前項に規定する特定寄附信託契約とは、居住者が、信託会社（信託業法（平成十六年法律第百五十四号）第三条又は第五十三条第一項の免許を受けたものに限るものとし、金融機関の信託業務の兼営等に関する法律（昭和十八年法律第四十三号）により同法第一条第一項に規定する信託業務を営む同項に規定する金融機関を含む。）との間で締結した当該居住者を受益者とする信託契約で、当該信託財産を所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金（第四十一条の十八の二第一項の規定により特定寄附金とみなされたものを含む。）のうち民間の団体が行う公益を目的とする事業に資するものとして政令で定めるもの（第八項において「対象特定寄附金」という。）として支出することを主たる目的とすることその他計画的な寄附が適正に実施されるための要件として政令で定める要件が定められているものをいう。
第一項の規定は、前項の居住者が、同項に規定する特定寄附信託契約の締結の後、最初に第一項の規定の適用を受けようとする利子等の支払を受ける日の前日までに、その者の氏名、住所及び個人番号（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成二十五年法律第二十七号）第二条第五項に規定する個人番号をいう。以下この章において同じ。）その他の財務省令で定める事項を記載した申告書（以下この条において「特定寄附信託申告書」という。）に、当該特定寄附信託契約の契約書の写しを添付して、これを当該特定寄附信託契約に係る特定寄附信託の受託者の営業所、事務所その他これらに準ずるもの（以下この条において「営業所等」という。）を経由し、当該特定寄附信託の受託者の営業所等の所在地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
第一項の規定の適用がある場合における所得税法第七十八条の規定並びに第四十一条の十八の二及び第四十一条の十八の三の規定の適用については、同法第七十八条第二項中「学校の入学に関してするものを除く」とあるのは「租税特別措置法第四条の五第一項（特定寄附信託の利子所得の非課税）の規定の適用を受けた同項に規定する利子等の金額に相当する部分及び学校の入学に関してするものを除く」と、第四十一条の十八の二第一項中「その寄附をした者」とあるのは「第四条の五第一項の規定の適用を受けた同項に規定する利子等の金額に相当する部分並びにその寄附をした者」とする。