Where a return filed by the due date (including a return of refund claim; the same applies in paragraph (3)) has been filed (including where a return filed after the due date has been filed and the proviso to paragraph (1) or paragraph (9) of the following Article applies), if an amended return has been filed or a reassessment has been made, penalty tax for understatement is imposed on the taxpayer in an amount equivalent to the amount calculated by multiplying the tax amount payable under the provisions of Article 35, paragraph (2) (Payment of National Tax using the Self-Assessment System) based on the amended return or reassessment by 10% (or by 5% if the amended return was not filed in anticipation that a reassessment would be made of the national tax pertaining to the return because an examination had been conducted with regard to that national tax).
In the case falling under the provisions of the preceding paragraph (excluding where the provisions of paragraph (6) apply), if the payable tax amount prescribed in the preceding paragraph (if, before the amended return or reassessment referred to in that paragraph, an amended return had been filed or a reassessment had been made of the national tax to which that amended return or reassessment pertains, the amount obtained by adding the cumulative increased tax amount for that national tax) exceeds the amount equivalent to the tax amount on the return filed by the due date for that national tax or 500,000 yen, whichever is greater, the amount of penalty tax for understatement referred to in that paragraph is, notwithstanding the provisions of that paragraph, to be the amount obtained by adding, to the amount calculated under the provisions of that paragraph, the amount calculated by multiplying the tax amount equivalent to the excess portion (if the payable tax amount prescribed in that paragraph is less than the tax amount equivalent to that excess portion, that payable tax amount) by 5%.
前項の規定に該当する場合（第六項の規定の適用がある場合を除く。）において、前項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があつたときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と五十万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、その超える部分に相当する税額（同項に規定する納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に百分の五の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
In the preceding paragraph, the meanings of the terms listed in the following items are as prescribed respectively in those items:
前項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
cumulative increased tax amount: the total of the tax amounts payable under the provisions of Article 35, paragraph (2) based on amended returns filed or reassessments made of that national tax before the amended return or reassessment referred to in paragraph (1) (if, with regard to that national tax, there has been a reassessment that reduces that payable tax amount or a change to the original disposition through a decision, determination or judgment on an appeal against or action for a reassessment, the amount obtained by deducting the amount equivalent to the tax amount of the portion reduced thereby, and if the provisions of paragraph (5) have been applied, the amount obtained by deducting the amount that should have been deducted under the provisions of that paragraph);
tax amount on the return filed by the due date: the tax amount payable under the provisions of Article 35, paragraph (1) or (2) based on the filing of a return filed by the due date (if the proviso to paragraph (1) or paragraph (9) of the following Article applies, including a return filed after the due date; the same applies in paragraph (5), item (ii)) (if, with regard to the national tax pertaining to these returns, there are any of the following amounts, the amount obtained by adding those amounts, and if there is a tax amount equivalent to the amount of a refund stated in these returns pertaining to income tax, corporation tax, local corporation tax, inheritance tax or consumption tax, the amount obtained by deducting that tax amount):
