平成十三年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に行われた合併又は分割型分割（適格合併及び適格分割を除く。以下この条及び附則第十二条第三項において「非適格合併等」という。）により当該非適格合併等に係る被合併法人又は分割法人（以下この条及び附則第十二条第三項において「被合併法人等」という。）の株主等に株式のみが交付された場合において、当該非適格合併等に係る合併法人又は分割承継法人（以下この条及び附則第十二条第三項において「合併法人等」という。）が、当該非適格合併等を適格合併又は適格分割型分割（附則第十二条第三項において「適格合併等」という。）として当該非適格合併等の日の属する事業年度の所得に対する法人税の申告を行い、かつ、当該株式の価額のうち新法人税法第二十四条第一項の規定により利益の配当又は剰余金の分配の額とみなされる金額について第二条の規定による改正後の所得税法第百八十一条第一項又は第二百十二条第一項若しくは第三項の規定による所得税の徴収を行っていなかったときは、当該合併法人等が当該被合併法人等の株主等である法人の法人税を免れる目的で当該申告を行ったことが明らかである場合を除き、新法人税法第二十四条第一項の規定は、適用しない。