第二十七条（役員給与の損金不算入に関する経過措置）
施行日から会社法施行日の前日までの間における新法人税法第三十四条の規定の適用については、同条第一項中「第五十四条第一項（新株予約権を対価とする費用の帰属事業年度の特例等）に規定する新株予約権によるもの並びにこれら」とあるのは「退職給与」と、同項第三号イ（２）中「会社法第四百四条第三項（委員会の権限等）の」とあるのは「株式会社の監査等に関する商法の特例に関する法律（昭和四十九年法律第二十二号）第二十一条の五第一項第三号（委員会及び執行役の設置等）に掲げる」とする。
第二十八条（寄附金の損金不算入に関する経過措置）
第二十九条（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入等に関する経過措置）
新法人税法第四十二条第一項及び第二項、第四十三条第一項、第四十四条第一項、第四十五条第一項及び第二項、第四十六条第一項、第四十七条第一項及び第二項、第四十八条第一項並びに第四十九条第一項の規定は、法人の会社法施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の会社法施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
第三十条（新株予約権を対価とする費用の帰属事業年度の特例等に関する経過措置）
新法人税法第五十四条の規定は、法人が会社法施行日以後にその発行に係る決議をする同条第一項に規定する新株予約権及び当該新株予約権に係る同項に規定する承継新株予約権並びに同条第五項に規定する新株予約権について適用する。
法人が会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に新法人税法第五十四条第一項に規定する合併等を行う場合における同条の規定の適用については、同項中「株式交換完全親法人又は株式移転完全親法人」とあるのは「会社法第七百六十七条（株式交換契約の締結）に規定する株式交換完全親会社又は同法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」と、「株式交換完全子法人又は株式移転完全子法人」とあるのは「会社法第七百六十八条第一項第一号に規定する株式交換完全子会社又は同法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社」とする。
第三十一条（不正行為等に係る費用等の損金不算入に関する経過措置）
新法人税法第五十五条第一項及び第二項の規定は、法人が施行日以後に支出する同条第一項（第二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）に規定する費用の額又は法人の施行日以後に生ずる同条第一項に規定する損失の額について適用する。
新法人税法第五十五条第五項の規定は、法人が施行日以後に供与をする同項の金銭の額及び金銭以外の資産の価額並びに経済的な利益の額の合計額に相当する同項に規定する費用又は損失の額について適用する。
第三十二条（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用に関する経過措置）
第三十三条（会社更生等による債務免除等があった場合の欠損金の損金算入に関する経過措置）
新法人税法第五十九条第一項及び第二項の規定は、法人が会社法施行日以後にこれらの規定に規定する債務の免除を受ける場合について適用し、法人が会社法施行日前に旧法人税法第五十九条第一項及び第二項に規定する債務の免除を受けた場合については、なお従前の例による。
第三十四条（特定株主等によって支配された欠損等法人の資産の譲渡等損失額の損金不算入に関する経過措置）
新法人税法第六十一条の規定は、同条第一項に規定する欠損等法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用する。この場合において、当該欠損等法人の同項に規定する適用事業年度が施行日前に開始し、かつ、施行日以後に終了するときにおける同項の規定の適用については、同項中「第五十七条の二第一項に規定する適用事業年度又は第八十一条の九の二第一項に規定する適用連結事業年度（以下この項において「適用事業年度等」という。）開始の日」とあり、及び「当該適用事業年度等の開始の日」とあるのは、「平成十八年四月一日」とする。
第三十五条（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入に関する経過措置）
旧法人税法第六十一条の二第五項の規定は、施行日前に自己の株式（出資を含む。）の譲渡が行われた場合については、なお従前の例による。
法人が施行日から会社法施行日の前日までの間に自己を被合併法人又は分割法人とする適格合併又は適格分割型分割を行う場合の新法人税法第六十一条の二第五項及び第六項の規定の適用については、同条第五項中「内国法人が」とあるのは「内国法人がその行つた適格合併に係る」と、同条第六項中「内国法人が自己を分割法人とする適格分割型分割により当該適格分割型分割に係る分割承継法人の株式を当該内国法人の株主等に交付した」とあるのは「内国法人がその行つた適格分割型分割に係る所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号）附則第三十八条第二項（合併及び分割による資産等の時価による譲渡等に関する経過措置）の規定により読み替えられた第六十二条の二第二項（適格合併及び適格分割型分割による資産等の帳簿価額による引継ぎ）の規定により同項に規定する株主等に同項に規定する株式を交付したものとされる」と、「第六十二条の二第三項」とあるのは「同条第二項」とする。
新法人税法第六十一条の二第七項及び第八項の規定は、平成十八年十月一日以後に株式交換又は株式移転が行われる場合について適用する。
新法人税法第六十一条の二第九項及び第十項の規定は、会社法施行日以後に同条第九項に規定する合併等又は同条第十項に規定する組織変更が行われる場合について適用する。
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に新法人税法第六十一条の二第九項に規定する合併等が行われる場合における同項の規定の適用については、同項中「株式交換完全親法人又は株式移転完全親法人」とあるのは、「会社法第七百六十七条（株式交換契約の締結）に規定する株式交換完全親会社又は同法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」とする。
新法人税法第六十一条の二第十一項の規定は、会社法施行日以後に同項各号に定める事由が生ずる場合について適用する。
新法人税法第六十一条の二第十三項の規定は、施行日以後に同項に規定する出資の払戻しが行われる場合について適用する。
第三十六条（連結納税の開始等に伴う資産の時価評価損益に関する経過措置）
新法人税法第六十一条の十一第一項第四号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格株式交換に係る株式交換完全子法人である法人について適用する。
平成十八年十月一日前に行われた株式交換に係る旧法人税法第六十一条の十一第一項第六号に掲げる法人については、なお従前の例による。
新法人税法第六十一条の十二第一項第二号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格株式交換に係る株式交換完全子法人である法人について適用する。
新法人税法第六十一条の十二第一項第三号の規定は、平成十八年十月一日以後に行われる適格合併、合併類似適格分割型分割又は適格株式交換に係る同号に掲げる法人について適用し、同日前に行われた適格合併又は合併類似適格分割型分割に係る旧法人税法第六十一条の十二第一項第二号に掲げる法人については、なお従前の例による。
平成十八年十月一日前に行われた株式交換に係る旧法人税法第六十一条の十二第一項第四号に掲げる法人については、なお従前の例による。
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に株式移転により設立される法人に係る旧法人税法第六十一条の十一及び第六十一条の十二の規定の適用については、旧法人税法第六十一条の十一第一項第一号中「商法第三百五十二条第一項（株式交換）に規定する完全子会社」とあるのは、「会社法第七百七十三条第一項第五号（株式移転計画）に規定する株式移転完全子会社」とする。
第三十七条（分割前事業年度等における連結法人間取引の損益の調整に関する経過措置）
新法人税法第六十一条の十三第一項の規定は、法人が施行日以後に同項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡する場合について適用し、法人が施行日前に旧法人税法第六十一条の十三第一項に規定する譲渡損益調整資産を譲渡した場合については、なお従前の例による。
法人が施行日の前日において旧法人税法第六十一条の十三第二項に規定する譲渡損益調整資産（自己の株式又は出資に限る。）を有していた場合には、当該譲渡損益調整資産につき施行日において同項の事由が生じたものとみなして、同項の規定を適用する。