The amount to be deducted under the provisions of Article 95 (Foreign Tax Credit) or Article 165-6 (Credit for Foreign Taxes of Nonresidents) of the Income Tax Act, the amount equivalent to the amount of tax withheld at source prescribed in Article 120, paragraph (1), item (iv) (Final Return of Income) of that Act (including as applied mutatis mutandis pursuant to Article 166 (Return, Payment and Refund) of that Act) pertaining to the amended return or reassessment referred to in paragraph (1), the amount of estimated tax prepayment prescribed in Article 120, paragraph (2) of that Act (including as applied mutatis mutandis pursuant to Article 166 of that Act), or the amount of income tax reduced or released under the provisions of Article 2 (Reduction of or Release from Income Tax) of the Act on Reduction or Release, Deferment of Collection and Other Measures Related to Tax Imposed on Disaster Victims (Act No. 175 of 1947);
所得税法第九十五条（外国税額控除）若しくは第百六十五条の六（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額、第一項の修正申告若しくは更正に係る同法第百二十条第一項第四号（確定所得申告）（同法第百六十六条（申告、納付及び還付）において準用する場合を含む。）に規定する源泉徴収税額に相当する金額、同法第百二十条第二項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）に規定する予納税額又は災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律（昭和二十二年法律第百七十五号）第二条（所得税の軽減又は免除）の規定により軽減若しくは免除を受けた所得税の額
The interim payment amount prescribed in Article 2, item (xxxviii) (Definitions) of the Corporation Tax Act, the amount to be deducted under the provisions of Article 68 (Credit for Income Tax) (including as applied mutatis mutandis pursuant to Article 144 (Credit for Income Tax of Foreign Corporations) of that Act), Article 69 (Credit for Foreign Taxes) or Article 144-2 (Credit for Foreign Taxes of Foreign Corporations) of that Act, or the amount of corporation tax payable under the provisions of Article 90 (Payment by Interim Return for Retirement Pension Reserves, etc.) of that Act (including as applied mutatis mutandis pursuant to Article 145-13 (Return and Payment) of that Act) (if an amended return has been filed or a reassessment has been made with regard to that amount, the amount of corporation tax after that return or reassessment);
法人税法第二条第三十八号（定義）に規定する中間納付額、同法第六十八条（所得税額の控除）（同法第百四十四条（外国法人に係る所得税額の控除）において準用する場合を含む。）、第六十九条（外国税額の控除）若しくは第百四十四条の二（外国法人に係る外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額又は同法第九十条（退職年金等積立金に係る中間申告による納付）（同法第百四十五条の十三（申告及び納付）において準用する場合を含む。）の規定により納付すべき法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の法人税の額）
The interim payment amount prescribed in Article 2, item (xviii) (Definitions) of the Local Corporation Tax Act, the amount to be deducted under the provisions of Article 12 (Credit for Foreign Taxes) of that Act, or the amount of local corporation tax payable under the provisions of Article 20, paragraph (2) (Payment by Interim Return) of that Act (if an amended return has been filed or a reassessment has been made with regard to that amount, the amount of local corporation tax after that return or reassessment);
地方法人税法第二条第十八号（定義）に規定する中間納付額、同法第十二条（外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額又は同法第二十条第二項（中間申告による納付）の規定により納付すべき地方法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の地方法人税の額）
The amount to be deducted under the provisions of Article 20-2 (Credit for Inheritance Tax on Overseas Property), Article 21-8 (Credit for Gift Tax on Overseas Property), and Article 21-15, paragraph (3) and Article 21-16, paragraph (4) (Inheritance Tax Amount under the Settlement at the Time of Inheritance Taxation) of the Inheritance Tax Act;
相続税法第二十条の二（在外財産に対する相続税額の控除）、第二十一条の八（在外財産に対する贈与税額の控除）、第二十一条の十五第三項及び第二十一条の十六第四項（相続時精算課税に係る相続税額）の規定による控除をされるべき金額
The interim payment amount prescribed in Article 2, paragraph (1), item (xx) (Definitions) of the Consumption Tax Act.
