第三十八条（合併及び分割による資産等の時価による譲渡等に関する経過措置）
第三十九条（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等に関する経過措置）
新法人税法第六十二条の八の規定は、法人が会社法施行日以後に行う同条第一項に規定する非適格合併等について適用する。
第四十条（非適格株式交換等に係る株式交換完全子法人等の有する資産の時価評価損益に関する経過措置）
新法人税法第六十二条の九の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う株式交換及び株式移転について適用する。
第四十一条（長期割賦販売等に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）
新法人税法第六十三条第三項の規定は、法人の平成十八年十月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用する。
第四十二条（各事業年度の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
新法人税法第六十六条第一項から第三項までの規定は、法人の平成十九年一月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第四十三条（特定同族会社の特別税率に関する経過措置）
第四十四条（外国税額の控除に関する経過措置）
新法人税法第六十九条第八項及び第十一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とするこれらの規定に規定する配当等の額がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧法人税法第六十九条第八項及び第十一項に規定する配当等の額がある場合については、なお従前の例による。
第四十五条（連結事業年度における受取配当等の益金不算入に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の四第二項の規定は、連結法人が受ける会社法施行日以後の日を同項に規定する基準日とする同項に規定する配当等の額について適用し、連結法人が受けたその計算の基礎となった期間の末日が会社法施行日前である旧法人税法第八十一条の四第二項に規定する配当等の額については、なお従前の例による。
第四十六条（連結事業年度における寄附金の損金不算入に関する経過措置）
連結法人の会社法施行日前に終了した連結事業年度において支出した旧法人税法第八十一条の六第一項に規定する寄附金の額について同項に規定する経理をしたものについては、なお従前の例による。
連結法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に終了する連結事業年度において旧法人税法第八十一条の六第三項に規定する寄附金の額を支出する場合における同項の規定の適用については、同項中「連結個別資本等の金額」とあるのは、「連結個別資本金等の額」とする。
第四十七条（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）
新法人税法第八十一条の九第二項第二号の規定は、同項の連結子法人が平成十八年十月一日以後に行う適格株式移転に該当しない株式移転に係る株式移転完全子法人である場合における当該株式移転の日の属する事業年度又は連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた同号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額について適用し、旧法人税法第八十一条の九第二項の連結子法人が平成十八年十月一日前に行った株式移転に係る同項第二号に規定する完全子会社である場合における当該株式移転の日の属する事業年度又は連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた同号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、なお従前の例による。
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に株式移転により設立される法人に係る旧法人税法第八十一条の九の規定の適用については、同条第二項第二号中「商法第三百五十二条第一項（株式交換）に規定する完全子会社」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第五号（株式移転計画）に規定する株式移転完全子会社」と、「完全親会社」とあるのは「同項第一号に規定する株式移転設立完全親会社」とする。
第四十八条（特定株主等によって支配された欠損等連結法人の連結欠損金の繰越しの不適用に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の九の二の規定は、連結法人が施行日以後に同条第一項に規定する他の者との間に当該他の者による同項に規定する特定支配関係を有することとなる場合における同項に規定する適用連結事業年度前の各連結事業年度において生じた同項に規定する連結欠損金額について適用する。
第四十九条（連結法人間取引の損益の調整に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の十第一項の規定は、連結法人が施行日以後に同項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡する場合について適用し、連結法人が施行日前に旧法人税法第八十一条の十第一項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡した場合については、なお従前の例による。
連結法人が施行日の前日において旧法人税法第八十一条の十第二項に規定する譲渡損益調整資産（自己の株式又は出資に限る。）を有していた場合には、当該譲渡損益調整資産につき施行日において同項の事由が生じたものとみなして、同項の規定を適用する。
第五十条（各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の十二第一項から第三項までの規定は、これらの規定に規定する連結親法人の連結親法人事業年度（新法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条及び次条において同じ。）が平成十九年一月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、旧法人税法第八十一条の十二第一項から第三項までに規定する連結親法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第五十一条（連結特定同族会社の特別税率に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の十三の規定は、同条第一項の連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、旧法人税法第八十一条の十三第一項の連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新法人税法第八十一条の十三第三項の規定は、会社法施行日以後に終了する連結事業年度にその支払に係る基準日がある剰余金の配当又は利益の配当について適用する。
施行日以後に開始し、かつ、会社法施行日前に終了した連結事業年度における旧法人税法第八十一条の十三第二項に規定する債務の確定していない賞与の額は、新法人税法第八十一条の十三第二項に規定する留保した金額に含まれるものとする。
第五十二条（連結事業年度における外国税額の控除に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の十五第八項及び第十一項の規定は、会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とするこれらの規定に規定する配当等の額がある場合について適用し、会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧法人税法第八十一条の十五第八項及び第十一項に規定する配当等の額がある場合については、なお従前の例による。
第五十三条（特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
新法人税法第八十二条の四の規定は、特定信託の受託者である法人の平成十九年一月一日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、特定信託の受託者である法人の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第五十四条（解散の場合の清算所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
新法人税法第九十九条第一項及び第二項並びに第百二条第一項の規定は、法人の平成十九年一月一日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第五十五条（同族会社等の行為又は計算の否認等に関する経過措置）
新法人税法第百三十二条第三項の規定は、法人が施行日以後に行う行為又は計算について適用する。
新法人税法第百三十二条の二の規定は、法人が平成十八年十月一日以後に行う行為又は計算について適用し、法人が同日前に行った行為又は計算については、なお従前の例による。
第五十六条（外国法人に係る各事業年度の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
第五十七条（外国法人に係る特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の税率に関する経過措置）
新法人税法第百四十五条の四の規定は、特定信託の受託者である外国法人の平成十九年一月一日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、特定信託の受託者である外国法人の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第五十八条（申告書の公示に関する経過措置）
施行日前に税務署長が旧法人税法第百五十二条の規定により行った公示については、なお従前の例による。
第二百十一条（罰則に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第二百十二条（その他の経過措置の政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。