平成十三年三月三十一日までに基金が受けた第七十九条の五十三第一項又は第三項から第五項までの規定による通知に係る証券会社（以下「特例適用会社」という。）に関して、基金が第七十九条の五十六第一項及び第七十九条の五十七第一項の規定により支払をすべき金額については、同条第三項の規定は、適用しない。

基金の成立の日を含む事業年度から附則第七条第一項に規定する政令で定める日の属する基金の事業年度までの各事業年度においては、第七十九条の六十四第一項に規定する負担金の額は、会員である証券会社の納付すべき負担金を算定する基礎として基金が業務規程で定める額（以下「算定基礎額」という。）に、投資者保護資金に係る業務に要する費用の予想額及び当該証券会社の財務の状況を勘案して内閣総理大臣及び財務大臣が定める負担金率を乗じて得た額を下回つてはならないものとする。この場合において、基金が定める算定基礎額は、特定の証券会社に対し差別的なものであつてはならない。

①基金が、特例適用会社に係る第七十九条の四十九第一号から第四号まで及び第六号に掲げる業務（金融システム改革のための関係法律の整備等に関する法律（平成十年法律第百七号）附則第四十二条第七項又は同法附則第四十三条第五項の規定により第七十九条の四十九第一号又は第二号に掲げる業務とみなされるものを含む。次条において同じ。）を行う場合における第七十九条の七十二の規定の適用については、同条中「金融機関等（銀行、証券会社その他内閣府令・財務省令で定めるものをいう。）」とあるのは、「金融機関等（銀行、証券会社その他内閣府令・財務省令で定めるものをいう。）又は日本銀行」とする。

②前項の規定の適用がある場合には、日本銀行は、日本銀行法（平成九年法律第八十九号）第四十三条第一項の規定にかかわらず、基金に対し、資金の貸付けをすることができる。

③政府は、基金が第一項の規定により読み替えられた第七十九条の七十二の規定により借入れをする場合において、必要があると認めるときは、法人に対する政府の財政援助の制限に関する法律（昭和二十一年法律第二十四号）第三条の規定にかかわらず、国会の議決を経た金額の範囲内において、当該借入れに係る基金の債務の保証をすることができる。

①基金は、特例適用会社に係る第七十九条の四十九第一号から第四号まで及び第六号に掲げる業務を終了した日として政令で定める日の属する事業年度終了の日において、前条第三項の規定による政府の保証に係る借入金の残額があるときは、当該借入金に係る債務の弁済に関する経理については、他の経理と区分し、特別の勘定（以下「清算勘定」という。）を設けて整理しなければならない。

②基金は、前項に規定する事業年度終了の日において、同項の借入金に係る債務及び負担金債権（第七十九条の二十八第四項又は第七十九条の六十四第一項の規定による負担金について未納のものがある場合におけるその負担金に係る債権をいう。以下この項において同じ。）並びに同日における準備金（第七十九条の七十一第一項に規定する準備金をいう。以下この項において同じ。）を清算勘定に帰属させるとともに、投資者保護資金から同日におけるその残高に相当する金額を、当該借入金の残高から当該負担金債権の額及び当該準備金の額を控除した額に相当する金額に限り、清算勘定に繰り入れるものとする。

①証券会社は、前条第一項に規定する事業年度の翌事業年度から附則第十条の規定によりその所属する基金の清算勘定が廃止される日の属する事業年度までの各事業年度においては、前条第二項の規定により清算勘定に帰属することとなつた借入金に係る債務の額が清算勘定に属する資産の額を上回るときは、第七十九条の六十四第一項の規定による負担金のほか、当該基金が当該債務の弁済に充てるための資金として、業務規程の定めるところにより、当該基金に対し、負担金を納付しなければならない。

②第七十九条の六十四第二項、第七十九条の六十五第一項及び第七十九条の六十六の規定は、前項の負担金について準用する。

③第一項の規定による負担金の額は、算定基礎額に、前条第二項の規定により清算勘定に帰属することとなつた借入金に係る債務の弁済に要する額を勘案して内閣総理大臣及び財務大臣が定める負担金率を乗じて得た額を下回つてはならないものとする。

①基金は、基金の成立の日を含む事業年度から、清算勘定が設けられた場合にあつては次条の規定により清算勘定を廃止した日の属する事業年度まで、清算勘定が設けられなかつた場合にあつては附則第七条第一項に規定する政令で定める日の属する事業年度までの各事業年度においては、第七十九条の六十九の規定にかかわらず、当該事業年度の開始前に（基金の成立の日を含む事業年度にあつては、成立後遅滞なく）、同条の規定により作成する当該事業年度の予算及び資金計画について、内閣総理大臣及び財務大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。

②前項の規定は、基金の発起人が、基金のために、基金の成立の日を含む事業年度の開始前に、第七十九条の二十九第六項の規定により創立総会の議決を経て決定された当該事業年度の予算及び資金計画について、前項の規定による内閣総理大臣及び財務大臣の認可を申請し、当該認可を受けることを妨げない。

基金は、附則第七条第二項の規定により清算勘定に帰属することとなつた借入金に係る債務の弁済が完了した日において、清算勘定を廃止するものとする。

附則第七条第一項の規定により基金に清算勘定が設けられている場合における第七十九条の四十九第五号の規定の適用については、同号中「負担金（第七十九条の二十八第四項及び第七十九条の六十四第一項に規定する負担金をいう。第七十九条の五十一第一項において同じ。）」とあるのは、「負担金（第七十九条の二十八第四項、第七十九条の六十四第一項及び附則第八条第一項に規定する負担金をいう。第七十九条の五十一第一項において同じ。）」とする。

附則第九条第一項の規定に違反して、内閣総理大臣及び財務大臣の認可を受けなかつた場合においては、その行為をした基金の役員（仮理事及び仮監事を含む。）は、三十万円以下の過料に処する。