①新所得税法第二十五条の規定は、平成十三年四月一日以後に生ずる同条第一項各号に掲げる事由により交付を受ける金銭その他の資産について適用し、同日前に生じた第二条の規定による改正前の所得税法（以下「旧所得税法」という。）第二十五条第一項各号に規定する事由により交付を受ける当該各号に掲げる金銭その他の資産については、なお従前の例による。

②平成十三年三月三十一日以前に旧所得税法第二十五条第二項各号に掲げる事実が生じた場合の同項の株主等に係る当該各号に定める金額については、なお従前の例による。

③平成十三年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に行われた非適格合併等により当該非適格合併等に係る被合併法人等の株主等（新法人税法第二条第十四号に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。）に株式（新所得税法第二十五条第一項に規定する株式をいう。）のみが交付された場合において、当該非適格合併等に係る合併法人等が、当該非適格合併等を適格合併等として当該非適格合併等の日の属する事業年度（新法人税法第十三条第一項に規定する事業年度をいう。）の所得に対する法人税の申告を行い、かつ、当該株式の価額のうち新所得税法第二十五条第一項の規定により利益の配当又は剰余金の分配の額とみなされる金額について新所得税法第百八十一条第一項又は第二百十二条第一項若しくは第三項の規定による所得税の徴収を行っていなかったときは、当該合併法人等が当該被合併法人等の株主等の所得税を免れる目的で当該申告を行ったことが明らかである場合を除き、新所得税法第二十五条第一項の規定は、適用しない。