消費税法第二条第一項第二十号（定義）に規定する中間納付額
In the case falling under the provisions of paragraph (1), if, before the amended return was filed or the reassessment was made (hereinafter referred to as an "amended return, etc." in this paragraph) with regard to matters to be entered or recorded in the books (limited to those specified by Ministry of Finance Order, and including, where an electronic or magnetic record has been prepared or retained in lieu of the preparation or retention of the books, that electronic or magnetic record; the same applies hereinafter in this paragraph and in paragraph (5) of the following Article), the taxpayer was requested by the relevant official of the National Tax Agency, a Regional Taxation Bureau or a tax office (hereinafter referred to as the "relevant official" in this paragraph and in paragraph (5) of that Article) to present or submit those books, and the case falls under any of the following cases (excluding where the taxpayer is not responsible), the amount of penalty tax for understatement referred to in paragraph (1) is, notwithstanding the provisions of that paragraph and paragraph (2), to be the amount obtained by adding, to the amount calculated under those provisions, the amount calculated by multiplying the payable tax amount prescribed in paragraph (1) (if there are facts that are to form the basis for the calculation of that tax amount other than those relating to matters to be entered or recorded in the books that are the cause of the amended return, etc. (hereinafter referred to as "facts other than those relating to matters to be recorded in the books" in this paragraph), the tax amount obtained by deducting the amount calculated, as provided for by Cabinet Order, as the tax amount based on the facts other than those relating to matters to be recorded in the books) by 10% (or by 5% if the case falls under the case listed in item (ii)):
第一項の規定に該当する場合において、当該納税者が、帳簿（財務省令で定めるものに限るものとし、その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び次条第五項において同じ。）に記載し、又は記録すべき事項に関しその修正申告書の提出又は更正（以下この項において「修正申告等」という。）があつた時前に、国税庁、国税局又は税務署の当該職員（以下この項及び同条第五項において「当該職員」という。）から当該帳簿の提示又は提出を求められ、かつ、次に掲げる場合のいずれかに該当するとき（当該納税者の責めに帰すべき事由がない場合を除く。）は、第一項の過少申告加算税の額は、同項及び第二項の規定にかかわらず、これらの規定により計算した金額に、第一項に規定する納付すべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で当該修正申告等の基因となる当該帳簿に記載し、又は記録すべき事項に係るもの以外のもの（以下この項において「帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実」という。）があるときは、当該帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に百分の十の割合（第二号に掲げる場合に該当するときは、百分の五の割合）を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
where the taxpayer did not present or submit the books to the relevant official, or where the entry or record, among the matters to be entered or recorded in the books presented or submitted to the relevant official, of the matters specified by Ministry of Finance Order as important matters forming the basis for the preparation of a tax return (referred to as "specified matters" in the following item and in paragraph (5) of the following Article) is extremely insufficient, as specified by Ministry of Finance Order; or
where the entry or record of specified matters, among the matters to be entered or recorded in the books presented or submitted to the relevant official, is insufficient, as specified by Ministry of Finance Order (excluding the case listed in the preceding item).
In the cases listed in the following items, the provisions of paragraph (1) or (2) apply with the amount calculated, as provided for by Cabinet Order, as the tax amount specified in the relevant item being deducted from the payable tax amount prescribed in those paragraphs:
where, among the facts that formed the basis for the calculation of the payable tax amount prescribed in paragraph (1) or (2), there are facts for which there is found to be a justifiable reason for their not having been taken as a basis for the calculation of the tax amount before the amended return or reassessment (including the tax amount equivalent to the amount of a refund): the tax amount based on the facts for which there is found to be a justifiable reason; and
where, before the amended return or reassessment referred to in paragraph (1), a reassessment that reduces the tax amount payable by filing a return filed by the due date, or any other reassessment specified by Cabinet Order as being similar thereto (excluding a reassessment based on a request for reassessment), has been made with regard to the national tax pertaining to that amended return or reassessment: the tax amount up to the tax amount pertaining to that return filed by the due date (including the tax amount equivalent to the amount of a refund).
The provisions of paragraph (1) do not apply where the filing of an amended return was not made in anticipation that a reassessment would be made of the national tax pertaining to the return because an examination had been conducted with regard to that national tax, and was made before notification of the matters listed in Article 74-9, paragraph (1), items (iv) and (v) (Advance Notice of Examination to Persons with Tax Liability, etc.) and other matters specified by Cabinet Order with regard to the examination concerning the national tax pertaining to the return (referred to as "examination notification" in paragraph (6), item (ii) and paragraph (8) of the following Article).
