第十三条（申告、納付及び還付に関する経過措置）
新所得税法第百六十六条において準用する新所得税法第百十二条第二項の規定は、平成二十九年以後の各年において提出する同条第一項の申請書に添付する同条第二項の書類について適用し、平成二十八年以前の各年において提出した旧所得税法第百六十六条において準用する旧所得税法第百十二条第一項の申請書に添付した同条第二項の書類については、なお従前の例による。
新所得税法第百六十六条において準用する新所得税法第百四十五条第二号の規定は、平成二十九年以後の各年に係る同号の帳簿書類につき同号に該当する事実がある場合について適用し、平成二十八年以前の各年に係る旧所得税法第百六十六条において準用する旧所得税法第百四十五条第二号の帳簿書類につき同号に該当する事実がある場合については、なお従前の例による。
第十四条（恒久的施設に係る取引に係る文書化に関する経過措置）
新所得税法第百六十六条の二の規定は、平成二十九年分以後の所得税について適用する。
第十五条（非居住者の恒久的施設帰属所得に係る行為又は計算の否認に関する経過措置）
新所得税法第百六十八条の二の規定は、同条に規定する非居住者が平成二十九年一月一日以後に行う行為又は計算について適用する。
第十六条（外国法人に係る所得税の課税標準等に関する経過措置）
新所得税法第百七十八条及び第百七十九条の規定は、外国法人が平成二十八年四月一日以後に支払を受けるべき新所得税法第百七十八条に規定する国内源泉所得について適用し、外国法人が同日前に支払を受けるべき旧所得税法第百七十八条に規定する国内源泉所得については、なお従前の例による。この場合において、同日から同年十二月三十一日までの間における新所得税法第百七十八条の規定の適用については、同条中「第百六十一条第一項第四号から第十一号まで」とあるのは、「第百六十一条第一項第四号（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第一条の規定による改正前の所得税法（以下この条において「旧所得税法」という。）第百六十一条第一号の二に掲げるものに該当するものに限る。）、第五号から第七号まで、第八号（旧所得税法第百六十一条第四号に掲げるものに該当するものに限る。）、第九号から第十一号まで」とする。
新所得税法第百八十条第一項から第三項までの規定は、同条第一項に規定する外国法人が平成二十八年四月一日以後に支払を受けるべき同項に規定する対象国内源泉所得について適用し、旧所得税法第百八十条第一項各号に掲げる法人が同日前に支払を受けるべき当該各号に定める国内源泉所得については、なお従前の例による。
第十七条（給与所得に係る源泉徴収に関する経過措置）
新所得税法別表第二から別表第五までの規定は、平成二十八年一月一日以後に支払うべき新所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等について適用し、同日前に支払うべき旧所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等については、なお従前の例による。
第十八条（公的年金等に係る源泉徴収に関する経過措置）
新所得税法第二百三条の三の規定は、平成二十七年十月一日以後に支払うべき新所得税法第二百三条の二に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払うべき旧所得税法第二百三条の二に規定する公的年金等については、なお従前の例による。
第十九条（源泉徴収義務等に関する経過措置）
新所得税法第二百十二条の規定は、平成二十八年四月一日以後に支払うべき同条第一項に規定する国内源泉所得について適用し、同日前に支払うべき旧所得税法第二百十二条第一項に規定する国内源泉所得については、なお従前の例による。この場合において、同日から同年十二月三十一日までの間における新所得税法第二百十二条の規定の適用については、同条第一項中「第百六十一条第一項第四号から第十六号まで」とあるのは「第百六十一条第一項第四号（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第一条の規定による改正前の所得税法（以下この項において「旧所得税法」という。）第百六十一条第一号の二に掲げるものに該当するものに限る。）、第五号から第七号まで、第八号（旧所得税法第百六十一条第四号に掲げるものに該当するものに限る。）若しくは第九号から第十六号まで」と、「同項第四号から第十一号まで」とあるのは「同項第四号（旧所得税法第百六十一条第一号の二に掲げるものに該当するものに限る。）、第五号から第七号まで、第八号（旧所得税法第百六十一条第四号に掲げるものに該当するものに限る。）、第九号から第十一号まで」とする。
新所得税法第二百十四条第一項から第三項までの規定は、同条第一項に規定する非居住者が平成二十九年一月一日以後に支払を受けるべき同項に規定する対象国内源泉所得について適用する。
旧所得税法第二百十四条第一項各号に掲げる者が平成二十八年十二月三十一日以前に支払を受けるべき当該各号に定める国内源泉所得については、同条第一項から第三項までの規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項第一号中「第百六十四条第一項第一号」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第一条の規定による改正前の所得税法（以下この項において「旧所得税法」という。）第百六十四条第一項第一号」と、「第百六十一条第一号の二」とあるのは「旧所得税法第百六十一条第一号の二」と、同項第二号中「第百六十四条第一項第二号」とあるのは「旧所得税法第百六十四条第一項第二号」と、同項第三号中「第百六十四条第一項第三号」とあるのは「旧所得税法第百六十四条第一項第三号」とする。
前項の規定の適用がある場合における租税特別措置法第四十一条の二十二第二項の規定の適用については、同項第二号中「第二百十四条の」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第十九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の所得税法（以下この号において「旧所得税法」という。）第二百十四条の」と、「同法第百七十二条第一項」とあるのは「所得税法第百七十二条第一項」と、「同法第二百十四条第一項」とあるのは「旧所得税法第二百十四条第一項」とするほか、所得税に関する法令の規定の技術的読替えその他前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二十条（告知に関する経過措置）
新所得税法第二百二十四条第六項の規定は、施行日以後に支払を受ける同条第二項に規定する利子、配当若しくは収益の分配又は同条第四項に規定する償還金について適用する。
新所得税法第二百二十四条の三第一項の規定は、施行日以後に行われる同条第二項に規定する株式等の譲渡について適用し、施行日前に行われた旧所得税法第二百二十四条の三第二項に規定する株式等の譲渡については、なお従前の例による。
第二十二条（事業所得等を有する者の帳簿書類の備付け等に関する経過措置）
新所得税法第二百三十二条第一項の規定は、同項に規定する業務を国内において行う非居住者が平成二十九年一月一日以後に行う同項に規定する取引について適用し、旧所得税法第二百三十二条第一項に規定する非居住者が同日前に行った同項の取引については、なお従前の例による。
第二十三条（給与所得に関する経過措置）
第二十四条（給与所得に係る源泉徴収に関する経過措置）
平成二十九年新所得税法別表第二から別表第五までの規定は、平成二十九年一月一日以後に支払うべき平成二十九年新所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等について適用し、同日前に支払うべき第二条の規定による改正前の所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等については、なお従前の例による。
第百六十四条（罰則の適用に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第百六十五条（政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。