新法第二編第三章第三節（継続等の場合の課税の特例）及び第百三十七条（継続等の場合の更正による所得税額等の還付）の規定は、施行日以後に解散した内国法人である普通法人又は協同組合等が継続し又は合併により消滅する場合について適用し、同日前に解散した内国法人である普通法人又は協同組合等が継続し又は合併により消滅する場合については、なお従前の例による。

新法第八十二条（前事業年度の法人税額等の更正等に伴う更正の請求の特例）（新法第百四十五条第一項（外国法人に対する準用）において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、法人が施行日以後に新法第八十二条各号に掲げる場合に該当することとなる場合について適用し、法人が同日前に同条各号に掲げる場合に該当することとなつた場合については、なお従前の例による。

①新法第百二十三条第三号（青色申告の承認申請の却下）（新法第百四十六条第一項（外国法人に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定（同号に規定する届出書に係る部分に限る。）は、施行日以後に提出された同号に規定する届出書について適用する。

②新法第百二十七条第一項（青色申告の承認の取消し）（新法第百四十六条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、当分の間、新法第百二十七条第一項第四号中「又は第百二条第一項（清算中の所得に係る予納申告）の規定による申告書」とあるのは、「若しくは第百二条第一項（清算中の所得に係る予納申告）の規定による申告書又は旧法人税法第十八条、第二十一条若しくは第二十二条の二（旧確定申告書等）の規定による申告書」とする。

①新法第百五十二条（申告書の公示）の規定は、施行日以後に提出される法人税に係る申告書について適用し、同日前に提出された法人税に係る申告書については、なお従前の例による。

②新法第百五十二条の規定の適用については、当分の間、同条中「確定申告書」とあるのは、「確定申告書（旧法人税法第十八条又は第二十一条（旧確定申告書）の規定による申告書を含む。）」とする。

附則第一条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

この法律の施行に伴う関係法令の整理については、別に法律で定める。

施行日前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる法人税に係る同日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

①農業協同組合法等の一部を改正する等の法律（平成二十七年法律第六十三号）附則第十二条（存続都道府県中央会の農業協同組合連合会への組織変更）に規定する存続都道府県中央会から同条の規定による組織変更をした農業協同組合連合会であつて、同法附則第十八条（組織変更後の農業協同組合連合会に係る事業等に関する特例）の規定により引き続きその名称中に農業協同組合中央会という文字を用いるもの（次項において「特例農業協同組合中央会」という。）は、別表第二に掲げる法人とみなして、この法律の規定その他の政令で定める法令の規定を適用する。

②特例農業協同組合中央会は、別表第三に掲げる法人に該当しないものとみなして、この法律の規定その他の政令で定める法令の規定を適用する。

①適格退職年金契約に係る信託、生命保険又は生命共済の業務を行う法人に対しては、これらの業務は第八十四条第一項（退職年金等積立金の額の計算）に規定する退職年金業務等に該当するものとみなして、各事業年度の退職年金等積立金について、退職年金等積立金に対する法人税を課する。

②適格退職年金契約に係る信託、生命保険又は生命共済の業務は、第八十四条第一項に規定する退職年金業務等に該当するものとみなして、第二編第三章及び第三編第四章（退職年金等積立金に対する法人税）の規定を適用する。この場合において、当該業務を行う法人の同条第二項（第百四十五条の十一（外国法人に係る退職年金等積立金の額の計算）において適用する場合を含む。以下この項において同じ。）に規定する退職年金等積立金額は、次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める金額とする。

③前二項に規定する適格退職年金契約とは、退職年金に関する信託、生命保険又は生命共済の契約（平成十四年四月一日前に締結されたもの（同日以後に締結されたもののうち実質的に同日前に締結されたものとして財務省令で定めるものを含む。）に限る。）で、その契約に係る掛金又は保険料及び給付の額が適正な年金数理に基づいて算定されていることその他の政令で定める要件を備えたものをいう。

④前項の場合において、平成二十四年四月一日以後同項の契約が継続しているときは、同日以後のこの法律その他租税に関する法令の規定の適用については、当該契約は、同項に規定する適格退職年金契約に含まれないものとみなす。ただし、当該契約について同日において第一号及び第二号又は第一号及び第三号に掲げる事実が生じている場合は、この限りでない。

⑤前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。