第三十四条（合同運用信託の定義等に関する経過措置）
第二条の規定（附則第一条第七号ロに掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法の規定は、信託法施行日以後に効力が生ずる信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日以後に遺言がされたものに限り、新法信託を含む。）について適用し、信託法施行日前に効力が生じた信託（遺言によってされた信託にあっては信託法施行日前に遺言がされたものを含み、新法信託及び公益信託に関する法律（令和六年法律第三十号）附則第四条第一項に規定する移行認可を受けたものを除く。）については、なお従前の例による。
第三十五条（保険金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入に関する経過措置）
新法人税法第四十七条第一項の規定は、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同項に規定するリース取引に係る契約について適用し、法人が同日前に締結した旧法人税法第四十七条第一項に規定する代替資産の賃借に係る契約については、なお従前の例による。
第三十六条（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し等に関する経過措置）
第三十七条（短期売買商品の譲渡損益の計上時期に関する経過措置）
法人が改正事業年度（施行日以後最初に開始する事業年度をいう。以下この条において同じ。）前の事業年度において新法人税法第六十一条第一項に規定する短期売買商品の譲渡に係る契約をし、かつ、改正事業年度以後の事業年度においてその短期売買商品の引渡しをする場合におけるその譲渡に係る同項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額は、同項の規定にかかわらず、その引渡しの日の属する事業年度の益金の額又は損金の額に算入する。ただし、改正事業年度前の事業年度においてその譲渡に係る契約をし、かつ、その契約をした日の属する事業年度においてその譲渡に係る同項に規定する譲渡利益額又は譲渡損失額に相当する金額を益金の額又は損金の額に算入したものについては、この限りでない。
第三十八条（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入に関する経過措置）
新法人税法第六十一条の二第二項、第四項及び第九項の規定は、平成十九年五月一日以後に合併、分割型分割又は株式交換が行われる場合について適用し、同日前に合併、分割型分割又は株式交換が行われた場合については、なお従前の例による。
新法人税法第六十一条の二第二十二項の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に行う合併、分割又は株式交換について適用する。
第三十九条（連結納税の開始等に伴う資産の時価評価損益に関する経過措置）
新法人税法第六十一条の十一第一項第四号及び第六十一条の十二第一項第二号の規定は、平成十九年五月一日以後に行われる適格株式交換に係るこれらの規定に掲げる法人について適用し、同日前に行われた適格株式交換に係る旧法人税法第六十一条の十一第一項第四号及び第六十一条の十二第一項第二号に掲げる法人については、なお従前の例による。
第四十条（適格合併及び適格分割型分割による資産等の帳簿価額の引継ぎに関する経過措置）
第四十一条（特定資産に係る譲渡等損失額の損金不算入に関する経過措置）
新法人税法第六十二条の七第七項の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に同項に規定する特定適格合併等を行う場合について適用する。
第四十二条（非適格合併等により移転を受ける資産等に係る調整勘定の損金算入等に関する経過措置）
新法人税法第六十二条の八第四項、第六項及び第七項の規定は、法人が施行日以後に行う自己を被合併法人とする合併について適用し、法人が施行日前に行った自己を被合併法人とする合併については、なお従前の例による。
第四十三条（長期割賦販売等に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）
新法人税法第六十三条の規定は、平成二十年四月一日以後に締結される契約に係る同条第六項に規定する長期割賦販売等に該当する同条第一項に規定する資産の販売等に係る収益の額及び費用の額並びに同日以後に締結される契約に係る同条第二項に規定するリース譲渡に係る収益の額及び費用の額について適用し、同日前に締結された契約に係る旧法人税法第六十三条第五項に規定する長期割賦販売等に該当する同条第一項に規定する資産の販売等に係る収益の額及び費用の額については、なお従前の例による。
第四十四条（リース取引に係る所得の金額の計算に関する経過措置）
新法人税法第六十四条の二の規定は、平成二十年四月一日以後に締結される契約に係る同条第三項に規定するリース取引について適用する。
第四十五条（特定株主等によって支配された欠損等連結法人の連結欠損金の繰越しの不適用に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の九の二第二項から第四項までの規定は、同条第二項に規定する欠損等連結法人である連結親法人が施行日以後に同項第一号に規定する適格合併等を行う場合における同号に規定する被合併法人等の新法人税法第八十一条の九第二項第三号イに規定する未処理欠損金額又は同号ロに掲げる連結欠損金個別帰属額、新法人税法第八十一条の九の二第三項に規定する連結親法人又は連結子法人の同項に規定する最初連結親法人事業年度開始の日が施行日以後の日である場合における当該連結親法人又は連結子法人の同項に規定する適用事業年度又は適用連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた新法人税法第八十一条の九第二項第一号に規定する欠損金額又は同項第二号イに規定する欠損金額若しくは同号ロに掲げる連結欠損金個別帰属額及び新法人税法第八十一条の九の二第四項に規定する連結親法人が施行日以後に同項に規定する適格合併等を行う場合における同項に規定する非支配法人の同項に規定する適用事業年度又は適用連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた新法人税法第八十一条の九第二項第三号イに規定する未処理欠損金額又は同号ロに掲げる連結欠損金個別帰属額について適用し、旧法人税法第八十一条の九の二第二項に規定する欠損等連結法人である連結親法人が施行日前に同項第一号に規定する適格合併等を行った場合における同号に規定する被合併法人等の旧法人税法第八十一条の九第二項第三号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額、旧法人税法第八十一条の九の二第三項に規定する連結親法人又は連結子法人の同項に規定する最初連結親法人事業年度開始の日が施行日前の日であった場合における当該連結親法人又は連結子法人の同項に規定する適用事業年度又は適用連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた旧法人税法第八十一条の九第二項第一号又は第二号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額及び旧法人税法第八十一条の九の二第四項に規定する連結親法人が施行日前に同項に規定する適格合併等を行った場合における同項に規定する非支配法人の同項に規定する適用事業年度又は適用連結事業年度前の各事業年度又は各連結事業年度において生じた旧法人税法第八十一条の九第二項第三号に定める欠損金額又は連結欠損金個別帰属額については、なお従前の例による。
第四十六条（連結特定同族会社の特別税率に関する経過措置）
新法人税法第八十一条の十三の規定は、同条第一項の連結法人の新法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、旧法人税法第八十一条の十三第一項の連結法人の旧法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第四十七条（組織再編成に係る行為又は計算の否認に関する経過措置）
新法人税法第百三十二条の二の規定は、法人が平成十九年五月一日以後に行う行為又は計算について適用し、法人が同日前に行った行為又は計算については、なお従前の例による。
第四十八条（国内源泉所得に対する法人税に関する経過措置）
第二条の規定による改正後の法人税法第百三十八条第五号の規定は、信託法施行日以後に支払を受けるべき同号に規定する配当等について適用し、信託法施行日前に支払を受けるべき旧法人税法第百三十八条第五号に規定する配当等については、なお従前の例による。
第百五十七条（罰則に関する経過措置）
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第百五十八条（その他の経過措置の政令への委任）
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。