第十六条（協同組合等の事業分量配当等の損金算入に関する経過措置）
旧法人税法第六十条の二第一項の協同組合等の旧法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が施行日前に到来した法人税については、なお従前の例による。
第十七条（所得税額の控除等に関する経過措置）
新法人税法第六十八条第三項及び第六十九条第十項から第十二項までの規定は、施行日以後に確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
第十八条（前事業年度の法人税額等の更正等に伴う更正の請求の特例に関する経過措置）
新法人税法第八十条の二の規定は、施行日以後に新法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が到来する法人税についての新法人税法第八十条の二に規定する更正の請求について適用し、施行日前に旧法人税法第七十四条第一項の規定による申告書の提出期限が到来した法人税についての旧法人税法第八十条の二に規定する更正の請求については、なお従前の例による。
第十九条（連結事業年度における貸倒引当金に関する経過措置）
連結法人の平成二十四年四月一日から平成二十七年三月三十一日までの間に開始する各連結事業年度の連結所得の金額の計算については、新法人税法第八十一条の三第一項中「（各事業年度の所得の金額の計算）の規定」とあるのは、「（各事業年度の所得の金額の計算）及び経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第五十二条（貸倒引当金）の規定」とする。
第一項の場合において、所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第十条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の四十三の三第九項及び第六十八条の六十一第十三項の規定の適用については、これらの規定中「法人税法」とあるのは「経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号。以下この項において「改正法」という。）附則第十九条第一項の規定により読み替えられた法人税法」と、「同法」とあるのは「改正法附則第十三条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の法人税法」とする。
第二十条（連結事業年度における受取配当等の益金不算入に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の四第七項の規定は、施行日以後に連結確定申告書等（新法人税法第八十一条の十九第一項の規定による申告書で新法人税法第八十一条の二十第一項各号に掲げる事項を記載したもの及び新法人税法第八十一条の二十二第一項の規定による申告書をいう。以下附則第二十三条までにおいて同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
第二十一条（連結事業年度における寄附金の損金不算入に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の六第六項において準用する新法人税法第三十七条第九項及び第十項の規定は、施行日以後に連結確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
第二十二条（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）
新法人税法第八十一条の九（第一項ただし書及び第八項を除く。）の規定は、連結法人の平成二十年四月一日以後に終了した連結事業年度において生じた連結欠損金額について適用し、連結法人の同日前に終了した連結事業年度において生じた連結欠損金額については、なお従前の例による。
第二十三条（連結事業年度における所得税額の控除等に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の十四第二項及び第八十一条の十五第九項から第十一項までの規定は、施行日以後に連結確定申告書等の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
第二十四条（前連結事業年度の法人税額等の更正等に伴う更正の請求の特例に関する経過措置）
新法人税法第八十二条の規定は、施行日以後に新法人税法第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限が到来する法人税についての新法人税法第八十二条に規定する更正の請求について適用し、施行日前に旧法人税法第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限が到来した法人税についての旧法人税法第八十二条に規定する更正の請求については、なお従前の例による。
第二十五条（法人税に関する調査の当該職員の質問検査等に関する経過措置）
平成二十四年十二月三十一日以前に法人に対して行った旧法人税法第百五十三条（旧法人税法第百五十五条において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定による質問又は検査（同日後引き続き行われる調査（同日以前に当該法人に対して当該調査に係る旧法人税法第百五十三条の規定による質問又は検査を行っていたものに限る。以下この条において「経過措置調査」という。）に係るものを含む。）及び旧法人税法第百五十四条第一項又は第二項（旧法人税法第百五十五条において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）に規定する金銭の支払若しくは物品の譲渡をする義務があると認められる者又は金銭の支払若しくは物品の譲渡を受ける権利があると認められる者に対して同日以前に行った旧法人税法第百五十四条第一項又は第二項の規定による質問又は検査（当該経過措置調査に係るものを含む。）については、なお従前の例による。
第百四条（罰則に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第百四条の二（この法律の公布の日が平成二十三年四月一日後となる場合における経過措置）
この法律の公布の日が平成二十三年四月一日後となる場合におけるこの法律による改正後のそれぞれの法律の規定の適用に関し必要な事項（この附則の規定の読替えを含む。）その他のこの法律の円滑な施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
第百五条（その他の経過措置の政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
第百六条（納税環境の整備に向けた検討）
政府は、国税に関する納税者の利益の保護に資するとともに、税務行政の適正かつ円滑な運営を確保する観点から、納税環境の整備に向け、引き続き検討を行うものとする。