新法人税法第六十二条の七第一項の規定は、法人の施行日の翌日から起算して六月を経過する日以後に終了する事業年度について適用し、法人の同日前に終了する事業年度については、なお従前の例による。

①新法人税法第六十三条第二項の規定は、法人の施行日の翌日から起算して六月を経過する日以後に終了する事業年度において同条第一項の規定の適用を受けている場合について適用する。

②法人が附則第三条第一項の規定の適用を受けた場合において最初連結親法人事業年度（各連結事業年度の連結所得に対する法人税を課される最初の新法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この項において同じ。）終了の日の属する事業年度の前事業年度（当該事業年度開始の日が当該最初連結親法人事業年度開始の日前である場合には、当該事業年度）終了の時に時価評価資産等（新法人税法第四条の三第九項第一号に規定する時価評価資産等をいう。以下この項において同じ。）を有するとき又は最初連結親法人事業年度に当該法人との間に当該法人による新法人税法第四条の二に規定する完全支配関係を有することとなった法人が当該完全支配関係を有することとなった日の属する事業年度終了の時に時価評価資産等を有する場合には、新法人税法第六十三条第二項に規定する連結開始直前事業年度又は同項に規定する連結加入直前事業年度は最初連結親法人事業年度終了の日の属する事業年度として、同項の規定を適用する。

③法人の平成十八年十二月三十一日前に終了する新法人税法第六十三条第二項に規定する連結開始直前事業年度又は同項に規定する連結加入直前事業年度においては、新法人税法第六十一条の十一第一項各号又は第六十一条の十二第一項各号に規定する五年前の日は平成十四年一月一日として、新法人税法第六十三条第二項の規定を適用する。

新法人税法第六十九条第五項から第七項までの規定は、施行日以後に適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立（以下この条において「適格組織再編成」という。）が行われる場合について適用し、施行日前に適格組織再編成が行われた場合については、なお従前の例による。

①新法人税法第七十条第一項の規定は、施行日以後に同項の内国法人が適格合併により解散する場合の当該適格合併に係る合併法人の当該適格合併の日以後に終了する各事業年度（同項に規定する分割前事業年度及び連結後各事業年度を除く。）について適用し、施行日前に当該内国法人が合併により解散した場合の当該合併に係る合併法人の当該合併の日以後に終了する各事業年度については、なお従前の例による。

②新法人税法第七十条第三項の規定は、事実を仮装して経理した同条第一項の内国法人が施行日以後に行う適格合併により解散した後において同条第一項又は第二項に規定する更正が行われる場合の当該適格合併に係る合併法人について適用し、当該内国法人が施行日前に行った合併により解散した後において旧法人税法第七十条第一項又は第二項に規定する更正が行われる場合の当該合併に係る合併法人については、なお従前の例による。

新法人税法第七十一条第二項の規定は、施行日以後に納税義務が成立する中間申告書に係る法人税について適用し、施行日前に納税義務が成立した中間申告書に係る法人税については、なお従前の例による。

連結法人（連結親法人が各連結事業年度終了の時において資本の金額若しくは出資金額が一億円以下である普通法人、資本若しくは出資を有しない普通法人（保険業法に規定する相互会社を除く。）又は協同組合等に限る。）の平成十四年四月一日から平成十五年三月三十一日までの間に開始し、かつ、平成十五年三月三十一日以後に終了する連結事業年度における新法人税法第八十一条の四第一項及び第三項の規定の適用については、これらの規定中「百分の五十」とあるのは「百分の七十」とし、当該連結法人の同年四月一日から平成十六年三月三十一日までの間に開始する連結事業年度におけるこれらの規定の適用については、これらの規定中「百分の五十」とあるのは「百分の六十」とする。

新法人税法第八十一条の六第一項及び第三項から第七項までの規定は、連結法人が平成十四年四月一日以後に支出した寄附金の額について適用し、同条第二項の規定は、連結法人が新法人税法第四条の二の承認を受けた日以後に支出する同項に規定する寄附金の額について適用する。

