①確定申告書等に係る消費税につき国税通則法第二十四条（更正）又は第二十六条（再更正）の規定による更正（当該消費税についての更正の請求（同法第二十三条第一項（更正の請求）の規定による更正の請求をいう。以下この章において同じ。）に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び次項において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第四十五条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その確定申告書等を提出した者に対し、その増加した部分の金額に相当する消費税額を還付する。

②前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、前項の更正等の日の翌日以後一月を経過した日（当該更正等が更正の請求に基づく更正（同法第二十四条又は第二十六条の規定による更正をいう。以下この章において同じ。）である場合及び更正の請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決である場合には、その更正の請求の日の翌日以後三月を経過した日と当該更正等の日の翌日以後一月を経過した日とのいずれか早い日）からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

③第一項の規定による還付金を同項の確定申告書等に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。

④前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

①中間申告書を提出した者のその中間申告書に係る課税期間の消費税につき国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定があつた場合において、その決定に係る第四十五条第一項第七号に掲げる金額があるときは、税務署長は、その者に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。

②中間申告書を提出した者のその中間申告書に係る課税期間の消費税につき更正（当該消費税についての処分等（更正の請求に対する処分又は国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び第四項第二号において「更正等」という。）があつた場合において、その更正等により第四十五条第一項第七号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その者に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。

③税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。

④第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項（還付加算金）の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日。第二号ロにおいて「充当日」という。）までの期間とする。ただし、次の各号に掲げる還付金の区分に応じ当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。

⑤第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税及び利子税を免除する。

⑥第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。

⑦前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

①確定申告書等に記載すべき第四十五条第一項第一号から第七号までに掲げる金額につき、修正申告書を提出し、又は更正若しくは決定（国税通則法第二十五条（決定）の規定による決定をいう。以下この条において同じ。）を受けた者は、その修正申告書の提出又は更正若しくは決定に伴い次の各号に掲げる場合に該当することとなるときは、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定の通知を受けた日の翌日から二月以内に限り、税務署長に対し、当該各号に規定する金額につき更正の請求をすることができる。この場合においては、同法第二十三条第三項（更正の請求）に規定する更正請求書には、同項に規定する事項のほか、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定の通知を受けた日を記載しなければならない。

②第四十七条第一項の規定による申告書に記載すべき同項第一号又は第二号に掲げる金額につき、修正申告書を提出し、若しくは更正若しくは決定を受けた者又は同条第二項に規定する課税貨物に係る消費税につき国税通則法第三十二条第一項（賦課決定）に規定する決定（以下この項において「賦課決定」という。）若しくは同条第二項に規定する変更する決定（以下この項において「変更決定」という。）を受けた者は、その修正申告書の提出若しくは更正若しくは決定又は賦課決定若しくは変更決定に伴い次の各号に掲げる場合に該当することとなるときは、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定若しくは賦課決定若しくは変更決定（以下この項において「更正決定等」という。）の通知を受けた日の翌日から二月以内に限り、税務署長に対し、当該各号に規定する金額につき更正の請求をすることができる。この場合においては、同法第二十三条第三項に規定する更正請求書には、同項に規定する事項のほか、その修正申告書を提出した日又はその更正決定等の通知を受けた日を記載しなければならない。