①旧法人税法第六十一条の二第五項の規定は、施行日前に自己の株式（出資を含む。）の譲渡が行われた場合については、なお従前の例による。

②法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に自己を被合併法人又は分割法人とする適格合併又は適格分割型分割を行う場合の新法人税法第六十一条の二第五項及び第六項の規定の適用については、同条第五項中「内国法人が」とあるのは「内国法人がその行つた適格合併に係る」と、同条第六項中「内国法人が自己を分割法人とする適格分割型分割により当該適格分割型分割に係る分割承継法人の株式を当該内国法人の株主等に交付した」とあるのは「内国法人がその行つた適格分割型分割に係る所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第三十八条第二項（合併及び分割による資産等の時価による譲渡等に関する経過措置）の規定により読み替えられた第六十二条の二第二項（適格合併及び適格分割型分割による資産等の帳簿価額による引継ぎ）の規定により同項に規定する株主等に同項に規定する株式を交付したものとされる」と、「第六十二条の二第三項」とあるのは「同条第二項」とする。

③新法人税法第六十一条の二第七項及び第八項の規定は、平成十八年十月一日以後に株式交換又は株式移転が行われる場合について適用する。

④新法人税法第六十一条の二第九項及び第十項の規定は、会社法施行日以後に同条第九項に規定する合併等又は同条第十項に規定する組織変更が行われる場合について適用する。

⑤会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に新法人税法第六十一条の二第九項に規定する合併等が行われる場合における同項の規定の適用については、同項中「株式交換完全親法人又は株式移転完全親法人」とあるのは、「会社法第七百六十七条（株式交換契約の締結）に規定する株式交換完全親会社又は同法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」とする。

⑥新法人税法第六十一条の二第十一項の規定は、会社法施行日以後に同項各号に定める事由が生ずる場合について適用する。

⑦新法人税法第六十一条の二第十三項の規定は、施行日以後に同項に規定する出資の払戻しが行われる場合について適用する。