在外財産に対する相続税額の控除
相続又は遺贈（第二十一条の二第四項に規定する贈与を含む。以下この条において同じ。）によりこの法律の施行地外にある財産を取得した場合において、当該財産についてその地の法令により相続税に相当する税が課せられたときは、当該財産を取得した者については…
第一項の場合において、第二十一条の九第三項の規定の適用を受ける財産につき課せられた贈与税があるときは、相続税額から当該贈与税の税額（第二十一条の八の規定による控除前の税額とし、延滞税、利子税、過少申告加算税、無申告加算税及び重加算税に相当する税額を除く。）に相当する金額を控除した金額をもつて…
第一項の場合において、第二十一条の九第三項の規定の適用を受ける財産につき課せられた贈与税があるときは、相続税額から当該贈与税の税額（第二十一条の八の規定による控除前の税額とし、延滞税、利子税、過少申告加算税、無申告加算税及び重加算税に相当する税額を除く。）に相当する金額を控除した金額をもつて…
在外財産に対する贈与税額の控除
贈与によりこの法律の施行地外にある財産を取得した場合において、当該財産についてその地の法令により贈与税に相当する税が課せられたときは、当該財産を取得した者については、前条又は第二十一条の十三の規定により計算した金額からその課せられた税額に相当する金額を控除した残額をもつて、その納付すべき贈与税額とする。
申告納税方式による国税等の納付
期限内申告書を提出した者は、国税に関する法律に定めるところにより、当該申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載した税額に相当する国税をその法定納期限（延納に係る国税については、その延納に係る納期限）までに国に納付しなければならない。
申告納税方式による国税等の納付
次の各号に掲げる金額に相当する国税の納税者は、その国税を当該各号に定める日（延納に係る国税その他国税に関する法律に別段の納期限の定めがある国税については、当該法律に定める納期限）までに国に納付しなければならない。
過少申告加算税
期限内申告書（還付請求申告書を含む。第三項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第一項ただし書又は第九項の規定の適用があるときを含む。）において、修正申告書の提出又は更正があつたときは、当該納税者に対し…
過少申告加算税
前項の規定に該当する場合（第六項の規定の適用がある場合を除く。）において、前項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があつたときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と五十万円とのいずれか多…
過少申告加算税
第一項の規定に該当する場合において、当該納税者が、帳簿（財務省令で定めるものに限るものとし、その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び次条第五項において同じ。）に記載し…
過少申告加算税
当該職員に当該帳簿の提示若しくは提出をしなかつた場合又は当該職員にその提示若しくは提出がされた当該帳簿に記載し、若しくは記録すべき事項のうち、納税申告書の作成の基礎となる重要なものとして財務省令で定める事項（次号及び次条第五項において「特定事項」という。）の記載若しくは記録が著しく不十分である場合として財務省令で定め…
過少申告加算税
当該職員にその提示又は提出がされた当該帳簿に記載し、又は記録すべき事項のうち、特定事項の記載又は記録が不十分である場合として財務省令で定める場合（前号に掲げる場合を除く。）
過少申告加算税
次の各号に掲げる場合には、第一項又は第二項に規定する納付すべき税額から当該各号に定める税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
過少申告加算税
第一項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について期限内申告書の提出により納付すべき税額を減少させる更正その他これに類するものとして政令で定める更正（更正の請求に基づく更正を除く。）があつた場合 当該期限内申告書に係る税額（還付金の額に相当する税額を含む。）に達するまでの税額
過少申告加算税
第一項の規定は、修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合において、その申告に係る国税についての調査に係る第七十四条の九第一項第四号及び第五号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に掲げる事項その他政令で定める事項の通知（次条…
