税務署長が第百三十五条第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の更正をする場合における国税通則法第二十八条第二項（更正又は決定の手続）の規定の適用については、同項第三号中「次に掲げる金額」とあるのは、「次に掲げる金額及びニ又はホに掲げる金額のうち法人税法第百三十五条第一項又は第二項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の規定の適用がある金額」とする。
税務署長は、内国法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合には、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税（その内国法人が通算法人（通算法人であつた内国法人を含む。以下この条において同じ。）である場合には、第百二十七条第三項又は第四項（青色申告の承認の取消し）の規定により読み替えられた同条第一項各号に定める事業年度から当該事業年度後の事業年度のうち最初に青色申告書以外の申告書を提出する事業年度の前事業年度までの各事業年度に係る法人税を除く。）の課税標準若しくは欠損金額又は内国法人の各対象会計年度の国際最低課税額に対する法人税、各対象会計年度の国際最低課税残余額に対する法人税若しくは各対象会計年度の国内最低課税額に対する法人税の課税標準の更正をする場合を除き、その内国法人（その内国法人が通算法人である場合には、他の通算法人を含む。）の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその内国法人に係る法人税の課税標準（更正をする場合にあつては、課税標準又は欠損金額）を推計して、これをすることができる。
イからハまでのいずれにも該当する内国法人
三以上の支店、工場その他の事業所を有すること。
その事業所の二分の一以上に当たる事業所につき、その事業所の所長、主任その他のその事業所に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族その他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人（以下この号において「所長等」という。）が前に当該事業所において個人として事業を営んでいた事実があること。
第一項の規定は、同項に規定する更正又は決定をする場合において、同項各号に掲げる法人の行為又は計算につき、所得税法第百五十七条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）若しくは相続税法第六十四条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）又は地価税法（平成三年法律第六十九号）第三十二条第一項（同族会社等の行為又は計算の否認等）の規定の適用があつたときについて準用する。
税務署長は、合併、分割、現物出資若しくは現物分配（第二条第十二号の五の二（定義）に規定する現物分配をいう。）又は株式交換等若しくは株式移転（以下この条において「合併等」という。）に係る次に掲げる法人の法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、合併等により移転する資産及び負債の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、法人税の額から控除する金額の増加、第一号又は第二号に掲げる法人の株式（出資を含む。第二号において同じ。）の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、みなし配当金額（第二十四条第一項（配当等の額とみなす金額）の規定により第二十三条第一項第一号又は第二号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額とみなされる金額をいう。）の減少その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。
合併等をした法人又は合併等により資産及び負債の移転を受けた法人
内国法人の提出した中間申告書（第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したものに限る。）又は確定申告書に係る法人税につき更正（当該法人税についての更正の請求（国税通則法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をいう。次項及び次条において同じ。）に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び次項において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第七十二条第四項第一号又は第七十四条第一項第三号（確定申告）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。