①新法人税法第六十一条の十二の規定は、法人の施行日の翌日から起算して六月を経過する日以後に終了する事業年度終了の時に有する時価評価資産について適用する。

②法人が附則第三条第一項の規定の適用を受けた場合において最初連結親法人事業年度に当該法人との間に当該法人による新法人税法第四条の二に規定する完全支配関係を有することとなった法人が当該完全支配関係を有することとなった日の属する事業年度終了の時に時価評価資産等を有するときの新法人税法第六十一条の十二の規定の適用については、同条第一項中「連結親法人との間に当該連結親法人による第四条の二（連結納税義務者）に規定する完全支配関係を有することとなつた日の前日（当該他の内国法人が同項第一号に規定する時価評価法人である場合には、最初連結親法人事業年度終了の日）」とあるのは、「最初連結親法人事業年度終了の日」とする。

③法人の平成十八年十二月三十一日前に終了する新法人税法第六十一条の十二第一項に規定する連結加入直前事業年度においては、同項各号に規定する五年前の日は平成十四年一月一日として、同条の規定を適用する。

④加入法人（附則第三条第一項の規定の適用を受けた法人の最初連結親法人事業年度において当該法人との間に当該法人による新法人税法第四条の二に規定する完全支配関係を有することとなった法人をいう。）に係る新法人税法第六十一条の十二第一項の規定の適用については、同項第四号ロ中「提出期限」とあるのは、「提出期限と法人税法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十九号）附則第三条第一項に規定する経過措置対象年度申請期限とのうちいずれか遅い日」とする。