この法律は、平成十三年三月三十一日から施行する。ただし、次に掲げる規定は、同年四月一日から施行する。

この附則に別段の定めがあるものを除き、第一条の規定による改正後の法人税法（以下「新法人税法」という。）の規定は、平成十三年四月一日以後に合併、分割、現物出資、事後設立（新法人税法第二条第十二号の六に規定する事後設立をいう。以下同じ。）、資本若しくは出資の減少、商法（明治三十二年法律第四十八号）第二百九十三条ノ二の規定による同条に規定する利益の資本への組入れ、同法第二百九十三条ノ三の規定による同条に規定する準備金の資本への組入れ、組織の変更、解散による残余財産の分配、株式（出資を含む。次条までにおいて同じ。）の消却、社員の退社若しくは脱退による持分の払戻し又は資本及び同法第二百八十九条第一項に規定する準備金による同項に規定する資本の欠損のてん補が行われる場合における法人（新法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の各事業年度の所得に対する法人税、特定信託（新法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下同じ。）の各計算期間の所得に対する法人税、退職年金等積立金に対する法人税及び同日以後に解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）が行われる場合における法人の清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、同日前に合併、現物出資、事後設立、資本若しくは出資の減少、商法第二百九十三条ノ二の規定による同条に規定する利益の資本への組入れ、同法第二百九十三条ノ三の規定による同条に規定する準備金の資本への組入れ、組織の変更、解散による残余財産の分配、株式の消却、社員の退社若しくは脱退による持分の払戻し又は資本及び同法第二百八十九条第一項に規定する準備金による同項に規定する資本の欠損のてん補が行われた場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税、退職年金等積立金に対する法人税及び同日前に解散又は合併が行われた場合における法人の清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。

平成十三年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に行われた合併又は分割型分割（適格合併及び適格分割を除く。以下この条及び附則第十二条第三項において「非適格合併等」という。）により当該非適格合併等に係る被合併法人又は分割法人（以下この条及び附則第十二条第三項において「被合併法人等」という。）の株主等に株式のみが交付された場合において、当該非適格合併等に係る合併法人又は分割承継法人（以下この条及び附則第十二条第三項において「合併法人等」という。）が、当該非適格合併等を適格合併又は適格分割型分割（附則第十二条第三項において「適格合併等」という。）として当該非適格合併等の日の属する事業年度の所得に対する法人税の申告を行い、かつ、当該株式の価額のうち新法人税法第二十四条第一項の規定により利益の配当又は剰余金の分配の額とみなされる金額について第二条の規定による改正後の所得税法第百八十一条第一項又は第二百十二条第一項若しくは第三項の規定による所得税の徴収を行っていなかったときは、当該合併法人等が当該被合併法人等の株主等である法人の法人税を免れる目的で当該申告を行ったことが明らかである場合を除き、新法人税法第二十四条第一項の規定は、適用しない。

新法人税法第五十二条（第九項を除く。）の規定は、法人の平成十三年四月一日以後に開始する各事業年度及び同日以後に行われる合併、分割型分割、適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この条において「合併等」という。）に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人（以下この条において「被合併法人等」という。）の経過事業年度（当該合併等の日（合併又は分割型分割にあっては、当該合併又は分割型分割の日の前日）の属する事業年度をいい、当該被合併法人等の当該各事業年度に該当する事業年度を除く。以下この条において同じ。）の所得に対する法人税について適用し、法人の同年四月一日前に開始した各事業年度（経過事業年度を除く。）の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

①新法人税法第五十七条第五項の規定は、同項に規定する適格合併等に係る同項に規定する合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人となる法人の平成十三年四月一日以後に開始する事業年度において生ずる欠損金額及び同条第二項の規定により法人の各事業年度において生じた欠損金額とみなされたもの（次項において「みなし欠損金額」という。）について適用し、法人の同日前に開始した事業年度において生じた欠損金額については、なお従前の例による。

②前項に規定する法人が平成十三年四月一日以後に開始する事業年度において新法人税法第五十七条第五項に規定する適格合併等を行い、かつ、当該法人にみなし欠損金額がある場合における同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

新法人税法第六十九条第一項の規定は、内国法人が平成十三年四月一日以後に行う同項に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合について適用する。

新法人税法第八十二条の三第一項の規定により新法人税法第五十二条の規定に準じて特定信託の各計算期間の所得の金額を計算する場合における同条の規定は、特定信託の平成十三年四月一日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、特定信託の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

新法人税法第八十二条の七第一項の規定は、特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産につき平成十三年四月一日以後に行う同項に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合について適用する。

新法人税法第百三十二条の二の規定は、平成十三年四月一日以後に行われる合併、分割、現物出資及び事後設立に係る同条に規定する移転法人（以下この条において「移転法人」という。）、新法人税法第百三十二条の二に規定する取得法人（以下この条において「取得法人」という。）及び移転法人又は取得法人の株主等である法人が同年三月三十一日以後に行う行為又は計算について適用する。

この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる法人税に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

第十二条の規定による改正後の法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号）附則第六条から第八条までの規定は、平成十三年四月一日以後に合併、分割、現物出資又は事後設立が行われる場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税及び同日以後に解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）が行われる場合における法人の清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、同日前に合併、現物出資又は事後設立が行われた場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税及び同日前に解散又は合併が行われた場合における法人の清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。

附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の規定の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。