無申告加算税
次の各号のいずれかに該当する場合には、当該納税者に対し、当該各号に規定する申告、更正又は決定に基づき第三十五条第二項（申告納税方式による国税等の納付）の規定により納付すべき税額に百分の十五の割合（期限後申告書又は第二号の修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正又は決定…
無申告加算税
第一項の規定に該当する場合において、当該納税者が、帳簿に記載し、又は記録すべき事項に関しその期限後申告書若しくは修正申告書の提出又は更正若しくは決定（以下この項において「期限後申告等」という。）があつた時前に、当該職員から当該帳簿の提示又は提出を求められ、かつ…
無申告加算税
その期限後申告書若しくは第一項第二号の修正申告書の提出（その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを予知してされたものでない場合において、その申告に係る国税についての調査通知がある前に行われたものを除く。）又は更正若しくは決定に係る国税の課税期間の初日の属する年の前年…
無申告加算税
期限後申告書又は第一項第二号の修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを予知してされたものでない場合において、その申告に係る国税についての調査通知がある前に行われたものであるときは…
無申告加算税
第一項の規定は、期限後申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について第二十五条の規定による決定があるべきことを予知してされたものでない場合において、期限内申告書を提出する意思があつたと認められる場合として政令で定める場合に該当してされたものであり、かつ…
確定所得申告
第一号に掲げる総所得金額若しくは退職所得金額又は純損失の金額の計算の基礎となつた各種所得につき源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額（当該所得税の額のうちに、第百二十七条第一項から第三項まで（年の中途で出国をする場合の確定申告）の規定による申告書を提出したことにより、又は当該申告書に係る所得税につき更正を受けたこと…
確定所得申告
前項に規定する予納税額とは、次に掲げる税額の合計額（当該税額のうちに、第百二十七条第一項から第三項までの規定による申告書を提出したことにより、又は当該申告書に係る所得税につき更正を受けたことにより還付される金額がある場合には、当該金額を控除した金額）をいう。
非居住者に係る外国税額の控除
恒久的施設を有する非居住者が各年において外国所得税（第九十五条第一項（外国税額控除）に規定する外国所得税をいう。以下この項及び第六項において同じ。）を納付することとなる場合には…
申告、納付及び還付
前編第五章及び第六章（居住者に係る申告、納付及び還付）の規定は、非居住者の総合課税に係る所得税についての申告、納付及び還付について準用する。この場合において、第百十二条第二項（予定納税額の減額の承認の申請手続）中「取引」とあるのは「取引（恒久的施設を有する非居住者にあつては、第百六十一条第一項第一号（国内源泉所得）に…
外国税額控除
居住者が各年において外国所得税（外国の法令により課される所得税に相当する税で政令で定めるものをいう。以下この項及び第九項において同じ。）を納付することとなる場合には、第八十九条から第九十三条まで（税率等）の規定により計算したその年分の所得税の額のうち…
外国法人に係る所得税額の控除
第六十八条（所得税額の控除）の規定は、外国法人が各事業年度において第百四十一条各号（課税標準）に掲げる外国法人の区分（同条第一号に掲げる外国法人にあつては同号イ又はロに掲げる国内源泉所得の区分）に応じ当該各号に定める国内源泉所得（同条第一号に定める国内源泉所得にあつては同号イ又はロに掲げる国内源泉所得）で所得税法の規…
外国法人に係る外国税額の控除
恒久的施設を有する外国法人が各事業年度において外国法人税（第六十九条第一項（外国税額の控除）に規定する外国法人税をいう。以下この項及び第八項において同じ。）を納付することとなる場合には…
前編第三章第三節（内国法人の退職年金等積立金に対する法人税の申告及び納付）の規定は、外国法人の退職年金等積立金に対する法人税についての申告及び納付について準用する。この場合において…
定義
中間納付額 第七十六条（中間申告による納付）又は第百四十四条の九（中間申告による納付）の規定により納付すべき法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の法人税の額）をいう。
