①第二条の規定による改正前の法人税法（以下附則第二十二条までにおいて「旧法人税法」という。）別表第二第一号の表に掲げる社団法人又は財団法人であって一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下この条において「整備法」という。）第四十条第一項の規定により一般社団法人又は一般財団法人として存続するもののうち、整備法第百六条第一項（整備法第百二十一条第一項において読み替えて準用する場合を含む。）の登記をしていないもの（整備法第百三十一条第一項の規定により整備法第四十五条の認可を取り消されたもの（以下この条においてそれぞれ「認可取消社団法人」又は「認可取消財団法人」という。）にあっては、新法人税法第二条第九号の二に規定する非営利型法人に該当するものに限る。）は、新法人税法第二条第六号に規定する公益法人等（以下附則第二十四条までにおいて「公益法人等」という。）とみなして、新法人税法その他法人税に関する法令の規定を適用する。

②前項の規定により公益法人等とみなされる認可取消社団法人及び整備法第二条第一項に規定する旧有限責任中間法人で整備法第三条第一項本文の規定の適用を受けるもの（新法人税法第二条第九号の二に規定する非営利型法人に該当するものに限る。）は新法人税法別表第二に掲げる一般社団法人に、前項の規定により公益法人等とみなされる認可取消財団法人は同表に掲げる一般財団法人に、それぞれ該当するものとする。

③整備法第二十五条第二項に規定する特例無限責任中間法人及び整備法第四十二条第二項に規定する特例民法法人（第一項の規定により公益法人等とみなされる認可取消社団法人及び認可取消財団法人を除く。）は、新法人税法第二条第九号の二に規定する非営利型法人に該当しないものとする。