①新法人税法第八十一条の九第二項第二号に規定する連結子法人が附則第三条第一項の適用を受けて新法人税法第四条の二の承認を受けた同条に規定する他の内国法人である場合において、当該連結子法人の最初連結事業年度（新法人税法第十五条の二第一項に規定する最初連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）開始の日が当該連結子法人との間に連結完全支配関係がある連結親法人の最初連結事業年度開始の日の翌日以後となるときは、当該連結子法人の最初連結事業年度開始の日前五年以内に開始した各事業年度において生じた新法人税法第五十七条第一項に規定する欠損金額（同条第二項の規定により欠損金額とみなされたものを含み、同条第五項の規定によりないものとされたものを除く。）又は新法人税法第五十八条第一項に規定する災害損失欠損金額を同号に定める欠損金額とみなして、新法人税法第八十一条の九の規定を適用する。

②前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

新法人税法第八十一条の十五第五項から第七項までの規定は、施行日以後に適格組織再編成（附則第十三条に規定する適格組織再編成をいう。以下この条において同じ。）が行われる場合について適用し、施行日前に適格組織再編成が行われた場合については、旧法人税法第六十九条第四項及び第五項の規定の例による。

新法人税法第八十一条の十六第四項の規定は、施行日以後に行う同項に規定する適格合併により同項に規定する連結法人が解散した後において同条第一項から第三項までに規定する更正が行われる場合における当該適格合併に係る合併法人について適用し、施行日前に行われた合併により事実を仮装して経理した内国法人が解散した後において当該更正が行われる場合の当該合併に係る合併法人については、旧法人税法第七十条第三項の規定の例による。

①新法人税法第八十一条の十九から第八十一条の二十一まで及び第八十一条の二十六の規定は、附則第三条第一項の規定の適用を受けて新法人税法第四条の二の承認を受けた同項に規定する内国法人については、当該内国法人の最初連結事業年度（新法人税法第十五条の二第一項に規定する最初連結事業年度をいう。以下この条において同じ。）の翌連結事業年度以後の各連結事業年度について適用する。

②前項に規定する内国法人（普通法人に限る。）の最初連結事業年度又は他の内国法人（当該最初連結事業年度終了の時において当該内国法人との間に連結完全支配関係を有するものに限る。）の最初連結事業年度（当該内国法人の最初連結事業年度終了の日の属する当該他の内国法人の最初連結事業年度に限る。）の期間に六月経過日（これらの法人の最初連結事業年度開始の日以後六月を経過した日をいう。以下この項において同じ。）がある場合のこれらの法人の当該六月経過日の属する事業年度については、各事業年度の所得に対する法人税を課される事業年度とみなして、新法人税法第七十一条から第七十三条まで及び第七十六条の規定を適用する。

③前項の場合において、新法人税法第七十一条又は第七十二条の規定による中間申告書が提出されたときは、その提出された中間申告書及びその中間申告書に係る中間納付額は、連結中間申告書及びその連結中間申告書に係る中間納付額とみなして、新法人税法第八十一条の二十二、第八十一条の二十七、第八十一条の三十及び第百三十四条並びに国税通則法第五十七条の規定を適用する。

内国法人である普通法人（解散の時における資本の金額又は出資金額が一億円を超える普通法人及び保険業法に規定する相互会社を除く。）又は協同組合等の平成十五年三月三十一日から平成十六年三月三十一日までの間の解散による清算所得の金額の計算に係る新法人税法第九十三条第二項第二号の規定の適用については、同号中「百分の五十」とあるのは、平成十五年三月三十一日の解散にあっては「百分の七十」と、平成十五年四月一日から平成十六年三月三十一日までの間の解散にあっては「百分の六十」とする。

新法人税法第百三十二条の三の規定は、法人の平成十五年三月三十一日以後に終了する各連結事業年度の連結所得に対する法人税又は平成十四年四月一日以後に開始し、かつ、施行日以後に終了する各事業年度の所得に対する法人税に係る行為又は計算で当該法人が施行日以後に行うものについて適用する。

第九条の規定による改正後の法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号）附則第七条第三項の規定は、平成十五年四月一日以後に適格分社型分割等（適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立をいう。以下この条において同じ。）が行われる場合について適用し、同日前に適格分社型分割等が行われる場合については、なお従前の例による。

附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の規定の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。