協会は、業務を執行するために必要な事項で厚生労働省令で定めるものについて、運営規則を定めるものとする。
理事長は、運営規則を変更しようとするときは、あらかじめ、厚生労働大臣に届け出なければならない。
協会の職員は、理事長が任命する。
協会の事業年度は、毎年四月一日に始まり、翌年三月三十一日に終わる。
協会の会計は、厚生労働省令で定めるところにより、原則として企業会計原則によるものとする。
協会は、毎事業年度、事業計画及び予算を作成し、当該事業年度開始前に、厚生労働大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。
協会は、毎事業年度の決算を翌事業年度の五月三十一日までに完結しなければならない。
協会は、毎事業年度、貸借対照表、損益計算書、利益の処分又は損失の処理に関する書類その他厚生労働省令で定める書類及びこれらの附属明細書（以下「財務諸表」という。）を作成し、これに当該事業年度の事業報告書及び決算報告書（以下この条及び第二百十七条の二第四号において「事業報告書等」という。）を添え、監事及び次条第二項の規定により選任された会計監査人の意見を付けて、決算完結後二月以内に厚生労働大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
会計監査人は、厚生労働大臣が選任する。
会計監査人は、公認会計士（公認会計士法（昭和二十三年法律第百三号）第十六条の二第五項に規定する外国公認会計士を含む。）又は監査法人でなければならない。
公認会計士法の規定により、財務諸表について監査をすることができない者は、会計監査人となることができない。
厚生労働大臣は、会計監査人が次の各号のいずれかに該当するときは、その会計監査人を解任することができる。
職務上の義務に違反し、又は職務を怠ったとき。
会計監査人たるにふさわしくない非行があったとき。
心身の故障のため、職務の遂行に支障があり、又はこれに堪えないとき。
協会の業務上の余裕金の運用は、政令で定めるところにより、事業の目的及び資金の性質に応じ、安全かつ効率的にしなければならない。
協会は、厚生労働省令で定める重要な財産を譲渡し、又は担保に供しようとするときは、厚生労働大臣の認可を受けなければならない。