第三十九条（課税仕入れ等を適用税率別に区分することが困難な小売業等を営む中小事業者に対する経過措置）
元年軽減対象資産の譲渡等を行う事業者が、適用対象期間（その基準期間における課税売上高が五千万円以下である課税期間（二十八年新消費税法第三十七条第一項の規定の適用を受ける課税期間及び同項に規定する分割等に係る課税期間を除く。）のうち元年適用日から元年適用日以後一年を経過する日の属する課税期間の末日までの期間に該当する期間をいう。次項において同じ。）中に国内において行った卸売業（前条第二項に規定する卸売業をいう。以下この項において同じ。）及び小売業（同条第二項に規定する小売業をいう。以下この項において同じ。）に係る課税仕入れに係る支払対価の額又は当該適用対象期間中に保税地域から引き取った課税貨物に係る税込引取価額を税率の異なるごとに区分して合計することにつき困難な事情があるときは、消費税法第三十条第一項の規定にかかわらず、当該課税仕入れに係る支払対価の額及び当該課税貨物に係る税込引取価額の合計額に小売等軽減売上割合（第一号に掲げる金額のうちに第二号に掲げる金額の占める割合をいう。次項において同じ。）を乗じて計算した金額（以下この項において「軽減対象税込課税仕入れ等の金額」という。）に百八分の六・二四を乗じて計算した金額と、当該合計額から軽減対象税込課税仕入れ等の金額を控除した残額に百十分の七・八を乗じて計算した金額との合計額を、当該適用対象期間における卸売業及び小売業に係る課税仕入れ等の税額（同条第一項の規定により控除する同項に規定する課税仕入れに係る消費税額及び同項に規定する保税地域からの引取りに係る課税貨物につき課された又は課されるべき消費税額をいう。第三項において同じ。）の合計額とすることができる。ただし、前条第二項の規定の適用を受ける場合は、この限りでない。
当該適用対象期間中に国内において行った卸売業及び小売業に係る元年軽減対象資産の譲渡等の税込価額の合計額
消費税法第三十二条第一項の事業者が、前項の規定の適用を受けた課税仕入れにつき、同条第一項に規定する仕入れに係る対価の返還等を受けた場合には、当該仕入れに係る対価の返還等に係る課税仕入れの事実に基づき、同項の規定を適用する。ただし、当該課税仕入れに係る支払対価の額につき返還を受けた金額又は減額を受けた債務の額を税率の異なるごとに区分することが困難な場合には、当該課税仕入れに係る支払対価の額につき返還を受けた金額又は減額を受けた債務の額の合計額に当該課税仕入れを行った適用対象期間における小売等軽減売上割合を乗じて計算した金額（以下この項において「軽減対象税込対価の返還等の金額」という。）に百八分の六・二四を乗じて計算した金額と、当該合計額から軽減対象税込対価の返還等の金額を控除した残額に百十分の七・八を乗じて計算した金額との合計額を、附則第三十四条第二項前段の規定により読み替えられた同法第三十二条第一項第一号に規定する仕入れに係る対価の返還等を受けた金額に係る消費税額として、同条の規定を適用することができる。
第一項の規定の適用を受ける課税仕入れ等の税額の控除に係る消費税法第三十条第八項及び第九項の規定の適用については、附則第三十四条第二項前段の規定は、適用しない。
第四十条（課税仕入れ等を適用税率別に区分することが困難な中小事業者に対する経過措置）
その基準期間における課税売上高が五千万円以下である課税期間（二十八年新消費税法第三十七条第一項の規定の適用を受ける課税期間及び同項に規定する分割等に係る課税期間を除き、元年適用日から元年適用日以後一年を経過する日までの日の属する課税期間に限る。次項及び第三項において「適用対象期間」という。）中に国内において行った課税仕入れに係る支払対価の額又は当該課税期間中に保税地域から引き取った課税貨物に係る税込引取価額を税率の異なるごとに区分して合計することにつき困難な事情のある事業者が、当該課税期間につき同条第一項の規定の適用を受ける旨を記載した届出書を当該課税期間の末日までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該事業者は同項の規定による届出書を当該課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなす。
二十八年新消費税法第三十七条第三項各号に掲げる場合に該当する事業者が、適用対象期間中に国内において行った課税仕入れに係る支払対価の額を税率の異なるごとに区分して合計することにつき著しく困難な事情があるときは、同項本文の規定は、適用しない。
前三項に定めるもののほか、この条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十四条（適格請求書発行事業者の登録等に関する経過措置）
五年施行日から令和六年三月三十一日までの間のいずれかの日に五年改正規定による改正後の消費税法（以下附則第五十三条の二までにおいて「新消費税法」という。）第五十七条の二第一項の登録を受けようとする事業者は、五年施行日前においても、同条第二項の規定の例により、同項の申請書を提出することができる。ただし、五年施行日に同条第一項の登録を受けようとする事業者は、五年施行日の六月前の日（消費税法第九条の二第一項の規定により同法第九条第一項本文の規定の適用を受けないこととなる事業者にあっては、五年施行日の三月前の日）までに、当該申請書をその納税地を所轄する税務署長に提出しなければならない。
税務署長は、第一項の規定により新消費税法第五十七条の二第二項の申請書の提出を受けた場合又は前項の規定により同条第八項の届出書の提出を受けた場合には、五年施行日前においても、同条第三項から第七項まで及び第九項の規定の例により、同条第三項の規定による登録、同条第四項の規定による公表、同条第五項の規定による登録の拒否、同条第六項の規定による登録の取消し、同条第七項の規定による通知及び同条第九項の規定による登録の変更（以下この項において「登録等」という。）をすることができる。この場合において、これらの規定の例によりされた登録等は、五年施行日（同条第一項の登録がされた日（以下附則第五十一条の二までにおいて「登録開始日」という。）が五年施行日の翌日以後である場合には、当該登録開始日）においてこれらの規定により行われたものとみなす。
新消費税法第五十七条の二第二項の申請書を提出した事業者（登録開始日が五年施行日から五年施行日以後六年を経過する日までの日の属する課税期間中である事業者に限る。）の当該登録開始日の属する課税期間（その基準期間における課税売上高が千万円を超える課税期間、消費税法第九条第四項の規定による届出書の提出により、又は同法第九条の二第一項、第十条第二項、第十一条第二項から第四項まで、第十二条第一項から第四項まで若しくは第六項、第十二条の二第一項若しくは第二項、第十二条の三第一項若しくは第三項若しくは第十二条の四第一項から第三項までの規定により消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間及び当該登録開始日の前日までに同法第十条第一項の相続、同法第十一条第一項の合併又は同法第十二条第五項の吸収分割があったことにより消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間を除く。）のうち当該登録開始日から当該課税期間の末日までの間における課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについては、消費税法第九条第一項本文の規定は、適用しない。
前項の規定の適用を受ける事業者の登録開始日の属する課税期間の翌課税期間から登録開始日以後二年を経過する日の属する課税期間までの各課税期間（その基準期間における課税売上高が千万円を超える課税期間及び消費税法第九条第四項の規定による届出書の提出により、又は同法第九条の二第一項、第十条第二項、第十一条第二項若しくは第四項、第十二条第二項から第四項まで若しくは第六項、第十二条の二第一項若しくは第二項、第十二条の三第一項若しくは第三項若しくは第十二条の四第一項から第三項までの規定により消費税を納める義務が免除されないこととなる課税期間を除く。）における課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについては、同法第九条第一項本文の規定は、適用しない。ただし、登録開始日の属する課税期間が五年施行日を含む課税期間である場合は、この限りでない。
前各項に定めるもののほか、この条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。