出入国在留管理庁長官は、出入国管理及び難民認定法（昭和二十六年政令第三百十九号。以下この条において「入管法」という。）第十九条の十五の二第一項若しくは第二項又は日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法（平成三年法律第七十一号。以下この条において「入管特例法」という。）第十六条の二第一項から第三項までの規定による入管法第十九条の十五の二第一項に規定する特定在留カード又は入管特例法第十六条の二第一項に規定する特定特別永住者証明書（以下この条において「特定在留カード等」という。）の交付の申請（以下この条において「特定在留カード等交付申請」という。）があった場合には、機構に対し、当該特定在留カード等交付申請があった旨を通知するものとする。
出入国在留管理庁長官は、入管法第十九条の十五の二第五項から第七項まで又は入管特例法第十六条の二第六項から第九項までの規定により特定在留カード等を交付する場合には、特定在留カード等交付申請又は当該特定在留カード等交付申請に係る当該特定在留カード等の引渡しの際に、当該特定在留カード等の交付を受けようとする者からその者の氏名及び出生の年月日その他の個人を識別するための事項が記載された書類であって政令で定めるものの提示を受け、その者が当該書類に係る者であることを確認する措置（これに準ずるものとして主務省令で定める措置を含む。）をとらなければならない。
特定在留カード等交付申請が、入管法第十九条の十五の二第二項又は入管特例法第十六条の二第一項若しくは第二項の規定により住所地市町村長（同条第一項の申請が同条第十一項の規定により住所地市町村長以外の市町村長を経由してされた場合には、当該市町村長。以下この項及び次条第三項第二号において同じ。）を経由してされた場合には、当該住所地市町村長は、出入国在留管理庁長官に代わって前項に規定する措置をとるものとする。この場合において、当該住所地市町村長は、当該措置をとった旨を出入国在留管理庁長官に通知するものとする。
出入国在留管理庁長官は、入管法第十九条の十五の二第五項若しくは第七項若しくは入管特例法第十六条の二第八項若しくは第九項の規定により特定在留カード等を交付した場合、特定在留カード等の所持を失った者から、入管法第十九条の十二第一項の規定により入管法第十九条の三に規定する在留カードの再交付の申請がされた場合若しくは入管特例法第十三条第一項の規定により入管特例法第七条第一項に規定する特別永住者証明書の再交付の申請がされた場合（当該再交付の申請が住所地市町村長を経由してされた場合を除く。）又は入管法第十九条の十五若しくは第十九条の十五の四第二項若しくは入管特例法第十六条若しくは第十六条の三第二項の規定により特定在留カード等が返納された場合（入管法第十九条の十五の二第九項後段又は入管特例法第十六条第三項の規定により住所地市町村長を経由して返納された場合を除く。）には、その旨を住所地市町村長に通知するものとする。
個人番号カードの交付を受けている者は、入管法第十九条の十五の二第五項から第七項まで又は入管特例法第十六条の二第六項から第九項までの規定により特定在留カード等の交付を受ける場合には、特定在留カード等交付申請又は当該特定在留カード等交付申請に係る当該特定在留カード等の引渡しの際に、政令で定めるところにより、当該個人番号カードを直接に又は出入国在留管理庁長官を経由して住所地市町村長に返納しなければならない。この場合においては、当該個人番号カードは、その効力を失う。