①新法人税法第六十三条第二項の規定は、法人の施行日の翌日から起算して六月を経過する日以後に終了する事業年度において同条第一項の規定の適用を受けている場合について適用する。

②法人が附則第三条第一項の規定の適用を受けた場合において最初連結親法人事業年度（各連結事業年度の連結所得に対する法人税を課される最初の新法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この項において同じ。）終了の日の属する事業年度の前事業年度（当該事業年度開始の日が当該最初連結親法人事業年度開始の日前である場合には、当該事業年度）終了の時に時価評価資産等（新法人税法第四条の三第九項第一号に規定する時価評価資産等をいう。以下この項において同じ。）を有するとき又は最初連結親法人事業年度に当該法人との間に当該法人による新法人税法第四条の二に規定する完全支配関係を有することとなった法人が当該完全支配関係を有することとなった日の属する事業年度終了の時に時価評価資産等を有する場合には、新法人税法第六十三条第二項に規定する連結開始直前事業年度又は同項に規定する連結加入直前事業年度は最初連結親法人事業年度終了の日の属する事業年度として、同項の規定を適用する。

③法人の平成十八年十二月三十一日前に終了する新法人税法第六十三条第二項に規定する連結開始直前事業年度又は同項に規定する連結加入直前事業年度においては、新法人税法第六十一条の十一第一項各号又は第六十一条の十二第一項各号に規定する五年前の日は平成十四年一月一日として、新法人税法第六十三条第二項の規定を適用する。