所得税額の控除
内国法人が各事業年度において所得税法第百七十四条各号（内国法人に係る所得税の課税標準）に規定する利子等、配当等、給付補塡金、利息、利益、差益、利益の分配又は賞金（次項において「利子及び配当等」という。）の支払を受ける場合には…
外国税額の控除
内国法人が各事業年度において外国法人税（外国の法令により課される法人税に相当する税で政令で定めるものをいう。以下この項及び第十二項において同じ。）を納付することとなる場合には、当該事業年度の所得の金額につき第六十六条第一項から第三項まで（各事業年度の所得に対する法人税の税率）の規定を適用して計算した金額のうち当該事業…
退職年金等積立金に係る中間申告による納付
第八十八条（退職年金等積立金に係る中間申告）の規定による申告書を提出した内国法人は、当該申告書に記載した同条第二号に掲げる金額があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該金額に相当する法人税を国に納付しなければならない。
定義
中間納付額 第四十八条の規定により納付すべき消費税の額（その額につき国税通則法第十九条第三項（修正申告）に規定する修正申告書の提出又は同法第二十四条（更正）若しくは第二十六条（再更正）の規定による更正があつた場合には、その申告又は更正後の消費税の額）をいう。
定義第二条第一項第五号・法令全体に適用
国税に関する法律の規定により国税（源泉徴収等による国税を除く。）を納める義務がある者（国税徴収法（昭和三十四年法律第百四十七号）に規定する第二次納税義務者及び国税の保証人を除く。）及び源泉徴収等による国税を徴収して国に納付しなければならない者
わかりやすく言うと
国税に関する法律によって国税を納める義務がある人と、源泉徴収等による国税を徴収して国に納めなければならない人のことです。ただし、国税徴収法に定める第二次納税義務者と国税の保証人は、納める義務がある人に含みません。
定義第二条第一項第六号・法令全体に適用
申告納税方式による国税に関し国税に関する法律の規定により次に掲げるいずれかの事項その他当該事項に関し必要な事項を記載した申告書をいい、国税に関する法律の規定による国税の還付金（以下「還付金」という。）の還付を受けるための申告書でこれらのいずれかの事項を記載したものを含むものとする
わかりやすく言うと
申告納税方式の国税について、法律に基づいて課税標準、そこから差し引く金額、純損失等の金額、納付すべき税額、還付金の額に相当する税額などのいずれかを書いて出す申告書のことです。還付金を受けるための申告書でこれらを書いたものも含みます。
略称規定第二条第一項第六号
納税申告書 申告納税方式による国税に関し国税に関する法律の規定により次に掲げるいずれかの事項その他当該事項に関し必要な事項を記載した申告書をいい、国税に関する法律の規定による国税の還付金（以下「還付金」という。）の還付を受けるための申告書…
わかりやすく言うと
国税に関する法律の規定に基づいて、国から還付される国税のお金のことです。
略称規定第二十三条第二項
…同項の規定にかかわらず、当該各号に定める期間において、その該当することを理由として同項の規定による更正の請求（以下「更正の請求」という。）をすることができる。
わかりやすく言うと
納税申告書を提出した人が、計算の誤りなどで納める税額が多すぎるなどの場合に、税務署長に課税標準や税額などを正すよう求めることです（第二十三条第一項）。
略称規定第二十九条第一項・この規定及び第二十九条から第七十二条までの中だけ
第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正（以下第七十二条（国税の徴収権の消滅時効）までにおいて「更正」という。）で既に確定した納付すべき税額を増加させるものは…
わかりやすく言うと
税務署長が調査により、納税申告書の課税標準等や税額等を改めることです。申告の計算が法律の規定に従っていないときや調査したところと異なるときの更正（第二十四条）と、更正や決定の後に過大または過少と分かったときの再更正（第二十六条）を含みます。
定義第三十四条の六第三項
電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるもの
略称規定第六十一条第一項第二号
その申告又は更正に係る国税について期限後申告書（還付金の還付を受けるための納税申告書で政令で定めるもの（以下「還付請求申告書」という。）を含む。以下この号及び次項において同じ。）が提出されている場合において…
わかりやすく言うと
還付金の還付を受けるために出す納税申告書のうち、政令で定めるもののことです。
定義第六十五条第三項第一号・この規定及び第六十五条第二項の中だけ
