①消費税法第二条第一項第三号に規定する個人事業者である適格請求書発行事業者の令和九年及び令和十年に含まれる各課税期間（同法第五十七条の二第一項の登録、同法第九条第四項の規定による届出書の提出又は同法第十条第一項の規定の適用がなかったとしたならば消費税を納める義務が免除されることとなる課税期間に限るものとし、前条第一項第二号から第四号までに掲げる課税期間を除く。）については、同法第三十条から第三十七条までの規定により同法第三十条第一項に規定する課税標準額に対する消費税額から控除することができる同条第二項に規定する課税仕入れ等の税額の合計額は、同条から同法第三十七条までの規定にかかわらず、特別控除税額とすることができる。この場合において、当該特別控除税額は、当該課税期間における同法第三十二条第一項第一号に規定する仕入れに係る消費税額とみなす。

②前項に規定する特別控除税額とは、当該適格請求書発行事業者の当該課税期間の課税資産の譲渡等（特定少額資産の譲渡（消費税法第二条第一項第八号の六に規定する特定少額資産の譲渡をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの及び同法第七条第一項若しくは第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額の合計額に対する消費税額から当該課税期間における消費税法第三十八条第一項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額（特定少額資産の譲渡に係るものを除く。）の合計額を控除した残額の百分の七十に相当する金額をいう。

③第一項の規定の適用を受けようとする適格請求書発行事業者は、消費税法第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書に係る国税通則法第十八条第二項に規定する期限後申告書を含む。）にその旨を付記するものとする。

④適格請求書発行事業者の第一項の規定の適用を受ける課税期間における消費税法第九条第七項、第十二条の四第一項及び第三項並びに第四十五条第一項並びに二十七年改正法附則第四十四条第二項の規定の適用については、消費税法第九条第七項並びに第十二条の四第一項及び第三項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の三第一項」と、同法第四十五条第一項第三号中「前章」とあるのは「前章及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の三第一項」と、二十七年改正法附則第四十四条第二項中「第三十七条第一項」とあるのは「第三十七条第一項又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第五十一条の三第一項」とする。

⑤第一項の規定の適用を受けた適格請求書発行事業者が、消費税法第三十七条第一項の規定による届出書を当該適用を受けた課税期間の翌課税期間（以下この項において「特例対象課税期間」という。）に係る同法第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限までにその納税地を所轄する税務署長に提出した場合において、当該届出書に当該特例対象課税期間について同法第三十七条第一項の規定の適用を受ける旨を記載したときは、当該届出書を当該特例対象課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同項の規定を適用する。

⑥前各項に定めるもののほか、この条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。