A person who has filed a return filed by the due date must, as provided for in the national tax laws, pay to the State the national tax equivalent to the tax amount stated in the return as the amount payable by filing the return, by its statutory payment due date (for a national tax subject to postponement of tax payment, by the due date for payment under that postponement).
The taxpayer of a national tax equivalent to any of the amounts listed in the following items must pay the national tax to the State by the day specified in the items (in the case of a national tax for which the due date for payment is otherwise specified by the national tax laws pertaining to the postponement of tax payments and other national taxes, by such due date for payment as specified in the relevant law):
the tax amount stated in a return filed after the due date as the amount payable by filing such return, or the amount set forth in Article 19, paragraph (4), item (ii) (Amended Return) as stated in an amended return (where the filing of the amended return newly gives rise to a tax amount payable, such tax amount payable): the day on which such return filed after the due date or amended return is filed; or
期限後申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載した税額又は修正申告書に記載した第十九条第四項第二号（修正申告）に掲げる金額（その修正申告書の提出により納付すべき税額が新たにあることとなつた場合には、当該納付すべき税額） その期限後申告書又は修正申告書を提出した日
the amount listed in Article 28, paragraph (2), item (iii) (a) through (c) (Procedures for Reassessment or Determination) as stated in a written notice of reassessment (where the reassessment newly gives rise to a tax amount payable, such tax amount payable), or the tax amount payable as stated in a written notice of determination: the day on which one month has elapsed from the day following the day on which the written notice of reassessment or written notice of determination was given.
更正通知書に記載された第二十八条第二項第三号イからハまで（更正又は決定の手続）に掲げる金額（その更正により納付すべき税額が新たにあることとなつた場合には、当該納付すべき税額）又は決定通知書に記載された納付すべき税額 その更正通知書又は決定通知書が発せられた日の翌日から起算して一月を経過する日
A person who has received a written notice of assessment and determination concerning penalty tax for understatement, penalty tax for failure to file or heavy penalty tax (limited to the heavy penalty tax under Article 68, paragraph (1), (2) or (4) (limited to the part concerning the heavy penalty tax under paragraph (1) or (2) of that Article) (Heavy Penalty Tax); the same applies hereinafter in this paragraph) must pay the penalty tax for understatement, penalty tax for failure to file or heavy penalty tax in the amount stated in the notice by the day on which one month has elapsed from the day following the day on which the notice was given.
申告納税方式による国税等の納付
過少申告加算税、無申告加算税又は重加算税（第六十八条第一項、第二項又は第四項（同条第一項又は第二項の重加算税に係る部分に限る。）（重加算税）の重加算税に限る。以下この項において同じ。）に係る賦課決定通知書を受けた者は、当該通知書に記載された金額の過少申告加算税…
重加算税
第六十五条第一項（過少申告加算税）の規定に該当する場合（修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合を除く。）において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、かつ…
重加算税
第六十六条第一項（無申告加算税）の規定に該当する場合（同項ただし書若しくは同条第九項の規定の適用がある場合又は納税申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを予知してされたものでない場合を除く。）において…
重加算税
前三項の規定に該当する場合において、次の各号のいずれか（第一項又は前項の規定に該当する場合にあつては、第一号）に該当するときは、前三項の重加算税の額は、これらの規定にかかわらず、これらの規定により計算した金額に、これらの規定に規定する基礎となるべき税額に百分の十の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
定義第二条第一項第五号・法令全体に適用
国税に関する法律の規定により国税（源泉徴収等による国税を除く。）を納める義務がある者（国税徴収法（昭和三十四年法律第百四十七号）に規定する第二次納税義務者及び国税の保証人を除く。）及び源泉徴収等による国税を徴収して国に納付しなければならない者
わかりやすく言うと
国税に関する法律によって国税を納める義務がある人と、源泉徴収等による国税を徴収して国に納めなければならない人のことです。ただし、国税徴収法に定める第二次納税義務者と国税の保証人は、納める義務がある人に含みません。
略称規定第二条第一項第八号
この場合において、第三十八条第二項（繰上請求）に規定する繰上げに係る期限及び所得税法若しくは相続税法の規定による延納（以下「延納」という。）…
わかりやすく言うと
所得税法または相続税法の規定により、納めるべき税金の納付を一定の期間延ばすことです。延納によって延びた期限は、法定納期限には含まれません。
定義第二条第一項第八号・法令全体に適用
国税に関する法律の規定により国税を納付すべき期限（次に掲げる国税については、それぞれ次に定める期限又は日）をいう。この場合において、第三十八条第二項（繰上請求）に規定する繰上げに係る期限及び所得税法若しくは相続税法の規定による延納（以下「延納」という。）、第四十七条第一項（納税の猶予の通知等）に規定する納税の猶予又は徴収若しくは滞納処分に関する猶予に係る期限は、当該国税を納付すべき期限に含まれないものとする
わかりやすく言うと
国税に関する法律で国税を納めるべきとされている期限のことです。期限後申告や修正申告、更正、決定で納める税や附帯税はもとの本来の期限、直ちに徴収する税はその事実が生じた日とされます。繰上げ請求の期限や、延納・納税の猶予などによる期限は含みません。
略称規定第二十八条第一項
第二十四条から第二十六条まで（更正・決定）の規定による更正又は決定（以下「更正又は決定」という。）は、税務署長が更正通知書又は決定通知書を送達して行なう。
わかりやすく言うと
第二十四条から第二十六条までによる更正または決定のことです。更正は申告された課税標準や税額などを税務署長が調査により正すこと、決定は申告書を出すべき人が出さなかったときに税務署長が調査によりそれらを定めることです。
略称規定第二十九条第一項・この規定及び第二十九条から第七十二条までの中だけ
第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正（以下第七十二条（国税の徴収権の消滅時効）までにおいて「更正」という。）で既に確定した納付すべき税額を増加させるものは…
わかりやすく言うと
税務署長が調査により、納税申告書の課税標準等や税額等を改めることです。申告の計算が法律の規定に従っていないときや調査したところと異なるときの更正（第二十四条）と、更正や決定の後に過大または過少と分かったときの再更正（第二十六条）を含みます。