第一項の修正申告又は更正前にされたその国税についての修正申告書の提出又は更正に基づき第三十五条第二項の規定により納付すべき税額の合計額（当該国税について、当該納付すべき税額を減少させる更正又は更正に係る不服申立て若しくは訴えについての決定、裁決若しくは判決による原処分の異動があつたときはこれらにより減少した部分の税額に相当する金額を控除した金額とし、第五項の規定の適用があつたときは同項の規定により控除すべきであつた金額を控除した金額とする。）
わかりやすく言うと
過少申告加算税がかかる修正申告や更正より前に、同じ国税について修正申告書の提出や更正があって納めることになった税額の合計です。その後の減額の更正や、不服申立て・訴えについての決定や判決などで減った分などは差し引きます。
定義第六十五条第三項第二号・この規定及び第六十五条第二項の中だけ
期限内申告書（次条第一項ただし書又は第九項の規定の適用がある場合には、期限後申告書を含む。第五項第二号において同じ。）の提出に基づき第三十五条第一項又は第二項の規定により納付すべき税額（これらの申告書に係る国税について、次に掲げる金額があるときは当該金額を加算した金額とし、所得税、法人税、地方法人税、相続税又は消費税に係るこれらの申告書に記載された還付金の額に相当する税額があるときは当該税額を控除した金額とする。）
わかりやすく言うと
期限内申告書（第六十六条第一項ただし書又は第九項により無申告加算税がかからない期限後申告書を含みます）に基づいて納める税額です。外国税額控除の額や中間納付額など第三項第二号イからホまでの金額があれば加え、所得税や消費税など一定の税で申告書に記載した還付金に当たる税額があれば差し引きます。
略称規定第六十五条第四項・この項の中だけ
…又は記録すべき事項に関しその修正申告書の提出又は更正（以下この項において「修正申告等」という。）があつた時前に、国税庁、国税局又は税務署の当該職員（以下この項及び同条第五項において「当該職員」という。）から当該帳簿の提示又は提出を求めら…
わかりやすく言うと
納税者が申告した税額などを直すために修正申告書を出すこと、または税務署長が調査に基づいて申告の内容を正す更正のことです（第十九条、第二十四条）。
略称規定第六十五条第四項・この項の中だけ
…第一項に規定する納付すべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で当該修正申告等の基因となる当該帳簿に記載し、又は記録すべき事項に係るもの以外のもの（以下この項において「帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実」という。）があるとき…
わかりやすく言うと
納めるべき税額の計算の基礎となる事実のうち、修正申告書の提出や更正の原因となった、帳簿に記載または記録すべき事項に関するもの以外の事実のことです。これに基づく税額として政令の定めで計算した金額は、この項で上乗せする金額の計算の基礎から差し引かれます。
略称規定第六十五条第四項・この項及び第六十六条第五項の中だけ
…又は記録すべき事項に関しその修正申告書の提出又は更正（以下この項において「修正申告等」という。）があつた時前に、国税庁、国税局又は税務署の当該職員（以下この項及び同条第五項において「当該職員」という。）から当該帳簿の提示又は提出を求めら…
わかりやすく言うと
この項で、納税者に帳簿の提示や提出を求める国税庁、国税局または税務署の職員のことです。次の条（第六十六条）の第五項でも同じ意味で使われます。
略称規定第六十五条第四項第一号・この規定及び第六十五条第四項第二号及び第六十六条第五項の中だけ
…若しくは記録すべき事項のうち、納税申告書の作成の基礎となる重要なものとして財務省令で定める事項（次号及び次条第五項において「特定事項」という。）の記載若しくは記録が著しく不十分である場合として財務省令で定める場合
わかりやすく言うと
税務職員から提示や提出を求められた帳簿に記載・記録すべき事項のうち、納税申告書を作る基礎となる重要なものとして財務省令で定める事項のことです。
略称規定第六十五条第六項・この規定及び第六十六条第六項第二号及び第六十六条第八項の中だけ
…その申告に係る国税についての調査に係る第七十四条の九第一項第四号及び第五号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に掲げる事項その他政令で定める事項の通知（次条第六項第二号及び第八項において「調査通知」という。）がある前に行われたものであ…
わかりやすく言うと
税務調査について、調査の対象となる税目と期間、その他政令で定める事項を知らせる通知のことです（第七十四条の九第一項第四号・第五号）。