①適格請求書発行事業者（消費税法第五十七条の三第三項の規定により同法第五十七条の二第一項の登録を受けた事業者とみなされる者を含み、その課税期間の初日において所得税法第二条第一項第八号の四又は法人税法第二条第十二号の十九に規定する恒久的施設を有しない消費税法第二条第一項第四号の二に規定する国外事業者を除く。以下この条及び次条において同じ。）の五年施行日から五年施行日以後三年を経過する日までの日の属する課税期間（同法第五十七条の二第一項の登録（同法第五十七条の三第三項の規定により同法第五十七条の二第一項の登録を受けた事業者とみなされる場合における当該登録を含む。次条第一項において同じ。）、同法第九条第四項の規定による届出書の提出又は同法第十条第一項の規定の適用がなかったとしたならば消費税を納める義務が免除されることとなる課税期間に限るものとし、次に掲げる課税期間を除く。）については、同法第三十条から第三十七条までの規定により同法第三十条第一項に規定する課税標準額に対する消費税額から控除することができる同条第二項に規定する課税仕入れ等の税額の合計額は、同条から同法第三十七条までの規定にかかわらず、特別控除税額とすることができる。この場合において、当該特別控除税額は、当該課税期間における同法第三十二条第一項第一号に規定する仕入れに係る消費税額とみなす。

②前項に規定する特別控除税額とは、当該適格請求書発行事業者の当該課税期間の課税資産の譲渡等（消費税法第七条第一項若しくは第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額の合計額に対する消費税額から当該課税期間における新消費税法第三十八条第一項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額の合計額を控除した残額の百分の八十に相当する金額をいう。

③第一項の規定の適用を受けようとする適格請求書発行事業者は、新消費税法第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書に係る国税通則法第十八条第二項に規定する期限後申告書を含む。）にその旨を付記するものとする。

④適格請求書発行事業者の第一項の規定の適用を受ける課税期間における消費税法第九条第七項並びに第十二条の四第一項及び第三項、新消費税法第四十五条第一項及び第六十条第四項並びに二十七年改正法附則第四十四条第二項の規定の適用については、消費税法第九条第七項並びに第十二条の四第一項及び第三項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、新消費税法第四十五条第一項第三号中「前章」とあるのは「前章及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、新消費税法第六十条第四項中「第三十七条」とあるのは「第三十七条又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」と、二十七年改正法附則第四十四条第二項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の二第一項」とする。

⑤新消費税法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者が消費税法第九条第四項の規定による届出書の提出により五年施行日の属する課税期間の初日から消費税を納める義務が免除されないこととなる場合において、当該事業者が附則第四十四条第一項の規定により新消費税法第五十七条の二第二項の規定による申請書を提出しているときは、当該事業者の当該課税期間に係る消費税法第九条第五項の規定による届出書の提出については、同条第六項の規定は、適用しない。この場合において、当該課税期間中に当該課税期間について同条第四項の規定の適用を受けることをやめようとする旨を記載した当該届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を当該課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同条第八項の規定を適用する。

⑥第一項の規定の適用を受けた適格請求書発行事業者が、消費税法第三十七条第一項の規定による届出書を当該適用を受けた課税期間の翌課税期間（以下この項において「特例対象課税期間」という。）に係る同法第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該特例対象課税期間について同法第三十七条第一項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該届出書を当該特例対象課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。

⑦前各項に定めるもののほか、この条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。