第百三十九条（租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得）
Article 139Domestic Source Income Subject to the Provisions of Tax Conventions
Where a tax treaty (meaning a convention prescribed in the proviso to Article 2, item (xii)-19 (Definitions); hereinafter the same applies in this Article) contains provisions on domestic source income that are different from the provisions of the preceding Article, the domestic source income of a foreign corporation that is subject to such tax treaty, notwithstanding the Article, is governed by the tax treaty to the extent of such different provisions. In this case, where the tax treaty contains provisions on domestic source income that can replace the provisions of paragraph (1), item (iv) or (v) of the Article, with regard to the application of the part of this Act that relates to the matters prescribed in these items, any income treated as domestic source income under the tax treaty is deemed to be the corresponding domestic source income listed in the relevant item.
In the case of calculating the income listed in paragraph (1), item (i) of the preceding Article of a foreign corporation having a permanent establishment, when a tax treaty (limited to one providing that tax may be imposed on the income of the foreign corporation listed in that item, and excluding one providing that income arises from internal dealings prescribed in that item between the permanent establishment and the head office, etc. of the foreign corporation) applies, the internal dealings prescribed in that item are not to include facts equivalent to the payment of interest (including anything specified by Cabinet Order as being equivalent thereto; hereinafter the same applies in this paragraph) between the permanent establishment and the head office, etc. of the foreign corporation (excluding facts equivalent to the payment of interest between the permanent establishment and the head office, etc. of a foreign corporation that falls under the category of financial institutions specified by Cabinet Order) or other facts specified by Cabinet Order.
恒久的施設を有する外国法人の前条第一項第一号に掲げる所得を算定する場合において、租税条約（当該外国法人の同号に掲げる所得に対して租税を課することができる旨の定めのあるものに限るものとし、当該外国法人の恒久的施設と本店等との間の同号に規定する内部取引から所得が生ずる旨の定めのあるものを除く。）の適用があるときは、同号に規定する内部取引には、当該外国法人の恒久的施設と本店等との間の利子（これに準ずるものとして政令で定めるものを含む。以下この項において同じ。）の支払に相当する事実（政令で定める金融機関に該当する外国法人の恒久的施設と本店等との間の利子の支払に相当する事実を除く。）その他政令で定める事実は、含まれないものとする。
国内源泉所得
外国法人が恒久的施設を通じて事業を行う場合において、当該恒久的施設が当該外国法人から独立して事業を行う事業者であるとしたならば、当該恒久的施設が果たす機能、当該恒久的施設において使用する資産…
国内源泉所得
国内にある不動産、国内にある不動産の上に存する権利若しくは採石法（昭和二十五年法律第二百九十一号）の規定による採石権の貸付け（地上権又は採石権の設定その他他人に不動産、不動産の上に存する権利又は採石権を使用させる一切の行為を含む。）…
租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得
租税条約（第二条第十二号の十九ただし書（定義）に規定する条約をいう。以下この条において同じ。）において国内源泉所得につき前条の規定と異なる定めがある場合には、その租税条約の適用を受ける外国法人については、同条の規定にかかわらず、国内源泉所得は、その異なる定めがある限りにおいて、その租税条約に定めるところによる。
租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得
恒久的施設を有する外国法人の前条第一項第一号に掲げる所得を算定する場合において、租税条約（当該外国法人の同号に掲げる所得に対して租税を課することができる旨の定めのあるものに限るものとし、当該外国法人の恒久的施設と本店等との間の同号に規定する内部取引から所得が生ずる旨の定めのあるものを除く。）の適用があるときは…
定義
恒久的施設 次に掲げるものをいう。ただし、我が国が締結した所得に対する租税に関する二重課税の回避又は脱税の防止のための条約において次に掲げるものと異なる定めがある場合には、その条約の適用を受ける外国法人については、その条約において恒久的施設と定められたもの（国内にあるものに限る。）とする。
定義第二条第一項第十二号の十九・法令全体に適用
次に掲げるものをいう。ただし、我が国が締結した所得に対する租税に関する二重課税の回避又は脱税の防止のための条約において次に掲げるものと異なる定めがある場合には、その条約の適用を受ける外国法人については、その条約において恒久的施設と定められたもの（国内にあるものに限る。）とする
わかりやすく言うと
外国法人の国内にある支店、工場など事業を行う一定の場所、国内の建設・据付けの工事やその指揮監督の役務を行う場所など、国内に置く契約締結の権限のある者などのことで、細かくは政令で定めます。租税条約に異なる定めがあれば、条約が定める国内のものになります。
定義第百三十八条第一項・この編の中だけ
次に掲げるもの
わかりやすく言うと
外国法人について使われる、源泉が日本国内にある所得のことで、恒久的施設に帰せられるべき所得、国内にある資産の運用・保有による所得（一部を除きます）や譲渡による所得のうち政令で定めるもの、国内での人的役務の提供の対価、国内の不動産などの貸付けの対価などです。
定義第百三十八条第一項第一号・この規定及び第百三十八条第二項及び第百三十九条第二項の中だけ
当該外国法人の本店、支店、工場その他これらに準ずるものとして政令で定めるものであつて当該恒久的施設以外のもの
わかりやすく言うと
外国法人の本店、支店、工場その他これらに準ずるもので政令で定めるもののうち、その恒久的施設以外のもののことです。
定義第百三十九条第一項・この条の中だけ
第二条第十二号の十九ただし書（定義）に規定する条約
わかりやすく言うと
日本が結んだ、所得に対する租税に関する二重課税の回避や脱税の防止のための条約のことです（第二条第十二号の十九ただし書）。