認日の属する連結親法人事業年度開始の日が施行日以後である同項に規定する連結親法人又は特定連結子法人の同項に規定する欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑯連結承認日の属する連結親法人事業年度開始の日が施行日前であった旧法人税法第八十一条の九の二第三項に規定する連結親法人又は連結子法人の同項に規定する欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「前条第二項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項（連結欠損金の繰越し）」とする。

⑰新法人税法第八十一条の九の二第五項の規定は、同項に規定する連結親法人若しくは連結子法人の施行日以後に開始する連結親法人事業年度の期間（平成二十二年十月一日以後の期間に限る。）内に同項に規定する適格合併が行われる場合又は当該連結親法人の施行日以後に開始する連結親法人事業年度の期間内に同項に規定する他の内国法人である欠損等法人若しくは欠損等連結法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の残余財産が確定する場合の同項に規定する未処理欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用する。

⑱連結親法人が施行日前に開始した連結親法人事業年度の期間（施行日以後に開始する連結親法人事業年度の平成二十二年九月三十日以前の期間を含む。）内に適格合併を行った場合又は連結親法人が同年九月三十日以前に旧法人税法第五十七条第二項に規定する合併類似適格分割型分割を行った場合の旧法人税法第八十一条の九の二第四項に規定する未処理欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、同項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「同項第三号イ」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第七項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第三号イ（連結欠損金の繰越し）」とする。